「pdb2mrc」の版間の差分
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td> | + | <td>入力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td> | + | <td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
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</div> | </div> | ||
</table> | </table> | ||
| + | ※ 出力する[[mrcImage]]のサイズが大きすぎるとエラーとなる場合がある。そのときは[[PDB]]ファイル自体のサイズを小さくするか、-dxなどのパラメータを再設定してサイズを調整する。 | ||
| + | <br> | ||
===モード説明=== | ===モード説明=== | ||
| + | <table border="1"> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <th>モード</th> | ||
| + | <th>説明</th> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>0</td> | ||
| + | <td>Gaussian</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>1</td> | ||
| + | <td>WentzelAtomModel</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
==実行例== | ==実行例== | ||
=== [[:Media:Input-121P.pdb.zip |入力ファイル]]の画像 === | === [[:Media:Input-121P.pdb.zip |入力ファイル]]の画像 === | ||
[[ファイル:121p.png]]<br> | [[ファイル:121p.png]]<br> | ||
| − | + | [[pdbInfo]]でみた入力ファイルの詳細<br> | |
[[ファイル:121p-Info.png]] | [[ファイル:121p-Info.png]] | ||
| + | <br> | ||
| + | <br> | ||
===入力データ=== | ===入力データ=== | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
===オプション -m=== | ===オプション -m=== | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
====m=1で実行==== | ====m=1で実行==== | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
| − | === | + | === オプション -w === |
====w=10で実行==== | ====w=10で実行==== | ||
<br> | <br> | ||
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オプション指定後の画像データ<br> | オプション指定後の画像データ<br> | ||
[[ファイル:121p.m5.info2.png]] | [[ファイル:121p.m5.info2.png]] | ||
| + | <br> | ||
| + | <br> | ||
| − | === | + | === オプション -sig === |
====sig=1で実行==== | ====sig=1で実行==== | ||
<table> | <table> | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
2014年8月29日 (金) 02:53時点における最新版
pdb2mrcとはPDBファイルをmrcファイルとして、密度を計算して変換するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
| -nx | 選択 | 出力画像ｘ軸の幅を設定 | 1 |
| -ny | 選択 | 出力画像ｙ軸の幅を設定 | 1 |
| -nz | 選択 | 出力画像ｚ軸の幅を設定 | 1 |
| -Sx | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｘ軸） | 0.0 |
| -Sy | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｙ軸） | 0.0 |
| -Sz | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｚ軸） | 0.0 |
| -dx | 選択 | １ピクセルのｘ軸の幅を設定 | 2.5 |
| -dy | 選択 | １ピクセルのｙ軸の幅を設定 | 2.5 |
| -dz | 選択 | １ピクセルのｚ軸の幅を設定 | 2.5 |
| -w | 選択 | 重量を設定 | 1.0 |
| -sig | 選択 | 原子の半径 | 0.0 |
| -m | 選択 | モード設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
※ 出力するmrcImageのサイズが大きすぎるとエラーとなる場合がある。そのときはPDBファイル自体のサイズを小さくするか、-dxなどのパラメータを再設定してサイズを調整する。
モード説明
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | Gaussian |
| 1 | WentzelAtomModel |
実行例
入力ファイルの画像
pdbInfoでみた入力ファイルの詳細
入力データ
オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する
今回の入力ファイルではオプションを下記のように設定
今回の入力ファイルではオプションを下記のように設定
| -nx | 100 |
| -ny | 100 |
| -nz | 1 |
| -Sx | -18 |
| -Sy | -1 |
| -Sz | 0.5 |
| -dx | 0.5 |
| -dy | 0.5 |
| -dz | 60 |
オプション -m
m=0で実行
 |
最小 最大 |
0 4 |
m=1で実行
 |
最小 最大 |
0 9516.95 |
オプション -w
w=10で実行
オプション指定前の画像データ
オプション指定後の画像データ
オプション -sig
sig=1で実行
 |
最小 最大 |
0 0.251258 |
