「pdb2mrc」の版間の差分
提供: Eospedia
(→出力ファイル) |
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行222: | 行222: | ||
</table> | </table> | ||
− | + | === オプション: -w === | |
<br> | <br> | ||
行234: | 行234: | ||
オプション指定後の画像データ<br> | オプション指定後の画像データ<br> | ||
<img src="121p.m5.info2.png" border="0" alt="121p.m5.info2.png(1546 byte)" width="208" height="81"></div> | <img src="121p.m5.info2.png" border="0" alt="121p.m5.info2.png(1546 byte)" width="208" height="81"></div> | ||
− | + | ||
== オプション: -sig == | == オプション: -sig == | ||
2012年9月18日 (火) 22:34時点における版
pdb2mrcとはpdbファイルをmrcファイルとして、密度を計算して変換するEosのコマンドである。
オプション一覧
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル設定 | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル設定 | NULL |
-nx | 選択 | 出力画像x軸の幅を設定 | 1 |
-ny | 選択 | 出力画像y軸の幅を設定 | 1 |
-nz | 選択 | 出力画像z軸の幅を設定 | 1 |
-Sx | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定(x軸) | 0.0 |
-Sy | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定(y軸) | 0.0 |
-Sz | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定(z軸) | 0.0 |
-dx | 選択 | 1ピクセルのx軸の幅を設定 | 2.5 |
-dy | 選択 | 1ピクセルのy軸の幅を設定 | 2.5 |
-dz | 選択 | 1ピクセルのz軸の幅を設定 | 2.5 |
-w | 選択 | 重量を設定 | 1.0 |
-sig | 選択 | 原子の半径 | 0.0 |
-m | 選択 | モード設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モード | 説明 | |
---|---|---|
0 | ガウス球 | |
1 | Wentzel原子模型 |
-nx | 100 |
-ny | 100 |
-nz | 1 |
-Sx | -18 |
-Sy | -1 |
-Sz | 0.5 |
-dx | 0.5 |
-dy | 0.5 |
-dz | 60 |
モード:0
<img src="121p.m3.png" border="0" alt="121p.m3.png(2191 byte)" width="100" height="100"> | 最小 最大 |
0 4 |
モード:1
------オプション -w------
------オプション -sig------
<img src="121p.m2.png" border="0" alt="121p.m2.png(6425 byte)" width="100" height="100"> | 最小 最大 |
0 9516.95 |
オプション: -w
-wを10に設定
オプション指定前の画像データ
<img src="121p.m5.info.png" border="0" alt="121p.m5.info.png(1531 byte)" width="209" height="81">
オプション指定後の画像データ
オプション: -sig
-sigを1に設定
<img src="121p.m4.png" border="0" alt="121p.m4.png(7082 byte)" width="100" height="100"> | 最小 最大 |
0 0.251258 |