「pdb2mrc2d」の版間の差分
提供: Eospedia
(→メインオプション) |
|||
(他の1人の利用者による、間の2版が非表示) | |||
行86: | 行86: | ||
<td>-w</td> | <td>-w</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>重みを設定</td> |
<td>1.0</td> | <td>1.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行92: | 行92: | ||
<td>-sig</td> | <td>-sig</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>原子の半径を指定</td> | + | <td>原子の半径を指定: w* exp (- x^2 / (2*sig^2) ) </td> |
− | <td>0.0</td> | + | <td>0.0: 0の場合は、点として取り扱う</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
行138: | 行138: | ||
<br> | <br> | ||
<div>※オプション-Sと-startEAの両方が宣言されていた場合、-Sを実行した後に-startEAが実行される<br> | <div>※オプション-Sと-startEAの両方が宣言されていた場合、-Sを実行した後に-startEAが実行される<br> | ||
− | + | ※軸を中心にもってきたい場合は、[[pdbInfo]]で軸を調べ、[[pdbMove]]で軸の+とーを逆にして実行する</div> | |
===RotModeの設定の詳細=== | ===RotModeの設定の詳細=== | ||
行179: | 行179: | ||
===[[:Media:Input-121P-Move.pdb.zip|入力ファイル]]の画像=== | ===[[:Media:Input-121P-Move.pdb.zip|入力ファイル]]の画像=== | ||
<div>[[画像:121p-move-pdb2mrc2d.png]]<br> | <div>[[画像:121p-move-pdb2mrc2d.png]]<br> | ||
− | + | [[pdbInfo]]でみた入力ファイルの詳細<br> | |
[[画像:121p-move-info-pdb2mrc2d.png]]<br></div> | [[画像:121p-move-info-pdb2mrc2d.png]]<br></div> | ||
<br> | <br> | ||
− | + | ||
===出力ファイルの画像=== | ===出力ファイルの画像=== | ||
<div>オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する<br> | <div>オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する<br> |
2017年7月14日 (金) 02:18時点における最新版
pdb2mrc2dはPDBファイルをmrcImageファイルに変換するEosのコマンド。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル設定: PDB | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル設定: mrcImage(2D) | NULL |
-O | 選択 | 出力ファイル設定: mrcImage(3D) | NULL |
-d | 必須 | 1ピクセルの幅を指定 | 5.0 5.0 |
-s | 選択 | 画像の位置を指定 | 0.0 0.0 |
-n | 必須 | 画像のサイズを指定 | 0 0 |
-Rot | 選択 | 回転(x軸、y軸のみ) | 1 1 |
-S | 選択 | Z軸→X軸→Y軸の順で回転 | 0.0 0.0 0.0 |
-startEA | 選択 | オイラー角を設定 | YOYS 0.0 0.0 0.0 |
-EAMode | 選択 | RotationModeを指定 | YOYS |
-EARot1 | 選択 | 主となる回転 | 5.0 0.0 180.0 |
-EARot2 | 選択 | -EARot1とは別の回転 | 5.0 0.0 180.0 |
-w | 選択 | 重みを設定 | 1.0 |
-sig | 選択 | 原子の半径を指定: w* exp (- x^2 / (2*sig^2) ) | 0.0: 0の場合は、点として取り扱う |
-m | 選択 | モード設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | メルカトール図法・等角 |
1 | モルワイデ図法・等角 |
2 | メルカトール図法・等積 |
3 | モルワイデ図法・等積 |
※オプション-Sと-startEAの両方が宣言されていた場合、-Sを実行した後に-startEAが実行される
※軸を中心にもってきたい場合は、pdbInfoで軸を調べ、pdbMoveで軸の+とーを逆にして実行する
※軸を中心にもってきたい場合は、pdbInfoで軸を調べ、pdbMoveで軸の+とーを逆にして実行する
RotModeの設定の詳細
一桁目: | どの軸から回転を始めるか設定 |
二桁目: | 回転軸の順番を設定1 |
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する |
|
三桁目: | 回転軸の順番の設定2 |
Y…順番を維持する N…順番を逆順にする |
|
四桁目: | 回転方法を設定 |
Y…物体そのものをまわす D…座標を移動させる |
実行例
入力ファイルの画像
出力ファイルの画像
オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する
今回の入力ファイルでは下記のようにオプションを設定すると、物体がほぼ中心に写る
今回の入力ファイルでは下記のようにオプションを設定すると、物体がほぼ中心に写る
-d | 0.8 0.8 |
-s | -40 -40 |
-n | 100 100 |
出力ファイル→2D
出力ファイル→3D
このオプションを使用した場合、二つの画像に相違点はない
オプション -Rot
-Rot 6 6に設定
出力ファイル→2D
出力ファイル→3D(2Dの結果を繋ぎ、3Dで出力している)
xy平面の図 | yz平面の図 |
オプション -S
-Rot 6 6、-S 30 30 30に設定
出力ファイル→2D
オプション -startEA
-Rot 6 6、-startEA XOYS 30 30 30に設定
出力ファイル→2D
オプション -EAMode
-Rot 6 6、-EAMode XOYSに設定
出力ファイル→2D
-Rot 6 6、-EAMode YOYSに設定
出力ファイル→2D
オプション -EARot1,-EARot2
-EARot1 10 20 70,-EARot2 20 50 100に設定
出力ファイル→2D
オプション -sig
-sig 1に設定、出力ファイルは-oとする
オプション -w
-w 10に設定、出力ファイルは-oとする
-wを指定しなかった場合の画像データ
-w 10を指定した場合の画像データ
オプション -m
m=0で実行 | |
m=1で実行 | |
ファイル:m1-pdb2mrc2d.png | |
m=2で実行 | |
ファイル:m2-pdb2mrc2d.png | |
m=3で実行 | |
ファイル:m3-pdb2mrc2d.png |
今回の画像では変化がわかりづらいが、画像データの詳細を見ると、変化があることが分かる