「pdb2mrc2d」の版間の差分
提供: Eospedia
(相違点なし)
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2013年12月10日 (火) 02:40時点における版
pdb2mrc2dはpdbファイルをmrcファイルに変換するEosのコマンド。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル設定 | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル設定(2D) | NULL |
-O | 選択 | 出力ファイル設定(3D) | NULL |
-d | 必須 | 1ピクセルの幅を指定 | 5.0 5.0 |
-s | 選択 | 画像の位置を指定 | 0.0 0.0 |
-n | 必須 | 画像のサイズを指定 | 0 0 |
-Rot | 選択 | 回転(x軸、y軸のみ) | 1 1 |
-S | 選択 | Z軸→X軸→Y軸の順で回転 | 0.0 0.0 0.0 |
-startEA | 選択 | オイラー角を設定 | YOYS 0.0 0.0 0.0 |
-EAMode | 選択 | RotationModeを指定 | YOYS |
-EARot1 | 選択 | 主となる回転 | 5.0 0.0 180.0 |
-EARot2 | 選択 | -EARot1とは別の回転 | 5.0 0.0 180.0 |
-w | 選択 | 重量を設定 | 1.0 |
-sig | 選択 | 原子の半径を指定 | 0.0 |
-m | 選択 | モード設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | メルカトール図法・等角 |
1 | モルワイデ図法・等角 |
2 | メルカトール図法・等積 |
3 | モルワイデ図法・等積 |
※オプション-Sと-startEAの両方が宣言されていた場合、-Sを実行した後に-startEAが実行される
※軸を中心にもってきたい場合は、pdbInfoで軸を調べ、pdbMoveで軸の+とーを逆にして実行する
※軸を中心にもってきたい場合は、pdbInfoで軸を調べ、pdbMoveで軸の+とーを逆にして実行する
RotModeの設定の詳細
一桁目: | どの軸から回転を始めるか設定 |
二桁目: | 回転軸の順番を設定1 |
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する |
|
三桁目: | 回転軸の順番の設定2 |
Y…順番を維持する N…順番を逆順にする |
|
四桁目: | 回転方法を設定 |
Y…物体そのものをまわす D…座標を移動させる |
実行例
------入力ファイルの画像------
------出力ファイルの画像------
オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する
今回の入力ファイルでは下記のようにオプションを設定すると、物体がほぼ中心に写る
今回の入力ファイルでは下記のようにオプションを設定すると、物体がほぼ中心に写る
-d | 0.8 0.8 |
-s | -40 -40 |
-n | 100 100 |
出力ファイル→2D
出力ファイル→3D
このオプションを使用した場合、二つの画像に相違点はない
------オプション -Rot------
-Rot 6 6に設定
出力ファイル→2D
出力ファイル→3D(2Dの結果を繋ぎ、3Dで出力している)
xy平面の図 | yz平面の図 |
------オプション -S------
-Rot 6 6、-S 30 30 30に設定
出力ファイル→2D
------オプション -startEA------
-Rot 6 6、-startEA XOYS 30 30 30に設定
出力ファイル→2D
------オプション -EAMode------
-Rot 6 6、-EAMode XOYSに設定
出力ファイル→2D
-Rot 6 6、-EAMode YOYSに設定
出力ファイル→2D
------オプション -EARot1,-EARot2------
-EARot1 10 20 70,-EARot2 20 50 100に設定
出力ファイル→2D
------オプション -sig------
-sig 1に設定、出力ファイルは-oとする
------オプション -w------
-w 10に設定、出力ファイルは-oとする
-wを指定しなかった場合の画像データ
-w 10を指定した場合の画像データ
------オプション -m------
モード:0 | |
モード:1 | |
ファイル:m1-pdb2mrc2d.png | |
モード:2 | |
ファイル:m2-pdb2mrc2d.png | |
モード:3 | |
ファイル:m3-pdb2mrc2d.png |
今回の画像では変化がわかりづらいが、画像データの詳細を見ると、変化があることが分かる