「pdb2ucd」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の1版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行57: 行57:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
−
===入力ファイルの画像===
+
===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input-pdb2ucd.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>  
 
<td><p align="left">重心<br>  
 
<td><p align="left">重心<br>  
 
最大半径<br>  
 
最大半径<br>  
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-4.617250e-01  -2.186292e-01   -5.402542e+00<br>  
+
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>  
−
3.823869e+01 <br>  
+
3.286664e+01 <br>  
−
35.07     22.99     20.84 <br></p>
+
24.77     23.85     28.04<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>出力結果</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
960 952 4 0 0
+
nNodeComponent 4nElement 1
−
0 -18.767000 -9.014000 -0.361000
+
nElement 1
−
1 -15.620000 -6.939000 -0.865000
+
nElement 1
−
2 -12.937000 -9.315000 0.384000
+
nElement 1
−
3 -9.603000 -9.708000 -1.390000
+
0 TemperatureFactor A2
−
4 -8.857000 -11.094000 -4.846000
+
1 ChainID
−
5 -7.661000 -14.707000 -4.996000
+
2 ResNum
−
6 -4.360000 -13.223000 -6.188000
+
3 CA
−
7 -1.763000 -13.239000 -3.408000
+
</pre>
−
8 1.092000 -12.028000 -5.603000
+
<br>
−
9 1.083000 -9.230000 -8.186000
+
 
−
10 4.280000 -9.567000 -10.223000
+
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
166 165 4 0 0
 +
0 -5.913000 31.927999 -6.676000
 +
1 -4.759000 28.930000 -4.751000
 +
2 -4.531000 29.674000 -1.062000
 +
3 -2.465000 27.513000 1.336000
 +
4 -3.586000 27.580000 4.978000
  
 
-中略-
 
-中略-
  
−
950 15.134000 7.193000 -4.225000
+
161 3.951000 18.742001 0.732000
−
951 13.490000 4.287000 -6.002000
+
162 0.404000 20.135000 0.490000
−
952 15.675000 1.398000 -4.858000
+
163 0.711000 20.049999 -3.346000
−
953 19.422001 1.679000 -5.794000
+
164 1.520000 16.308001 -3.145000
−
954 20.091000 3.877000 -2.672000
+
165 -1.217000 15.280000 -0.638000
−
955 21.035999 2.137000 0.623000
+
−
956 18.771000 3.464000 3.385000
+
−
957 20.106001 6.936000 4.179000
+
−
958 17.704000 9.685000 5.276000
+
−
959 15.436000 11.284000 2.675000
+
 
0 1 line 0 1  
 
0 1 line 0 1  
 
1 1 line 1 2  
 
1 1 line 1 2  
行104: 行108:
 
3 1 line 3 4  
 
3 1 line 3 4  
 
4 1 line 4 5  
 
4 1 line 4 5  
−
5 1 line 5 6
 
−
6 1 line 6 7
 
−
7 1 line 7 8
 
−
8 1 line 8 9
 
−
9 1 line 9 10
 
−
10 1 line 10 11
 
  
 
-中略-
 
-中略-
  
−
940 1 line 947 948
+
160 1 line 160 161
−
941 1 line 948 949
+
161 1 line 161 162
−
942 1 line 949 950
+
162 1 line 162 163
−
943 1 line 950 951
+
163 1 line 163 164
−
944 1 line 951 952
+
164 1 line 164 165
−
945 1 line 952 953
+
−
946 1 line 953 954
+
−
947 1 line 954 955
+
−
948 1 line 955 956
+
−
949 1 line 956 957
+
−
950 1 line 957 958
+
−
951 1 line 958 959
+
 
4 1 1 1 1  
 
4 1 1 1 1  
 
TemperatureFactor, A2
 
TemperatureFactor, A2
行130: 行121:
 
ResNum,  
 
ResNum,  
 
CA,  
 
CA,  
−
0 3.530000 65.000000 1.000000 1.000000  
+
0 17.270000 65.000000 1.000000 1.000000  
−
1 3.040000 65.000000 2.000000 1.000000  
+
1 16.709999 65.000000 2.000000 1.000000  
−
2 0.810000 65.000000 3.000000 1.000000  
+
2 19.320000 65.000000 3.000000 1.000000  
−
3 0.580000 65.000000 4.000000 1.000000  
+
3 15.130000 65.000000 4.000000 1.000000  
−
4 0.520000 65.000000 5.000000 1.000000
+
4 16.799999 65.000000 5.000000 1.000000  
−
5 0.680000 65.000000 6.000000 1.000000
+
−
6 0.400000 65.000000 7.000000 1.000000
+
−
7 0.440000 65.000000 8.000000 1.000000
+
−
8 0.430000 65.000000 9.000000 1.000000
+
−
9 0.360000 65.000000 10.000000 1.000000
+
−
10 0.520000 65.000000 11.000000 1.000000  
+
  
 
-中略-
 
-中略-
  
−
950 3.570000 65.000000 111.000000 1.000000  
+
161 14.550000 65.000000 162.000000 1.000000  
−
951 3.230000 65.000000 112.000000 1.000000  
+
162 15.140000 65.000000 163.000000 1.000000  
−
952 4.980000 65.000000 113.000000 1.000000  
+
163 19.200001 65.000000 164.000000 1.000000  
−
953 5.630000 65.000000 114.000000 1.000000  
+
164 26.920000 65.000000 165.000000 1.000000  
−
954 6.700000 65.000000 115.000000 1.000000
+
165 28.840000 65.000000 166.000000 1.000000  
−
955 9.310000 65.000000 116.000000 1.000000
+
−
956 10.460000 65.000000 117.000000 1.000000
+
−
957 11.400000 65.000000 118.000000 1.000000
+
−
958 12.900000 65.000000 119.000000 1.000000
+
−
959 12.260000 65.000000 120.000000 1.000000  
+
 
</pre>
 
</pre>

2014年2月13日 (木) 08:04時点における最新版

pdb2ucdとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 必須 出力ファイル NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

出力結果
nNodeComponent 4nElement 1
nElement 1
nElement 1
nElement 1
0 TemperatureFactor A2
1 ChainID 
2 ResNum 
3 CA


-o のデータ
166 165 4 0 0
0 -5.913000 31.927999 -6.676000
1 -4.759000 28.930000 -4.751000
2 -4.531000 29.674000 -1.062000
3 -2.465000 27.513000 1.336000
4 -3.586000 27.580000 4.978000

-中略-

161 3.951000 18.742001 0.732000
162 0.404000 20.135000 0.490000
163 0.711000 20.049999 -3.346000
164 1.520000 16.308001 -3.145000
165 -1.217000 15.280000 -0.638000
0 1 line 0 1 
1 1 line 1 2 
2 1 line 2 3 
3 1 line 3 4 
4 1 line 4 5 

-中略-

160 1 line 160 161 
161 1 line 161 162 
162 1 line 162 163 
163 1 line 163 164 
164 1 line 164 165 
4 1 1 1 1 
TemperatureFactor, A2
ChainID, 
ResNum, 
CA, 
0 17.270000 65.000000 1.000000 1.000000 
1 16.709999 65.000000 2.000000 1.000000 
2 19.320000 65.000000 3.000000 1.000000 
3 15.130000 65.000000 4.000000 1.000000 
4 16.799999 65.000000 5.000000 1.000000 

-中略-

161 14.550000 65.000000 162.000000 1.000000 
162 15.140000 65.000000 163.000000 1.000000 
163 19.200001 65.000000 164.000000 1.000000 
164 26.920000 65.000000 165.000000 1.000000 
165 28.840000 65.000000 166.000000 1.000000

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