「pdbAtomSection」の版間の差分
提供: Eospedia
行194: | 行194: | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <th>6/90ページ( | + | <th>6/90ページ(ページ左下部)</th> |
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -AS=== | ||
+ | ====AS=5で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-AS-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>6/90ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>以降はAS=5で実行</div> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -shiftx=== | ||
+ | ====shiftx=10で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-shiftx-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>6/90ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>以降はshiftx=10で実行</div> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -shifty=== | ||
+ | ====shifty=10で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-shifty-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>6/90ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -shiftz=== | ||
+ | ====shiftz=1で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-shiftz-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>6/90ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -dist=== | ||
+ | ====dist=3で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-dist-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>5/90ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -zmin=== | ||
+ | ====zmin=1で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-zmin-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>5/89ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -zmax=== | ||
+ | ====zmax=15で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-zmax-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>6/15ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -r=== | ||
+ | ====r=0.5で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-r-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>6/90ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -plw=== | ||
+ | ====plw=0.3で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-plw-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>6/90ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -fontsize=== | ||
+ | ====fontsize=1で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-fontsize-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>6/90ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -fm=== | ||
+ | ====fm=0で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-fm0-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>6/90ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====fm=1で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-fm1-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>6/90ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====fm=2で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-fm2-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>6/90ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====fm=4で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-fm4-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>6/90ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====fm=8で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-fm8-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>6/90ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====fm=16で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>[[画像:Outdata-fm16-pdbAtomSection.png]]</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>6/90ページ</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> |
2014年1月29日 (水) 01:28時点における版
pdbAtomSectionとは原子モデルのセクション(断面)をとりだしてpsファイルで出力するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
-if | 選択 | 入力ファイル: FlagsFile | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: psファイル | NULL |
-dist | 選択 | Distance of Sections | 2.5 |
-zmin | 選択 | zの最小値 | 0.0 |
-zmax | 選択 | zの最大値 | 90.0 |
-fm | 選択 | flag mode | 13 |
-r | 選択 | 半径 | 1.0 |
-clw | 選択 | 円周の幅 | 0.1 |
-plw | 選択 | ペプチド結合の幅 | 0.1 |
-fontsize | 選択 | font size | 2.0 |
-AS | 選択 | absolute scale of PS file (-AS 1 := 1 mm/A) | 1.0 |
-shiftx | 選択 | pdb Shift x [A] | 0.0 |
-shifty | 選択 | pdb Shift y [A] | 0.0 |
-shiftz | 選択 | pdb Shift z [A] | 0.0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
-fm の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | display nothing |
1 | one char amino acid name |
2 | three char amino acid name |
4 | chain identifier |
8 | sequence number |
16 | display any atom |
-if のフォーマット
chainIdertifier&sequenceNumber(R123) FlagMode circleRedius circlelinewidth fontsize
実行例
入力ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション必須項目のみの場合
6/90ページ(ページ左下部) |
---|
オプション -AS
AS=5で実行
6/90ページ |
---|
以降はAS=5で実行
オプション -shiftx
shiftx=10で実行
6/90ページ |
---|
以降はshiftx=10で実行
オプション -shifty
shifty=10で実行
6/90ページ |
---|
オプション -shiftz
shiftz=1で実行
6/90ページ |
---|
オプション -dist
dist=3で実行
5/90ページ |
---|
オプション -zmin
zmin=1で実行
5/89ページ |
---|
オプション -zmax
zmax=15で実行
6/15ページ |
---|
オプション -r
r=0.5で実行
6/90ページ |
---|
オプション -plw
plw=0.3で実行
6/90ページ |
---|
オプション -fontsize
fontsize=1で実行
6/90ページ |
---|
オプション -fm
fm=0で実行
6/90ページ |
---|
fm=1で実行
6/90ページ |
---|
fm=2で実行
6/90ページ |
---|
fm=4で実行
6/90ページ |
---|
fm=8で実行
6/90ページ |
---|
fm=16で実行
6/90ページ |
---|