「pdbAtomSection」の版間の差分

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</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<th>6/90ページ(ページ左下)</th>  
+
<th>6/90ページ(ページ左下部)</th>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -AS===
 +
====AS=5で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-AS-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降はAS=5で実行</div>
 +
 +
===オプション -shiftx===
 +
====shiftx=10で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-shiftx-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降はshiftx=10で実行</div>
 +
 +
===オプション -shifty===
 +
====shifty=10で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-shifty-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -shiftz===
 +
====shiftz=1で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-shiftz-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -dist===
 +
====dist=3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-dist-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>5/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -zmin===
 +
====zmin=1で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-zmin-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>5/89ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -zmax===
 +
====zmax=15で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-zmax-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/15ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -r===
 +
====r=0.5で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-r-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -plw===
 +
====plw=0.3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-plw-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -fontsize===
 +
====fontsize=1で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-fontsize-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -fm===
 +
====fm=0で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-fm0-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====fm=1で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-fm1-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====fm=2で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-fm2-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====fm=4で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-fm4-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====fm=8で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-fm8-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====fm=16で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<th>[[画像:Outdata-fm16-pdbAtomSection.png]]</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<th>6/90ページ</th>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年1月29日 (水) 01:28時点における版

pdbAtomSectionとは原子モデルのセクション(断面)をとりだしてpsファイルで出力するEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-if 選択 入力ファイル: FlagsFile NULL
-o 必須 出力ファイル: psファイル NULL
-dist 選択 Distance of Sections 2.5
-zmin 選択 zの最小値 0.0
-zmax 選択 zの最大値 90.0
-fm 選択 flag mode 13
-r 選択 半径 1.0
-clw 選択 円周の幅 0.1
-plw 選択 ペプチド結合の幅 0.1
-fontsize 選択 font size 2.0
-AS 選択 absolute scale of PS file (-AS 1 := 1 mm/A) 1.0
-shiftx 選択 pdb Shift x [A] 0.0
-shifty 選択 pdb Shift y [A] 0.0
-shiftz 選択 pdb Shift z [A] 0.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0

-fm の詳細

モード 説明
0 display nothing
1 one char amino acid name
2 three char amino acid name
4 chain identifier
8 sequence number
16 display any atom

-if のフォーマット

chainIdertifier&sequenceNumber(R123) FlagMode circleRedius circlelinewidth fontsize


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

Outdata-pdbAtomSection.png
6/90ページ(ページ左下部)


オプション -AS

AS=5で実行

Outdata-AS-pdbAtomSection.png
6/90ページ


以降はAS=5で実行

オプション -shiftx

shiftx=10で実行

Outdata-shiftx-pdbAtomSection.png
6/90ページ


以降はshiftx=10で実行

オプション -shifty

shifty=10で実行

Outdata-shifty-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション -shiftz

shiftz=1で実行

Outdata-shiftz-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション -dist

dist=3で実行

Outdata-dist-pdbAtomSection.png
5/90ページ


オプション -zmin

zmin=1で実行

Outdata-zmin-pdbAtomSection.png
5/89ページ


オプション -zmax

zmax=15で実行

Outdata-zmax-pdbAtomSection.png
6/15ページ


オプション -r

r=0.5で実行

Outdata-r-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション -plw

plw=0.3で実行

Outdata-plw-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション -fontsize

fontsize=1で実行

Outdata-fontsize-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション -fm

fm=0で実行

Outdata-fm0-pdbAtomSection.png
6/90ページ


fm=1で実行

Outdata-fm1-pdbAtomSection.png
6/90ページ


fm=2で実行

Outdata-fm2-pdbAtomSection.png
6/90ページ


fm=4で実行

Outdata-fm4-pdbAtomSection.png
6/90ページ


fm=8で実行

Outdata-fm8-pdbAtomSection.png
6/90ページ


fm=16で実行

Outdata-fm16-pdbAtomSection.png
6/90ページ