「pdbFile(API)」の版間の差分
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− | pdb-> | + | pdb->PDBに新規データを作成します。<br> |
メモリを確保して新規データを作り、先頭データとして、前、次のデータはNULLとします。 | メモリを確保して新規データを作り、先頭データとして、前、次のデータはNULLとします。 | ||
extern pdbRecord* pdbFileNew(pdbFile* pdb); | extern pdbRecord* pdbFileNew(pdbFile* pdb); | ||
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extern pdbRecord* pdbFilePrevCA(pdbFile* pdb); | extern pdbRecord* pdbFilePrevCA(pdbFile* pdb); | ||
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末尾データに移動します。 | 末尾データに移動します。 | ||
extern long pdbFileGoToEnd(pdbFile* pdb); | extern long pdbFileGoToEnd(pdbFile* pdb); | ||
==== データ判定 ==== | ==== データ判定 ==== | ||
+ | 末尾データの場合は1、そうでない場合は0を返します。 | ||
+ | extern long pdbFileEnd(pdbFile* pdb); | ||
pdb->PDB->Recordが終端文字(END)の場合は1、そうでない場合は0を返します。 | pdb->PDB->Recordが終端文字(END)の場合は1、そうでない場合は0を返します。 | ||
extern long pdbFileIsEndLine(pdbFile* pdb); | extern long pdbFileIsEndLine(pdbFile* pdb); |
2014年10月7日 (火) 06:45時点における最新版
DataManip/pdbFileはPDBファイルを取り扱うためのAPIです。
定数
PDBファイルでの構文
文字数定義
#define PDB_FILE_RECORD_FULL_LENGTH (80) #define PDB_FILE_RECORD_START (0) #define PDB_FILE_RECORD_LENGTH (6) #define PDB_FILE_ATOM_NUMBER_START (6) #define PDB_FILE_ATOM_NUMBER_LENGTH (5) #define PDB_FILE_ATOM_NAME_START (12) #define PDB_FILE_ATOM_NAME_LENGTH (4) #define PDB_FILE_LOCATION_START (16) #define PDB_FILE_LOCATION_LENGTH (1) #define PDB_FILE_RESIDUE_START (17) #define PDB_FILE_RESIDUE_LENGTH (3) #define PDB_FILE_CHAIN_IDENT_START (21) #define PDB_FILE_CHAIN_IDENT_LENGTH (1) #define PDB_FILE_RESNUM_START (22) #define PDB_FILE_RESNUM_LENGTH (4) #define PDB_FILE_INSERTION_START (26) #define PDB_FILE_INSERTION_LENGTH (1) #define PDB_FILE_X_START (30) #define PDB_FILE_X_LENGTH (8) #define PDB_FILE_Y_START (38) #define PDB_FILE_Y_LENGTH (8) #define PDB_FILE_Z_START (46) #define PDB_FILE_Z_LENGTH (8) #define PDB_FILE_OCCUPANCY_START (54) #define PDB_FILE_OCCUPANCY_LENGTH (6) #define PDB_FILE_TEMPERATURE_START (60) #define PDB_FILE_TEMPERATURE_LENGTH (6) #define PDB_FILE_FOOT_START (67) #define PDB_FILE_FOOT_LENGTH (3) #define PDB_FILE_FOOTNOTE_START (70) #define PDB_FILE_FOOTNOTE_LENGTH (10) #define MAX_RESIDUE_NUMBER (20) #define RESIDUE_ONECHAR_MODE (1) #define RESIDUE_THREECHAR_MODE (3)
文字列定義
#define pdbRecordAtom ("ATOM ") #define pdbRecordHeteroAtom ("HETATM") #define pdbRecordHelix ("HELIX ") #define pdbRecordSheet ("SHEET ") #define pdbRecordTurn ("TURN ") #define pdbRecordEnd ("END ")
残基名
residueName3: 3文字表記, residueName1: 1文字表記
typedef struct residueName { char residueName3[4]; char residueName1[2]; } residueName;
ヘッダファイルには構造体のみ定義して、残基名は/pdbFile/src/pdbGet.cで定義しています。
static residueName residue[MAX_RESIDUE_NUMBER] = { "ALA","A", "VAL","V", "PHE","F", "PRO","P", "MET","M", "ILE","I", "LEU","L", "ASP","D", "GLU","E", "LYS","K", "ARG","R", "SER","S", "THR","T", "TYR","Y", "HIS","H", "CYS","C", "ASN","N", "GLN","Q", "TRP","W", "GLY","G" };
要素No. | residueName3 | residueName1 |
---|---|---|
0 | ALA | A |
1 | VAL | V |
2 | PHE | F |
3 | PRO | P |
4 | MET | M |
5 | ILE | I |
6 | LEU | L |
7 | ASP | D |
8 | GLU | E |
9 | LYS | K |
10 | ARG | R |
11 | SER | S |
12 | THR | T |
13 | TYR | Y |
14 | HIS | H |
15 | CYS | C |
16 | ASN | N |
17 | GLN | Q |
18 | TRP | W |
19 | GLY | G |
二次構造
二次構造のモード
typedef enum pdbFileSecondaryStructureMode { pdbFileSecondaryStructureModeNo = 0, pdbFileSecondaryStructureModeHelix = 1, pdbFileSecondaryStructureModeSheet = 2, pdbFileSecondaryStructureModeTurn = 3 } pdbFileSecondaryStructureMode;
ヘリックス構造
typedef enum pdbSecondaryStructureHelixClass { HelixClassRightHandedAlpha = 1, HelixClassRightHandedOmega = 2, HelixClassRightHandedPi = 3, HelixClassRightHandedGammda= 4, HelixClassRightHanded310 = 5, HelixClassLeftHandedAlpha = 6, HelixClassLeftHandedOmega = 7, HelixClassLeftHandedGammda = 9, HelixClassPolyProline = 10, } pdbSecondaryStructureHelixClass;
構造体
管理データ
PDBデータ及びその二次構造データを管理する構造体です。
typedef struct pdbFile { pdbRecord* top; pdbRecord* PDB; pdbFileParaTypeInteger nAtom; pdbFileSecondaryStructure second; } pdbFile;
メンバ | 説明 |
---|---|
top | 先頭のPDBデータ(ポインタ) |
PDB | 現在のPDBデータ(ポインタ) |
nAtom | PDBデータ数 |
second | 二次構造データ |
二次構造管理データ
typedef struct pdbFileSecondaryStructure { int nSecondaryStructure; pdbFileSecondaryStructureRecord* top; pdbFileSecondaryStructureRecord* SecondaryStructure; } pdbFileSecondaryStructure;
メンバ | 説明 |
---|---|
nSecondaryStructure | 二次構造データ数 |
top | 先頭の二次構造データ(ポインタ) |
SecondaryStructure | 現在の二次構造データ(ポインタ) |
PDBデータ
PDBデータが格納されている構造体です。リスト構造で管理し、PDBファイル一行分のデータに対応しています。
typedef struct pdbRecord pdbRecord; struct pdbRecord { pdbFileParaTypeCharacter FullRecord[PDB_FILE_RECORD_FULL_LENGTH+1]; pdbFileParaTypeCharacter Record[PDB_FILE_RECORD_LENGTH+1]; /* ATOM and HETATM Record */ pdbFileParaTypeInteger AtomSerialNumber; pdbFileParaTypeCharacter AtomName[PDB_FILE_ATOM_NAME_LENGTH+1]; pdbFileParaTypeCharacter LocationIndicator; pdbFileParaTypeCharacter ResidueName[PDB_FILE_RESIDUE_LENGTH+1]; pdbFileParaTypeCharacter ChainIdentifier; pdbFileParaTypeInteger ResidueSequenceNumber; pdbFileParaTypeCharacter InsertionCode; pdbCoord Coord; pdbFileParaTypeReal Occupancy; pdbFileParaTypeReal TemperatureFactor; pdbFileParaTypeInteger FootnoteNumber; pdbFileParaTypeCharacter Footnote[PDB_FILE_FOOTNOTE_LENGTH+1]; pdbRecord* prev; pdbRecord* next; };
メンバ | 説明 |
---|---|
FullRecord | 一行分のPDBデータ |
Record | 原子情報としての一行分のPDBデータ |
AtomSerialNumber | |
AtomName | 原子名 |
LocationIndicator | |
ResidueName | 残基名 |
ChainIdentifier | Chain ID |
ResidueSequenceNumber | 残基配列番号 |
InsertionCode | |
Coord | 原子の座標 |
Occupancy | 占有率 |
TemperatureFactor | 温度因子 |
FootnoteNumber | |
Footnote | |
prev | 前データ |
next | 次データ |
typedef char pdbFileParaTypeCharacter; typedef long pdbFileParaTypeInteger; typedef float pdbFileParaTypeReal;
PDBデータの座標
typedef struct pdbCoord { pdbFileParaTypeReal x; pdbFileParaTypeReal y; pdbFileParaTypeReal z; } pdbCoord;
二次構造
二次構造データが格納されている構造体です。リスト構造で管理し、二次構造一行分のデータに対応しています。
typedef struct pdbFileSecondaryStructureRecord pdbFileSecondaryStructureRecord; struct pdbFileSecondaryStructureRecord { pdbFileSecondaryStructureMode mode; pdbSecondaryStructureHelix* helix; pdbSecondaryStructureSheet* sheet; pdbSecondaryStructureTurn* turn; pdbSecondaryStructureNo* no; pdbFileSecondaryStructureRecord* prev; pdbFileSecondaryStructureRecord* next; };
メンバ | 説明 |
---|---|
mode | 二次構造のモード |
helix | ヘリックス構造のデータ |
sheet | シート構造のデータ |
turn | ターン構造のデータ |
no | 二次構造なしのデータ |
prev | 前データ |
next | 次データ |
ヘリックス構造
typedef struct pdbSecondaryStructureHelix { int serNum; /* Serial Number */ char* helixID; /* HelixID : Three alpahnumeric characters */ /* informtion for the initial residue */ char* initResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */ char initChainID; /* Chain identifier */ int initSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */ char initICode; /* informtion for the terminal residue */ char* endResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */ char endChainID; /* Chain identifier */ int endSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */ char endICode; pdbSecondaryStructureHelixClass helixClass; char* comment; int length; } pdbSecondaryStructureHelix;
シート構造
typedef struct pdbSecondaryStructureSheet { int strand; /* Strand number which starts 1 for eache strand wihtin a sheet and increases by one */ char* sheetID; /* Sheet ID */ int numStrands; /* Number of strands in sheet */ /* initial residue */ char* initResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */ char initChainID; /* Chain identifier */ int initSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */ char initICode; /* informtion for the terminal residue */ char* endResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */ char endChainID; /* Chain identifier */ int endSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */ char endICode; int sense; /* 0: first strand, 1: parallel, -1: anti-paralle */ char* curAtom; /* Registration. Atom name in current strand */ char* curResName; /* Registration. Residue name in current strand */ char curChainID; /* Registration. Chain ID in current strand */ int curResSeq; /* Registration. Res sequence in current strand */ char curICode; /* Registration. Insertion code in current strand */ char* prevAtom; /* Registration. Atom name in current strand */ char* prevResName; /* Registration. Residue name in current strand */ char prevChainID; /* Registration. Chain ID in current strand */ int prevResSeq; /* Registration. Res sequence in current strand */ char prevICode; /* Registration. Insertion code in current strand */ }pdbSecondaryStructureSheet;
ターン構造
typedef struct pdbSecondaryStructureTurn { int serNum; /* Serial Number */ char* turnID; /* Turn ID : Three alpahnumeric characters */ /* informtion for the initial residue */ char* initResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */ char initChainID; /* Chain identifier */ int initSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */ char initICode; /* informtion for the terminal residue */ char* endResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */ char endChainID; /* Chain identifier */ int endSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */ char endICode; char* comment; }pdbSecondaryStructureTurn;
二次構造なし
typedef struct pdbSecondaryStructureNo { int serNum; /* Serial Number */ char* noID; /* Turn ID : Three alpahnumeric characters */ /* informtion for the initial residue */ char* initResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */ char initChainID; /* Chain identifier */ int initSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */ char initICode; /* informtion for the terminal residue */ char* endResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */ char endChainID; /* Chain identifier */ int endSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */ char endICode; char* comment; }pdbSecondaryStructureNo;
API
ファイル管理
読み出し
ファイルfptから読み出したデータを管理データpdbへ格納します。
extern void pdbFileRead(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
書き込み
管理データpdbをPDB形式でファイルfptへ書き込みます。(pdbFileRecordPrintを繰り返して使用)
extern void pdbFileWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
管理データpdbをtsv形式でファイルfptへ書き込みます。(pdbFileRecordTablePrintを繰り返して使用)
extern void pdbFileTableWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
管理データpdbから座標リストのみをファイルfptへ書き込みます。
extern void pdbFileWriteCoord(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
PDBデータ処理
新規作成
pdb->PDBに新規データを作成します。
メモリを確保して新規データを作り、先頭データとして、前、次のデータはNULLとします。
extern pdbRecord* pdbFileNew(pdbFile* pdb);
追加
pdb->PDBのデータの後に新規データを追加します。
メモリを確保して新規データを作り、現在のデータとして、前を元のデータ、次を元データの次として、間に挿入します。
extern pdbRecord* pdbFileAppend(pdbFile* pdb);
解放
pdbのPDBデータを全て解放します。
extern pdbRecord* pdbFileFree(pdbFile* pdb);
書き込み
pdb->PDBのデータをPDB形式でファイルfptへ一行分書き込みます。
extern pdbRecord* pdbFileRecordPrint(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
pdb->PDBのデータをtsv形式でファイルfptへ一行分書き込みます。
extern pdbRecord* pdbFileRecordTablePrint(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
ポインタ移動
先頭データに移動します。
extern pdbRecord* pdbFileTop(pdbFile* pdb);
先頭データのポインタpdb->topを返します。
extern pdbRecord* pdbFileTopPointer(pdbFile* pdb);
次データに移動します。(該当無しの場合はNULLとします)
extern pdbRecord* pdbFileNext(pdbFile* pdb);
次の原子データに移動します。(該当無しの場合はNULLとします)
extern pdbRecord* pdbFileNextAtom(pdbFile* pdb);
次のアルファ炭素データに移動します。(該当無しの場合はNULLとします)
extern pdbRecord* pdbFileNextCA(pdbFile* pdb);
前データに移動します。(該当無しの場合はNULLとします)
extern pdbRecord* pdbFilePrev(pdbFile* pdb);
前の原子データに移動します。(該当無しの場合はNULLとします)
extern pdbRecord* pdbFilePrevAtom(pdbFile* pdb);
前のアルファ炭素データに移動します。(該当無しの場合はNULLとします)
extern pdbRecord* pdbFilePrevCA(pdbFile* pdb);
末尾データに移動します。
extern long pdbFileGoToEnd(pdbFile* pdb);
データ判定
末尾データの場合は1、そうでない場合は0を返します。
extern long pdbFileEnd(pdbFile* pdb);
pdb->PDB->Recordが終端文字(END)の場合は1、そうでない場合は0を返します。
extern long pdbFileIsEndLine(pdbFile* pdb);
pdb->PDB->Recordが原子の場合は1、そうでない場合は0を返します。
extern long pdbFileIsAtom(pdbFile* pdb);
原子名pdb->PDB->AtomNameがアルファ炭素( CA )の場合は1、そうでない場合は0を返します。
extern long pdbFileIsCA(pdbFile* pdb);
原子名pdb->PDB->AtomNameから原子番号を返します。未対応の記号の場合は炭素として6を返します。
extern pdbFileParaTypeInteger pdbZValueGet(pdbFile* pdb);
pdb->PDBの残基名(1文字)が"D"または"E"の場合は1、そうでない場合は0を返します。
extern long pdbFileIsNegative(pdbFile* pdb);
pdb->PDBの残基名(1文字)が"K"または"R"の場合は1、そうでない場合は0を返します。
extern long pdbFileIsPositive(pdbFile* pdb);
pdb->PDBの残基名(1文字)が"K", "R", "D", "E"のいずれかの場合は1、そうでない場合は0を返します。
extern long pdbFileIsCharge(pdbFile* pdb);
ChainIDが同じで配列番号が隣同士の場合は1、そうでない場合は0を返します。
extern long pdbRecordIsNearby(pdbRecord record1,pdbRecord record2);
データ設定
座標pdb->PDB->Coordに(x, y, z)を設定します。
extern long pdbFileCoordSet(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal x, pdbFileParaTypeReal y, pdbFileParaTypeReal z);
温度因子pdb->PDB->TemperatureFactorにtempを設定します。
extern void pdbFileTemperatureFactorSet(pdbFile* pdb, double temp);
Chain ID pdb->PDB->ChainIdentifierにcを設定します。
extern void pdbFileChainIdentifierSet(pdbFile* pdb, unsigned char c);
pdb内の全ての原子に対してChain IDをcに設定します。
extern void pdbFileChainIdentifierSetAll(pdbFile* pdb, unsigned char c);
占有率pdb->PDB->Occupancyにtempを設定します。
extern void pdbFileOccupancySet(pdbFile* pdb, double temp);
データ取得
(x, y, z)にpdb->PDB->Coordの座標を出力します。
extern long pdbFileCoordGet(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal* x, pdbFileParaTypeReal* y, pdbFileParaTypeReal* z);
残基配列番号pdb->PDB->ResidueSequenceNumberを返します。
extern long pdbFileResidueSequenceNumberGet(pdbFile* pdb);
残基名を返します。(mode=RESIDUE_THREECHAR_MODE で3文字、そうでない場合は1文字)
extern char* pdbFileResidueNameGet(pdbFile* pdb,int mode);
温度因子pdb->PDB->TemperatureFactorを返します。
extern pdbFileParaTypeReal pdbFileTemperatureFactorGet(pdbFile* pdb);
Chain ID pdb->PDB->ChainIdentifierを返します。
extern unsigned char pdbFileChainIdentifierGet(pdbFile* pdb);
占有率pdb->PDB->Occupancyを返します。
extern pdbFileParaTypeReal pdbFileOccupancyGet(pdbFile* pdb);
データ処理
残基配列番号pdb->PDB->ResidueSequenceNumberを1つ増やします。
extern void pdbFileResidueSequenceNumberIncrement(pdbFile* pdb, int n);
pdb内の全ての原子に対して残基配列番号を1つ増やします。
extern void pdbFileResidueSequenceNumberIncrementAll(pdbFile* pdb, int n);
コピー処理
PDBデータsrc->PDBをdst->PDBへコピーします。
このとき、前、次データとの関係は保持されたままで、dst->PDBを返します。
extern pdbRecord* pdbFileOneRecordCopy(pdbFile* dst, pdbFile* src);
srcの全てのPDBデータをdstへ上書きコピーします。
コピーを行う際にdstに対してpdbFileNewを呼び出すので、dstをpdbFileFreeなどで解放してから使用して下さい。
extern void pdbFileCopyAll(pdbFile* dst, pdbFile* src);
srcの全てのPDBデータをPDBデータdst->PDBの後に挿入します。
extern void pdbFileAppendAll(pdbFile* dst, pdbFile* src);
PDBデータsrc->PDBがアルファ炭素のときのみdst->PDBへコピーします。
このとき、前、次データとの関係は保持されたままで、コピーした場合はdst->PDB、されなかった場合はNULLを返します。
extern pdbRecord* pdbFileCAOnlyCopy(pdbFile* pdb, pdbFile* src);
srcの全てのアルファ炭素のPDBデータをdstへ上書きコピーします。
コピーを行う際にdstに対してpdbFileNewを呼び出すので、dstをpdbFileFreeなどで解放してから使用して下さい。
extern void pdbFileCAOnlyCopyAll(pdbFile* pdb, pdbFile* src);
srcからdstへのタンパク質1つ分のデータをコピーします。
dstは予めpdbFileNewにより初期化して使用して下さい。
extern void pdbFileOneProteinCopy(pdbFile* dst, pdbFile* src, long num);
二次構造
読み出し
pdb->PDB->FullRecordから二次構造を読み取り、secondへ格納します。
extern int pdbSecondaryStructureSetFromPDB(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);
pdb->PDB->FullRecordから二次構造に含まれないアルファ炭素を読み取り、secondへ格納します。
extern int pdbNoSecondaryStructureSetFromPDB(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);
書き込み
二次構造データsecondをPDB形式でファイルfptへ書き込みます。(pdbFileSecondaryStructureRecordPrintを繰り返して使用)
extern void pdbFileWriteSecondaryStructure(FILE* fpt, pdbFileSecondaryStructure* second);
二次構造データsecondをPDB形式でファイルfptへ一行分書き込みます。
extern pdbFileSecondaryStructureRecord* pdbFileSecondaryStructureRecordPrint(FILE* fpt, pdbFileSecondaryStructureRecord* second);
追加
secondへメモリを確保して新規作成した二次構造データを追加します。
extern int pdbSecondaryStructureAppend(pdbFileSecondaryStructure* second);
元々のデータ数second->nSecondaryStructure=0の場合は、新規データを先頭データとして、前、次のデータはNULLとします。
そうでない場合は、新規データを現在のデータとして、前を元のデータ、次を元データの次として、間に挿入します。
データ判定
二次構造(HELIX, SHEET, TURN)の場合は1、そうでない場合は0を返します。
extern long pdbFileIsSecondaryStructure(pdbFile* pdb);
ヘリックス構造(HELIX)の場合は1、そうでない場合は0を返します。
extern long pdbFileIsHelix(pdbFile* pdb);
シート構造(SHEET)の場合は1、そうでない場合は0を返します。
extern long pdbFileIsSheet(pdbFile* pdb);
ターン構造(TURN)の場合は1、そうでない場合は0を返します。
extern long pdbFileIsTurn(pdbFile* pdb);
pdb->PDBがsecond->SecondaryStructureに含まれている場合にその二次元構造データ、そうでない場合はpdbFileSecondaryStructureModeNoを返します。
extern pdbFileSecondaryStructureMode pdbFileWithSecondaryStructure(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);
行列によるアフィン変換
ファイル処理
Matrix3D(API)#ファイル処理を使用して、ファイルの処理を行います。
extern void pdbMatrixFileFormat(FILE* fpt); extern void pdbMatrixFileRead(FILE* fpt, Matrix3D Matrix); extern void pdbMatrixFileWrite(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);
アフィン変換
行列Matrixを使用して、pdbにアフィン変換を行います。
extern void pdbTrans(pdbFile* pdb, Matrix3D Matrix); extern void pdbTransCuda(float* hv, int n, Matrix3D Matrix);
Matrix3D(API)#アフィン行列を使用して行列を作成し、pdbを回転します。
オイラー角を使用した回転
extern void pdbRotationFollowingEulerAngle(pdbFile* pdb, char Mode[4], pdbFileParaTypeReal rot1, pdbFileParaTypeReal rot2, pdbFileParaTypeReal rot3); extern void pdbRotationFollowingEulerAngleInverse(pdbFile* pdb, char Mode[4], pdbFileParaTypeReal rot1, pdbFileParaTypeReal rot2, pdbFileParaTypeReal rot3);
指定した軸の順番で回転
extern void pdbRotationXYZ(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz); extern void pdbRotationZYX(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz); extern void pdbRotationZXY(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz); extern void pdbRotationYXZ(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);