「pdbHelix」の版間の差分

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行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>入力ファイル: [pdb]</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル: [pdb]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行255: 行255:
  
 
===オプション -dp===
 
===オプション -dp===
====dp=1, p=165, z=5, n=10で実行====
+
====dp=30, p=165, z=5, n=10で実行====
 
=====pdbの画像=====
 
=====pdbの画像=====
 
<table>  
 
<table>  
行264: 行264:
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-3.243688e-02  -3.582667e-02   1.709746e+01<br>  
+
<td><p align="left">-1.673933e+00    3.870905e+00   3.439075e+01<br>  
4.873562e+01<br>  
+
6.023098e+01 <br>  
37.32     37.14     43.34<br></p>
+
50.70     51.34     50.54<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行274: 行274:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata3-dp-pdbHelix.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata3-dp-pdbHelix.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata4-dp-pdbHelix.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行282: 行287:
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
115 (22, 19, 7)<br>  
+
8 (31, 25, 4)<br>  
3.36873<br>  
+
0.144624<br>  
11.6673<br>  
+
0.584935<br>  
0.0597826<br></p>  
+
0.00199812<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行300: 行305:
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-3.341094e-02  -3.689271e-02   1.709746e+01<br>  
+
<td><p align="left">-3.945663e-01    2.493555e+00   3.439075e+01<br>  
4.873676e+01 <br>  
+
5.952335e+01 <br>  
37.32     37.25     43.34<br></p>
+
49.44     48.84     50.54<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行309: 行314:
 
=====[[mrcImage]](3D)の画像=====
 
=====[[mrcImage]](3D)の画像=====
 
<table>  
 
<table>  
<tr>  
+
<tr>
<td>[[画像:Outdata3-nxnynz-pdbHelix.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata3-nxnynz-pdbHelix.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata4-nxnynz-pdbHelix.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行318: 行328:
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
115 (22, 19, 7)<br>  
+
7 (44, 45, 4)<br>  
1.14626<br>  
+
0.108688<br>  
6.79764<br>  
+
0.495737<br>  
0.0192266<br></p>  
+
0.00140216<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行336: 行346:
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">4.428542e-02  -2.271885e-02   4.209746e+01<br>  
+
<td><p align="left">-2.306476e+00  -1.026480e+00   5.939075e+01<br>  
4.873628e+01 <br>  
+
5.952301e+01<br>  
37.33     37.26     43.34<br></p>
+
51.35     49.89     50.54<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行346: 行356:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata3-startn-pdbHelix.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata3-startn-pdbHelix.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata4-startn-pdbHelix.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行354: 行369:
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
115 (19, 24, 10)<br>  
+
7 (25, 24, 0)<br>  
3.36873<br>  
+
0.140522<br>  
11.6733<br>  
+
0.565188<br>  
0.0598136<br></p>  
+
0.00190309<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>

2014年2月17日 (月) 00:30時点における版

pdbHelixとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 選択 出力ファイル: PDB NULL
-3 選択 出力ファイル: mrcImage(3D) NULL
-2 選択 出力ファイル: mrcImage(2D y-z投影) NULL
-d 選択 delta[A] 5
-p 必須 deltaPhi 165
-dp 選択 deltaDeltaPhi 5
-z 必須 deltaz 5
-n 必須 分子数 1
-nx 選択 Pixel x 1
-ny 選択 Pixel y 1
-nz 選択 Pixel z 1
-Sx 選択 Start x: [A] 0.0
-Sy 選択 Start y: [A] 0.0
-Sz 選択 Start z: [A] 0.0
-w 選択 重量 1.0
-dx 選択 dx 2.5
-dy 選択 dy 2.5
-dz 選択 dz 2.5
-startn 選択 start molecule's index 0
-startC 選択 Start chain ID A
-deltaSeq 選択 1000
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01

4.873676e+01

37.32 37.25 43.34

mrcImage(3D)の画像

Outdata3-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

7 (26, 47, 0)
0.144624
0.572148

0.00195444

mrcImage(2D y-z投影)の画像
Outdata2-pdbHelix.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

63 (35, 6, 0)
9.93639
14.2042

0.403048

オプション -dp

dp=30, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-dp-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-1.673933e+00 3.870905e+00 3.439075e+01

6.023098e+01

50.70 51.34 50.54

mrcImage(3D)の画像

Outdata3-dp-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-dp-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

8 (31, 25, 4)
0.144624
0.584935

0.00199812

オプション -nx, -ny, -nz

nx=50, ny=50, nz=50, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-nxnynz-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01

5.952335e+01

49.44 48.84 50.54

mrcImage(3D)の画像

Outdata3-nxnynz-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-nxnynz-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

7 (44, 45, 4)
0.108688
0.495737

0.00140216

オプション -startn

startn=5, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-startn-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-2.306476e+00 -1.026480e+00 5.939075e+01

5.952301e+01

51.35 49.89 50.54

mrcImage(3D)の画像

Outdata3-startn-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-startn-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

7 (25, 24, 0)
0.140522
0.565188

0.00190309