「pdbHelix」の版間の差分
行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル: [ | + | <td>入力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力ファイル: [ | + | <td>出力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行255: | 行255: | ||
===オプション -dp=== | ===オプション -dp=== | ||
− | ====dp= | + | ====dp=30, p=165, z=5, n=10で実行==== |
=====pdbの画像===== | =====pdbの画像===== | ||
<table> | <table> | ||
行264: | 行264: | ||
最大半径(座標)<br> </p> | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-1.673933e+00 3.870905e+00 3.439075e+01<br> |
− | + | 6.023098e+01 <br> | |
− | + | 50.70 51.34 50.54<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行274: | 行274: | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata3-dp-pdbHelix.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata3-dp-pdbHelix.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata4-dp-pdbHelix.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行282: | 行287: | ||
</td> | </td> | ||
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
− | + | 8 (31, 25, 4)<br> | |
− | + | 0.144624<br> | |
− | + | 0.584935<br> | |
− | 0. | + | 0.00199812<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行300: | 行305: | ||
最大半径(座標)<br> </p> | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">-3. | + | <td><p align="left">-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01<br> |
− | + | 5.952335e+01 <br> | |
− | + | 49.44 48.84 50.54<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行309: | 行314: | ||
=====[[mrcImage]](3D)の画像===== | =====[[mrcImage]](3D)の画像===== | ||
<table> | <table> | ||
− | <tr> | + | <tr> |
− | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata3-nxnynz-pdbHelix.png]]<br> | |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata4-nxnynz-pdbHelix.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行318: | 行328: | ||
</td> | </td> | ||
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
− | + | 7 (44, 45, 4)<br> | |
− | + | 0.108688<br> | |
− | + | 0.495737<br> | |
− | 0. | + | 0.00140216<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行336: | 行346: | ||
最大半径(座標)<br> </p> | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">-2.306476e+00 -1.026480e+00 5.939075e+01<br> |
− | + | 5.952301e+01<br> | |
− | + | 51.35 49.89 50.54<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行346: | 行356: | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata3-startn-pdbHelix.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata3-startn-pdbHelix.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata4-startn-pdbHelix.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行354: | 行369: | ||
</td> | </td> | ||
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
− | + | 7 (25, 24, 0)<br> | |
− | + | 0.140522<br> | |
− | + | 0.565188<br> | |
− | 0. | + | 0.00190309<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> |
2014年2月17日 (月) 00:30時点における版
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: PDB | NULL |
-3 | 選択 | 出力ファイル: mrcImage(3D) | NULL |
-2 | 選択 | 出力ファイル: mrcImage(2D y-z投影) | NULL |
-d | 選択 | delta[A] | 5 |
-p | 必須 | deltaPhi | 165 |
-dp | 選択 | deltaDeltaPhi | 5 |
-z | 必須 | deltaz | 5 |
-n | 必須 | 分子数 | 1 |
-nx | 選択 | Pixel x | 1 |
-ny | 選択 | Pixel y | 1 |
-nz | 選択 | Pixel z | 1 |
-Sx | 選択 | Start x: [A] | 0.0 |
-Sy | 選択 | Start y: [A] | 0.0 |
-Sz | 選択 | Start z: [A] | 0.0 |
-w | 選択 | 重量 | 1.0 |
-dx | 選択 | dx | 2.5 |
-dy | 選択 | dy | 2.5 |
-dz | 選択 | dz | 2.5 |
-startn | 選択 | start molecule's index | 0 |
-startC | 選択 | Start chain ID | A |
-deltaSeq | 選択 | 1000 | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
入力ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション必須項目のみの場合
p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01 4.873676e+01 |
mrcImage(3D)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 7 (26, 47, 0) |
mrcImage(2D y-z投影)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 63 (35, 6, 0) |
オプション -dp
dp=30, p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-1.673933e+00 3.870905e+00 3.439075e+01 6.023098e+01 |
mrcImage(3D)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 8 (31, 25, 4) |
オプション -nx, -ny, -nz
nx=50, ny=50, nz=50, p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01 5.952335e+01 |
mrcImage(3D)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 7 (44, 45, 4) |
オプション -startn
startn=5, p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-2.306476e+00 -1.026480e+00 5.939075e+01 5.952301e+01 |
mrcImage(3D)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 7 (25, 24, 0) |