pdbHelix

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2013年11月12日 (火) 06:19時点におけるKinoshita (トーク | 投稿記録)による版

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pdbHelixとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: [pdb] NULL
-o 選択 出力ファイル: [pdb] NULL
-3 選択 出力ファイル: mrcImage(3D) NULL
-2 選択 出力ファイル: mrcImage(2D y-z投影) NULL
-d 選択 delta[A] (mrcImage) 5
-p 必須 deltaPhi 165
-dp 選択 deltaDeltaPhi 5
-z 必須 deltaz 5
-n 必須 分子数 1
-nx 選択 Pixel x 1
-ny 選択 Pixel y 1
-nz 選択 Pixel z 1
-Sx 選択 Start x: [A] 0.0
-Sy 選択 Start y: [A] 0.0
-Sz 選択 Start z: [A] 0.0
-w 選択 重量 1.0
-dx 選択 dx 2.5
-dy 選択 dy 2.5
-dz 選択 dz 2.5
-startn 選択 start molecule's index 0
-startC 選択 Start chain ID A
-deltaSeq 選択 1000
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-4.617250e-01 -2.186292e-01 -5.402542e+00

3.823869e+01

35.07 22.99 20.84

オプション必須項目のみの場合

p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01

4.873676e+01

37.32 37.25 43.34

mrcImage(3D)の画像
Outdata3-pdbHelix.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

115 (22, 19, 7)
3.36873
11.6709

0.0598012

mrcImage(2D y-z投影)の画像
Outdata2-pdbHelix.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

0 (0, 0, 0)
0
0

0

オプション -dp

dp=1, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-dp-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.243688e-02 -3.582667e-02 1.709746e+01

4.873562e+01

37.32 37.14 43.34

mrcImage(3D)の画像
Outdata3-dp-pdbHelix.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

115 (22, 19, 7)
3.36873
11.6673

0.0597826

オプション -nx, -ny, -nz

nx=50, ny=50, nz=50, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-nxnynz-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01

4.873676e+01

37.32 37.25 43.34

mrcImage(3D)の画像
Outdata3-nxnynz-pdbHelix.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

115 (22, 19, 7)
1.14626
6.79764

0.0192266

オプション -startn

startn=5, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-startn-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

4.428542e-02 -2.271885e-02 4.209746e+01

4.873628e+01

37.33 37.26 43.34

mrcImage(3D)の画像
Outdata3-startn-pdbHelix.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

115 (19, 24, 10)
3.36873
11.6733

0.0598136