「pdbListRMSDCalc」の版間の差分
提供: Eospedia
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===オプション -m=== | ===オプション -m=== | ||
====m=1で実行==== | ====m=1で実行==== | ||
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2014年8月8日 (金) 01:00時点における最新版
pdbListRMSDCalcとはPDBファイルリストのRMSD(平均二乗偏差)を出力するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイルリスト: ASCII | NULL |
-r | 選択 | 参照ファイル: PDB(m=1でのみ使用) | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: PDB | NULL |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 平均座標に対するRMSDを出力 |
1 | -r の座標に対するRMSDを出力 |
入力ファイルリストのフォーマット
PDBファイル1 PDBファイル2 . . .
実行例
入力ファイルのデータ
Input-121P-T1.pdb Input-121P-T2.pdb Input-121P-T3.pdb
重心 最大半径 |
6.053012e+00 9.408175e+00 2.622422e+01 3.286665e+01 |
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
重心 最大半径 |
5.097651e-01 1.932045e+01 1.188975e+01 3.286711e+01 |
オプション必須項目のみの場合
ファイル:Outdata-pdbListRMSDCalc.png | 重心 最大半径 |
|
オプション -m
m=1で実行
参照ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
ファイル:Outdata-m1-pdbListRMSDCalc.png | 重心 最大半径 |
|