「pdbMolecularInterfaceFind」の版間の差分
提供: Eospedia
(同じ利用者による、間の2版が非表示) | |||
行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル</td> | + | <td>入力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力ファイル</td> | + | <td>出力ファイル(未実装)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行60: | 行60: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <div>現在、結果表示は標準出力となっている。</div> | ||
<br> | <br> | ||
行93: | 行94: | ||
===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
<pre> | <pre> | ||
2A | 2A | ||
行127: | 行129: | ||
===オプション -id1, -id2=== | ===オプション -id1, -id2=== | ||
====id1=B, id2=Aで実行==== | ====id1=B, id2=Aで実行==== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
<pre> | <pre> | ||
2B | 2B | ||
行162: | 行165: | ||
===オプション -d=== | ===オプション -d=== | ||
====d=0.5で実行==== | ====d=0.5で実行==== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
<pre> | <pre> | ||
5A | 5A |
2014年2月28日 (金) 01:22時点における最新版
pdbMolecularInterfaceFindとはEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル(未実装) | NULL |
-id1 | 選択 | Chain ID1 | A |
-id2 | 選択 | Chain ID2 | B |
-d | 選択 | 距離の閾値 | 1 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
現在、結果表示は標準出力となっている。
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
入力ファイルの画像
重心 最大半径 |
3.281389e+00 2.225817e+01 -4.999687e-04 3.798185e+01 |
オプション必須項目のみの場合
出力結果
2A 3A 3A 3A 3A 4A -中略- 177A 193A 194A 215A 255A 2B 3B 3B 3B 3B 4B -中略- 177B 193B 194B 215B 255B
オプション -id1, -id2
id1=B, id2=Aで実行
出力結果
2B 3B 3B 3B 3B 4B -中略- 177B 193B 194B 215B 255B 2A 3A 3A 3A 3A 4A -中略- 177A 193A 194A 215A 255A
オプション -d
d=0.5で実行
出力結果
5A 47A 47A 52A 109A 109A 157A 161A 162A 162A 177A 255A 5B 47B 47B 52B 109B 109B 157B 161B 162B 162B 177B 255B