「pdbMolecularInterfaceFind」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の2版が非表示)
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル(未実装)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行60: 行60:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<div>現在、結果表示は標準出力となっている。</div>
 
<br>
 
<br>
  
行93: 行94:
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>出力結果</div>
 
<pre>
 
<pre>
 
2A  
 
2A  
行127: 行129:
 
===オプション -id1, -id2===
 
===オプション -id1, -id2===
 
====id1=B, id2=Aで実行====  
 
====id1=B, id2=Aで実行====  
 +
<div>出力結果</div>
 
<pre>
 
<pre>
 
2B  
 
2B  
行162: 行165:
 
===オプション -d===
 
===オプション -d===
 
====d=0.5で実行====  
 
====d=0.5で実行====  
 +
<div>出力結果</div>
 
<pre>
 
<pre>
 
5A  
 
5A  

2014年2月28日 (金) 01:22時点における最新版

pdbMolecularInterfaceFindとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 選択 出力ファイル(未実装) NULL
-id1 選択 Chain ID1 A
-id2 選択 Chain ID2 B
-d 選択 距離の閾値 1
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
現在、結果表示は標準出力となっている。


モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-Two.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

3.281389e+00 2.225817e+01 -4.999687e-04

3.798185e+01

27.38 27.08 34.08


オプション必須項目のみの場合

出力結果
2A 
3A 
3A 
3A 
3A 
4A 

-中略-

177A 
193A 
194A 
215A 
255A 
2B 
3B 
3B 
3B 
3B 
4B 

-中略-

177B 
193B 
194B 
215B 
255B 


オプション -id1, -id2

id1=B, id2=Aで実行

出力結果
2B 
3B 
3B 
3B 
3B 
4B 

-中略-

177B 
193B 
194B 
215B 
255B 
2A 
3A 
3A 
3A 
3A 
4A 

-中略-

177A 
193A 
194A 
215A 
255A 


オプション -d

d=0.5で実行

出力結果
5A 
47A 
47A 
52A 
109A 
109A 
157A 
161A 
162A 
162A 
177A 
255A 
5B 
47B 
47B 
52B 
109B 
109B 
157B 
161B 
162B 
162B 
177B 
255B