「pdbNAMDRestraintCreate」の版間の差分
提供: Eospedia
細 (Kinoshita がページ「PdbNAMDRestraintCreate」を「pdbNAMDRestraintCreate」に移動しました) |
|||
(同じ利用者による、間の1版が非表示) | |||
行1: | 行1: | ||
− | '''pdbNAMDRestraintCreate'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。 | + | '''pdbNAMDRestraintCreate'''とは[[PDB]]ファイルから[[NAMD]]用のデータを作成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。 |
行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル: PDB</td> | + | <td>入力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-r</td> | <td>-r</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>参照ファイル: PDB</td> | + | <td>参照ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行74: | 行74: | ||
<div>-autokf は -kf より前に設定される。</div> | <div>-autokf は -kf より前に設定される。</div> | ||
+ | <br> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
行86: | 行87: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | + | <br> | |
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===[[:Media:Input-121P-T1.pdb.zip|入力ファイル]]の画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-121P-PDB1.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">6.053012e+00 9.408175e+00 2.622422e+01<br> | ||
+ | 3.286665e+01<br> | ||
+ | 24.77 22.88 23.78<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|参照ファイル]]の画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01<br> | ||
+ | 3.286664e+01 <br> | ||
+ | 24.77 23.85 28.04 <br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | urestraint { | ||
+ | posi (EXAMPLE,1,ca) kf=1 ref=(-5.913,31.928,-6.676) | ||
+ | posi (EXAMPLE,2,ca) kf=1 ref=(-4.759,28.93,-4.751) | ||
+ | posi (EXAMPLE,3,ca) kf=1 ref=(-4.531,29.674,-1.062) | ||
+ | posi (EXAMPLE,4,ca) kf=1 ref=(-2.465,27.513,1.336) | ||
+ | posi (EXAMPLE,5,ca) kf=1 ref=(-3.586,27.58,4.978) | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | posi (EXAMPLE,162,ca) kf=1 ref=(3.951,18.742,0.732) | ||
+ | posi (EXAMPLE,163,ca) kf=1 ref=(0.404,20.135,0.49) | ||
+ | posi (EXAMPLE,164,ca) kf=1 ref=(0.711,20.05,-3.346) | ||
+ | posi (EXAMPLE,165,ca) kf=1 ref=(1.52,16.308,-3.145) | ||
+ | posi (EXAMPLE,166,ca) kf=1 ref=(-1.217,15.28,-0.638) | ||
+ | } | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-O のデータ</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-pdbNAMDRestraintCreate.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.000000e+00 1.578772e+01 -1.433346e+01<br> | ||
+ | 2.132370e+01<br> | ||
+ | 0.00 15.79 14.33<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -kf=== | ||
+ | ====kf=2で実行==== | ||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | urestraint { | ||
+ | posi (EXAMPLE,1,ca) kf=2 ref=(-5.913,31.928,-6.676) | ||
+ | posi (EXAMPLE,2,ca) kf=2 ref=(-4.759,28.93,-4.751) | ||
+ | posi (EXAMPLE,3,ca) kf=2 ref=(-4.531,29.674,-1.062) | ||
+ | posi (EXAMPLE,4,ca) kf=2 ref=(-2.465,27.513,1.336) | ||
+ | posi (EXAMPLE,5,ca) kf=2 ref=(-3.586,27.58,4.978) | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | posi (EXAMPLE,162,ca) kf=2 ref=(3.951,18.742,0.732) | ||
+ | posi (EXAMPLE,163,ca) kf=2 ref=(0.404,20.135,0.49) | ||
+ | posi (EXAMPLE,164,ca) kf=2 ref=(0.711,20.05,-3.346) | ||
+ | posi (EXAMPLE,165,ca) kf=2 ref=(1.52,16.308,-3.145) | ||
+ | posi (EXAMPLE,166,ca) kf=2 ref=(-1.217,15.28,-0.638) | ||
+ | } | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-O のデータ</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-kf-pdbNAMDRestraintCreate.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.000000e+00 3.157545e+01 -2.866693e+01<br> | ||
+ | 4.264741e+01<br> | ||
+ | 0.00 31.58 28.67<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -autokf=== | ||
+ | ====autokf=2で実行==== | ||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | urestraint { | ||
+ | posi (EXAMPLE,1,ca) kf=0.186306 ref=(-5.913,31.928,-6.676) | ||
+ | posi (EXAMPLE,2,ca) kf=0.186306 ref=(-4.759,28.93,-4.751) | ||
+ | posi (EXAMPLE,3,ca) kf=0.186306 ref=(-4.531,29.674,-1.062) | ||
+ | posi (EXAMPLE,4,ca) kf=0.186306 ref=(-2.465,27.513,1.336) | ||
+ | posi (EXAMPLE,5,ca) kf=0.186306 ref=(-3.586,27.58,4.978) | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | posi (EXAMPLE,162,ca) kf=0.186306 ref=(3.951,18.742,0.732) | ||
+ | posi (EXAMPLE,163,ca) kf=0.186306 ref=(0.404,20.135,0.49) | ||
+ | posi (EXAMPLE,164,ca) kf=0.186306 ref=(0.711,20.05,-3.346) | ||
+ | posi (EXAMPLE,165,ca) kf=0.186306 ref=(1.52,16.308,-3.145) | ||
+ | posi (EXAMPLE,166,ca) kf=0.186306 ref=(-1.217,15.28,-0.638) | ||
+ | } | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-O のデータ</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-autokf-pdbNAMDRestraintCreate.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.000000e+00 2.941331e+00 -2.670398e+00<br> | ||
+ | 3.972714e+00<br> | ||
+ | 0.00 2.94 2.67<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -seg=== | ||
+ | ====seg=SEGNAMEで実行==== | ||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | urestraint { | ||
+ | posi (SEGNAME,1,ca) kf=1 ref=(-5.913,31.928,-6.676) | ||
+ | posi (SEGNAME,2,ca) kf=1 ref=(-4.759,28.93,-4.751) | ||
+ | posi (SEGNAME,3,ca) kf=1 ref=(-4.531,29.674,-1.062) | ||
+ | posi (SEGNAME,4,ca) kf=1 ref=(-2.465,27.513,1.336) | ||
+ | posi (SEGNAME,5,ca) kf=1 ref=(-3.586,27.58,4.978) | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | posi (SEGNAME,162,ca) kf=1 ref=(3.951,18.742,0.732) | ||
+ | posi (SEGNAME,163,ca) kf=1 ref=(0.404,20.135,0.49) | ||
+ | posi (SEGNAME,164,ca) kf=1 ref=(0.711,20.05,-3.346) | ||
+ | posi (SEGNAME,165,ca) kf=1 ref=(1.52,16.308,-3.145) | ||
+ | posi (SEGNAME,166,ca) kf=1 ref=(-1.217,15.28,-0.638) | ||
+ | } | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> |
2014年2月18日 (火) 02:46時点における最新版
pdbNAMDRestraintCreateとはPDBファイルからNAMD用のデータを作成するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
-r | 必須 | 参照ファイル: PDB | NULL |
-o | 選択 | 出力: NAMD Restraint | stdout |
-O | 選択 | 出力: PDB Force | stdout |
-kf | 選択 | 入力: Kf kcal/mol/A^2 | 1.0 |
-autokf | 選択 | 入力: Kf kcal/mol for averaged length | 1.0 |
-seg | 選択 | 入力: segment name | EXAMPLE |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-autokf は -kf より前に設定される。
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
入力ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 9.408175e+00 2.622422e+01 3.286665e+01 |
参照ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション必須項目のみの場合
-o のデータ
urestraint { posi (EXAMPLE,1,ca) kf=1 ref=(-5.913,31.928,-6.676) posi (EXAMPLE,2,ca) kf=1 ref=(-4.759,28.93,-4.751) posi (EXAMPLE,3,ca) kf=1 ref=(-4.531,29.674,-1.062) posi (EXAMPLE,4,ca) kf=1 ref=(-2.465,27.513,1.336) posi (EXAMPLE,5,ca) kf=1 ref=(-3.586,27.58,4.978) -中略- posi (EXAMPLE,162,ca) kf=1 ref=(3.951,18.742,0.732) posi (EXAMPLE,163,ca) kf=1 ref=(0.404,20.135,0.49) posi (EXAMPLE,164,ca) kf=1 ref=(0.711,20.05,-3.346) posi (EXAMPLE,165,ca) kf=1 ref=(1.52,16.308,-3.145) posi (EXAMPLE,166,ca) kf=1 ref=(-1.217,15.28,-0.638) }
-O のデータ
重心 最大半径 |
0.000000e+00 1.578772e+01 -1.433346e+01 2.132370e+01 |
オプション -kf
kf=2で実行
-o のデータ
urestraint { posi (EXAMPLE,1,ca) kf=2 ref=(-5.913,31.928,-6.676) posi (EXAMPLE,2,ca) kf=2 ref=(-4.759,28.93,-4.751) posi (EXAMPLE,3,ca) kf=2 ref=(-4.531,29.674,-1.062) posi (EXAMPLE,4,ca) kf=2 ref=(-2.465,27.513,1.336) posi (EXAMPLE,5,ca) kf=2 ref=(-3.586,27.58,4.978) -中略- posi (EXAMPLE,162,ca) kf=2 ref=(3.951,18.742,0.732) posi (EXAMPLE,163,ca) kf=2 ref=(0.404,20.135,0.49) posi (EXAMPLE,164,ca) kf=2 ref=(0.711,20.05,-3.346) posi (EXAMPLE,165,ca) kf=2 ref=(1.52,16.308,-3.145) posi (EXAMPLE,166,ca) kf=2 ref=(-1.217,15.28,-0.638) }
-O のデータ
重心 最大半径 |
0.000000e+00 3.157545e+01 -2.866693e+01 4.264741e+01 |
オプション -autokf
autokf=2で実行
-o のデータ
urestraint { posi (EXAMPLE,1,ca) kf=0.186306 ref=(-5.913,31.928,-6.676) posi (EXAMPLE,2,ca) kf=0.186306 ref=(-4.759,28.93,-4.751) posi (EXAMPLE,3,ca) kf=0.186306 ref=(-4.531,29.674,-1.062) posi (EXAMPLE,4,ca) kf=0.186306 ref=(-2.465,27.513,1.336) posi (EXAMPLE,5,ca) kf=0.186306 ref=(-3.586,27.58,4.978) -中略- posi (EXAMPLE,162,ca) kf=0.186306 ref=(3.951,18.742,0.732) posi (EXAMPLE,163,ca) kf=0.186306 ref=(0.404,20.135,0.49) posi (EXAMPLE,164,ca) kf=0.186306 ref=(0.711,20.05,-3.346) posi (EXAMPLE,165,ca) kf=0.186306 ref=(1.52,16.308,-3.145) posi (EXAMPLE,166,ca) kf=0.186306 ref=(-1.217,15.28,-0.638) }
-O のデータ
重心 最大半径 |
0.000000e+00 2.941331e+00 -2.670398e+00 3.972714e+00 |
オプション -seg
seg=SEGNAMEで実行
-o のデータ
urestraint { posi (SEGNAME,1,ca) kf=1 ref=(-5.913,31.928,-6.676) posi (SEGNAME,2,ca) kf=1 ref=(-4.759,28.93,-4.751) posi (SEGNAME,3,ca) kf=1 ref=(-4.531,29.674,-1.062) posi (SEGNAME,4,ca) kf=1 ref=(-2.465,27.513,1.336) posi (SEGNAME,5,ca) kf=1 ref=(-3.586,27.58,4.978) -中略- posi (SEGNAME,162,ca) kf=1 ref=(3.951,18.742,0.732) posi (SEGNAME,163,ca) kf=1 ref=(0.404,20.135,0.49) posi (SEGNAME,164,ca) kf=1 ref=(0.711,20.05,-3.346) posi (SEGNAME,165,ca) kf=1 ref=(1.52,16.308,-3.145) posi (SEGNAME,166,ca) kf=1 ref=(-1.217,15.28,-0.638) }