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'''pdbNAMDRestraintCreate'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''pdbNAMDRestraintCreate'''とは[[PDB]]ファイルから[[NAMD]]用のデータを作成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>入力ファイル: PDB</td>  
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<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
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<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>参照ファイル: PDB</td>  
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<td>参照ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
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<div>-autokf は -kf より前に設定される。</div>
 
<div>-autokf は -kf より前に設定される。</div>
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===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
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</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
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===[[:Media:Input-121P-T1.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Input-121P-PDB1.png]]</td>
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<td><p align="left">重心<br>
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最大半径<br>
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最大半径(座標)<br> </p>
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</td>
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<td><p align="left">6.053012e+00    9.408175e+00    2.622422e+01<br>
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3.286665e+01<br>
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24.77      22.88      23.78<br></p>
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</td>
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</tr>
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</table>
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===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|参照ファイル]]の画像===
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>
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<td><p align="left">重心<br>
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最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
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</td>
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<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01  -1.189075e+01<br>
 +
3.286664e+01  <br>
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24.77      23.85      28.04 <br></p>
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</td>
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</tr>
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</table>
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===オプション必須項目のみの場合===
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<div>-o のデータ</div>
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<pre>
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urestraint {
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    posi (EXAMPLE,1,ca) kf=1 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
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    posi (EXAMPLE,2,ca) kf=1 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
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    posi (EXAMPLE,3,ca) kf=1 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
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    posi (EXAMPLE,4,ca) kf=1 ref=(-2.465,27.513,1.336)
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    posi (EXAMPLE,5,ca) kf=1 ref=(-3.586,27.58,4.978)
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-中略-
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    posi (EXAMPLE,162,ca) kf=1 ref=(3.951,18.742,0.732)
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    posi (EXAMPLE,163,ca) kf=1 ref=(0.404,20.135,0.49)
 +
    posi (EXAMPLE,164,ca) kf=1 ref=(0.711,20.05,-3.346)
 +
    posi (EXAMPLE,165,ca) kf=1 ref=(1.52,16.308,-3.145)
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    posi (EXAMPLE,166,ca) kf=1 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
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}
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</pre>
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<div>-O のデータ</div>
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata-pdbNAMDRestraintCreate.png]]</td>
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<td><p align="left">重心<br>
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最大半径<br>
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最大半径(座標)<br> </p>
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</td>
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<td><p align="left">0.000000e+00    1.578772e+01  -1.433346e+01<br>
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2.132370e+01<br>
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0.00      15.79      14.33<br> </p>
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</td>
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</tr>
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</table>
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===オプション -kf===
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====kf=2で実行====
 +
<div>-o のデータ</div>
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<pre>
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urestraint {
 +
    posi (EXAMPLE,1,ca) kf=2 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
 +
    posi (EXAMPLE,2,ca) kf=2 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
 +
    posi (EXAMPLE,3,ca) kf=2 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
 +
    posi (EXAMPLE,4,ca) kf=2 ref=(-2.465,27.513,1.336)
 +
    posi (EXAMPLE,5,ca) kf=2 ref=(-3.586,27.58,4.978)
 +
 +
-中略-
 +
 +
    posi (EXAMPLE,162,ca) kf=2 ref=(3.951,18.742,0.732)
 +
    posi (EXAMPLE,163,ca) kf=2 ref=(0.404,20.135,0.49)
 +
    posi (EXAMPLE,164,ca) kf=2 ref=(0.711,20.05,-3.346)
 +
    posi (EXAMPLE,165,ca) kf=2 ref=(1.52,16.308,-3.145)
 +
    posi (EXAMPLE,166,ca) kf=2 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
 +
}
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</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-O のデータ</div>
 +
<table>
 +
<tr>
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<td>[[画像:Outdata-kf-pdbNAMDRestraintCreate.png]]</td>
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<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
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</td>
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<td><p align="left">0.000000e+00    3.157545e+01  -2.866693e+01<br>
 +
4.264741e+01<br>
 +
0.00      31.58      28.67<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
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<br>
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===オプション -autokf===
 +
====autokf=2で実行====
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
urestraint {
 +
    posi (EXAMPLE,1,ca) kf=0.186306 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
 +
    posi (EXAMPLE,2,ca) kf=0.186306 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
 +
    posi (EXAMPLE,3,ca) kf=0.186306 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
 +
    posi (EXAMPLE,4,ca) kf=0.186306 ref=(-2.465,27.513,1.336)
 +
    posi (EXAMPLE,5,ca) kf=0.186306 ref=(-3.586,27.58,4.978)
 +
 +
-中略-
 +
 +
    posi (EXAMPLE,162,ca) kf=0.186306 ref=(3.951,18.742,0.732)
 +
    posi (EXAMPLE,163,ca) kf=0.186306 ref=(0.404,20.135,0.49)
 +
    posi (EXAMPLE,164,ca) kf=0.186306 ref=(0.711,20.05,-3.346)
 +
    posi (EXAMPLE,165,ca) kf=0.186306 ref=(1.52,16.308,-3.145)
 +
    posi (EXAMPLE,166,ca) kf=0.186306 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
 +
}
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-O のデータ</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-autokf-pdbNAMDRestraintCreate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.000000e+00    2.941331e+00  -2.670398e+00<br>
 +
3.972714e+00<br>
 +
0.00      2.94      2.67<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -seg===
 +
====seg=SEGNAMEで実行====
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
urestraint {
 +
    posi (SEGNAME,1,ca) kf=1 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
 +
    posi (SEGNAME,2,ca) kf=1 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
 +
    posi (SEGNAME,3,ca) kf=1 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
 +
    posi (SEGNAME,4,ca) kf=1 ref=(-2.465,27.513,1.336)
 +
    posi (SEGNAME,5,ca) kf=1 ref=(-3.586,27.58,4.978)
 +
 +
-中略-
 +
 +
    posi (SEGNAME,162,ca) kf=1 ref=(3.951,18.742,0.732)
 +
    posi (SEGNAME,163,ca) kf=1 ref=(0.404,20.135,0.49)
 +
    posi (SEGNAME,164,ca) kf=1 ref=(0.711,20.05,-3.346)
 +
    posi (SEGNAME,165,ca) kf=1 ref=(1.52,16.308,-3.145)
 +
    posi (SEGNAME,166,ca) kf=1 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
 +
}
 +
</pre>
 +
<br>

2014年2月18日 (火) 02:46時点における最新版

pdbNAMDRestraintCreateとはPDBファイルからNAMD用のデータを作成するEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-r 必須 参照ファイル: PDB NULL
-o 選択 出力: NAMD Restraint stdout
-O 選択 出力: PDB Force stdout
-kf 選択 入力: Kf kcal/mol/A^2 1.0
-autokf 選択 入力: Kf kcal/mol for averaged length 1.0
-seg 選択 入力: segment name EXAMPLE
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-autokf は -kf より前に設定される。


モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB1.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 9.408175e+00 2.622422e+01

3.286665e+01

24.77 22.88 23.78


参照ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

-o のデータ
urestraint {
    posi (EXAMPLE,1,ca) kf=1 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
    posi (EXAMPLE,2,ca) kf=1 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
    posi (EXAMPLE,3,ca) kf=1 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
    posi (EXAMPLE,4,ca) kf=1 ref=(-2.465,27.513,1.336)
    posi (EXAMPLE,5,ca) kf=1 ref=(-3.586,27.58,4.978)

-中略-

    posi (EXAMPLE,162,ca) kf=1 ref=(3.951,18.742,0.732)
    posi (EXAMPLE,163,ca) kf=1 ref=(0.404,20.135,0.49)
    posi (EXAMPLE,164,ca) kf=1 ref=(0.711,20.05,-3.346)
    posi (EXAMPLE,165,ca) kf=1 ref=(1.52,16.308,-3.145)
    posi (EXAMPLE,166,ca) kf=1 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
}


-O のデータ
Outdata-pdbNAMDRestraintCreate.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

0.000000e+00 1.578772e+01 -1.433346e+01

2.132370e+01

0.00 15.79 14.33


オプション -kf

kf=2で実行

-o のデータ
urestraint {
    posi (EXAMPLE,1,ca) kf=2 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
    posi (EXAMPLE,2,ca) kf=2 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
    posi (EXAMPLE,3,ca) kf=2 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
    posi (EXAMPLE,4,ca) kf=2 ref=(-2.465,27.513,1.336)
    posi (EXAMPLE,5,ca) kf=2 ref=(-3.586,27.58,4.978)

-中略-

    posi (EXAMPLE,162,ca) kf=2 ref=(3.951,18.742,0.732)
    posi (EXAMPLE,163,ca) kf=2 ref=(0.404,20.135,0.49)
    posi (EXAMPLE,164,ca) kf=2 ref=(0.711,20.05,-3.346)
    posi (EXAMPLE,165,ca) kf=2 ref=(1.52,16.308,-3.145)
    posi (EXAMPLE,166,ca) kf=2 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
}


-O のデータ
Outdata-kf-pdbNAMDRestraintCreate.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

0.000000e+00 3.157545e+01 -2.866693e+01

4.264741e+01

0.00 31.58 28.67


オプション -autokf

autokf=2で実行

-o のデータ
urestraint {
    posi (EXAMPLE,1,ca) kf=0.186306 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
    posi (EXAMPLE,2,ca) kf=0.186306 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
    posi (EXAMPLE,3,ca) kf=0.186306 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
    posi (EXAMPLE,4,ca) kf=0.186306 ref=(-2.465,27.513,1.336)
    posi (EXAMPLE,5,ca) kf=0.186306 ref=(-3.586,27.58,4.978)

-中略-

    posi (EXAMPLE,162,ca) kf=0.186306 ref=(3.951,18.742,0.732)
    posi (EXAMPLE,163,ca) kf=0.186306 ref=(0.404,20.135,0.49)
    posi (EXAMPLE,164,ca) kf=0.186306 ref=(0.711,20.05,-3.346)
    posi (EXAMPLE,165,ca) kf=0.186306 ref=(1.52,16.308,-3.145)
    posi (EXAMPLE,166,ca) kf=0.186306 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
}


-O のデータ
Outdata-autokf-pdbNAMDRestraintCreate.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

0.000000e+00 2.941331e+00 -2.670398e+00

3.972714e+00

0.00 2.94 2.67


オプション -seg

seg=SEGNAMEで実行

-o のデータ
urestraint {
    posi (SEGNAME,1,ca) kf=1 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
    posi (SEGNAME,2,ca) kf=1 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
    posi (SEGNAME,3,ca) kf=1 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
    posi (SEGNAME,4,ca) kf=1 ref=(-2.465,27.513,1.336)
    posi (SEGNAME,5,ca) kf=1 ref=(-3.586,27.58,4.978)

-中略-

    posi (SEGNAME,162,ca) kf=1 ref=(3.951,18.742,0.732)
    posi (SEGNAME,163,ca) kf=1 ref=(0.404,20.135,0.49)
    posi (SEGNAME,164,ca) kf=1 ref=(0.711,20.05,-3.346)
    posi (SEGNAME,165,ca) kf=1 ref=(1.52,16.308,-3.145)
    posi (SEGNAME,166,ca) kf=1 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
}