「pdbNearAtomListShow」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
 
行108: 行108:
 
===オプション　-P, -d===
 
===オプション　-P, -d===
 
====P=(25, 25, 25), d=4で実行====  
 
====P=(25, 25, 25), d=4で実行====  
−
<pre>
+
<table>  
−
ATOM    956  N  ALA A 122      25.044  26.354  21.878  1.00 23.22  0      N 
+
<tr>
−
ATOM    957  CA  ALA A 122      24.629  25.506  22.993  1.00 23.07  0      C 
+
<td>[[画像:Outdata-P-pdbNearAtomListShow.png]]</td>
−
ATOM    958  C  ALA A 122      23.571  24.478  22.560  1.00 23.57  0      C 
+
<td><p align="left">重心<br>
−
ATOM   959  O  ALA A 122      22.446  24.446  23.061  1.00 25.91  0      O 
+
最大半径<br>
−
ATOM    960  N  ARG A 123      23.853  23.645  21.588  1.00 23.05  0      N 
+
最大半径(座標)<br> </p>
−
HETATM 1518  O  HOH A 330      27.437  27.791  25.260  1.00 45.73  0       O 
+
</td>
−
HETATM 1521  O  HOH A 333      25.098  25.384  28.198  1.00 43.86  0       O 
+
<td><p align="left">2.462900e+01    2.550600e+01   2.299300e+01<br>
−
</pre>
+
5.227511e+00<br>
 +
2.81       2.28      5.20<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>  
 
<br>
 
<br>
  
行146: 行150:
  
 
====d=0.3で実行====
 
====d=0.3で実行====
−
<pre>
+
<table>  
−
HETATM 1474  O  HOH A 286    -14.897  27.157  12.768  1.00 40.10  0      O 
+
<tr>
−
HETATM 1534  O  HOH A 346    -10.915  30.176  9.976  1.00 55.50  0      O 
+
<td>[[画像:Outdata-V-pdbNearAtomListShow.png]]</td>
−
ATOM    507  O  ALA A  66      -9.929  23.046  21.032  1.00 41.45  0      O 
+
<td><p align="left">重心<br>
−
HETATM 1540  O  HOH A 352    -10.235  23.855  27.031  1.00 43.38  0      O 
+
最大半径<br>
−
ATOM    505  CA  ALA A  66      -8.995  22.027  22.965  1.00 43.35  0      C 
+
最大半径(座標)<br> </p>
−
ATOM    513  CB  MET A  67      -8.867  27.005  21.902  1.00 41.04  0      C 
+
</td>
−
ATOM    504  N  ALA A  66      -7.918  22.257  23.921  1.00 45.50  0      N 
+
<td><p align="left">4.250222e+00    2.688167e+01   1.551100e+01<br>
−
HETATM 1470  O  HOH A 282      -7.853  21.950  30.960  1.00 50.81  0      O 
+
2.727775e+01 <br>
−
ATOM    490  CB  TYR A  64      -8.076  26.982  25.215  1.00 48.30  0      C 
+
21.57     22.63     26.38<br></p>
−
ATOM    824  CG2 VAL A 103      -7.008  18.145  14.849  1.00 25.37  0      C
+
</td>
−
 
+
</tr>
−
-中略-
+
</table>  
−
 
+
−
ATOM    614  O  LEU A  79      4.801  24.004  12.980  1.00 12.44  0      O 
+
−
HETATM 1325  PG  GCP A 167      5.150  32.173  22.030  1.00 11.69  0      P 
+
−
ATOM   346  N  VAL A  45      4.805  33.933  -5.144  1.00 14.46  0      N 
+
−
ATOM   252  OD2 ASP A  33      4.996  41.003  20.127  1.00 24.70  0      O 
+
−
ATOM  1281  CD  GLU A 162      6.059  16.819  2.231  1.00 21.63  0      C 
+
−
ATOM    881  O  MET A 111      5.836  17.905  6.923  1.00 10.65  0      O 
+
−
ATOM    716  C  ASP A  92      6.157  17.969  21.755  1.00 19.55  0      C 
+
−
ATOM    623  CB  CYS A  80      5.876  20.193  13.998  1.00 14.44  0      C 
+
−
ATOM    364  O  ASP A  47      5.977  26.958 -10.096  1.00 16.10  0      O 
+
−
ATOM    84  N  GLY A  12      6.246  26.970  23.838  1.00 12.46  0      N 
+
−
ATOM    348  C  VAL A  45      5.829  31.954  -5.959  1.00 13.08  0      C 
+
−
 
+
−
-中略-
+
−
 
+
−
ATOM    922  C  LYS A 117      18.989  27.772  16.115  1.00 13.20  0      C 
+
−
HETATM 1478  O  HOH A 290      18.826  34.958  24.938  1.00 42.58  0      O 
+
−
ATOM    996  C  SER A 127      19.917  15.168  13.969  1.00 21.86  0      C 
+
−
ATOM  1181  CB  GLN A 150      20.020  29.823  8.061  1.00 19.99  0      C 
+
−
ATOM    998  CB  SER A 127      21.183  17.098  13.162  1.00 21.85  0      C 
+
−
ATOM    972  CA  THR A 124      21.127  20.039  23.249  1.00 21.02  0      C 
+
−
ATOM    948  CG  LEU A 120      20.906  29.877  19.848  1.00 19.72  0      C 
+
−
ATOM    989  CB  GLU A 126     22.112  15.011  18.254  1.00 29.39  0      C 
+
−
ATOM    969  NH1 ARG A 123     22.011  21.860  15.184  1.00 22.27  0      N 
+
−
ATOM  1006  CD  ARG A 128      23.024  9.807  13.900  1.00 35.09  0      C 
+
−
ATOM    965  CG  ARG A 123      22.901  20.978  19.163  1.00 21.85  0      C 
+
−
ATOM    945  C  LEU A 120      24.037  27.785  18.808  1.00 19.00  0      C 
+
−
HETATM 1481  O  HOH A 293      25.821  11.912  22.906  1.00 48.57  0      O 
+
−
</pre>
+
 
<br>
 
<br>
  
 
====C=3500, d=0.3で実行====
 
====C=3500, d=0.3で実行====
−
<pre>
+
<table>  
−
ATOM    364  O  ASP A  47      5.977  26.958 -10.096  1.00 16.10  0      O
+
<tr>
−
</pre>
+
<td>[[画像:Outdata-VC-pdbNearAtomListShow.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">5.977000e+00    2.695800e+01  -1.009600e+01<br>
 +
0.000000e+00 <br>
 +
0.00      0.00      0.00<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>  
 
<br>
 
<br>

2014年2月14日 (金) 07:24時点における最新版

pdbNearAtomListShowとはPDBファイルから周辺の原子情報を得るEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 選択 出力ファイル: ASCII(座標リスト) stdout
-P 選択 POI: (Px, Py, Pz) (0.0, 0.0, 0.0)
-V 選択 VOI: mrcImage NULL
-C 選択 VOIの閾値(-V のみ使用) 0.0
-d 選択 距離: [A] 0.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
-P, -Vのどちらかを使用する(-Pが優先)


モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

No ATOM
この入力ファイルではデフォルトの設定で原子を見つけることはできない。


オプション　-P, -d

P=(25, 25, 25), d=4で実行

Outdata-P-pdbNearAtomListShow.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.462900e+01 2.550600e+01 2.299300e+01

5.227511e+00

2.81 2.28 5.20


オプション　-V

使用ファイルの画像

Input-121P1.png
xy平面

Input1-121P1.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3500.79 (24, 28, 5)
88.3104
323.414

0.914753


d=0.3で実行

Outdata-V-pdbNearAtomListShow.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

4.250222e+00 2.688167e+01 1.551100e+01

2.727775e+01

21.57 22.63 26.38


C=3500, d=0.3で実行

Outdata-VC-pdbNearAtomListShow.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

5.977000e+00 2.695800e+01 -1.009600e+01

0.000000e+00

0.00 0.00 0.00



「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=pdbNearAtomListShow&oldid=6391」から取得