「pdbNearAtomListShow」の版間の差分
提供: Eospedia
細 (Kinoshita がページ「PdbNearAtomListShow」を「pdbNearAtomListShow」に移動しました) |
|||
| 行1: | 行1: | ||
| − | '''pdbNearAtomListShow'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。 | + | '''pdbNearAtomListShow'''とは[[PDB]]ファイルから周辺の原子情報を得る[[Eos]]の[[コマンド]]である。 |
| 行81: | 行81: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| + | ===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像=== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01<br> | ||
| + | 3.286664e+01 <br> | ||
| + | 24.77 23.85 28.04<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
| + | <pre> | ||
| + | No ATOM | ||
| + | </pre> | ||
| + | <div>この入力ファイルではデフォルトの設定で原子を見つけることはできない。</div> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -P, -d=== | ||
| + | ====P=(25, 25, 25), d=4で実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | ATOM 956 N ALA A 122 25.044 26.354 21.878 1.00 23.22 0 N | ||
| + | ATOM 957 CA ALA A 122 24.629 25.506 22.993 1.00 23.07 0 C | ||
| + | ATOM 958 C ALA A 122 23.571 24.478 22.560 1.00 23.57 0 C | ||
| + | ATOM 959 O ALA A 122 22.446 24.446 23.061 1.00 25.91 0 O | ||
| + | ATOM 960 N ARG A 123 23.853 23.645 21.588 1.00 23.05 0 N | ||
| + | HETATM 1518 O HOH A 330 27.437 27.791 25.260 1.00 45.73 0 O | ||
| + | HETATM 1521 O HOH A 333 25.098 25.384 28.198 1.00 43.86 0 O | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
2014年1月28日 (火) 07:43時点における版
pdbNearAtomListShowとはPDBファイルから周辺の原子情報を得るEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: [pdb] | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル: [座標リスト] | stdout |
| -P | 選択 | POI: (Px, Py, Pz) | (0.0, 0.0, 0.0) |
| -V | 選択 | VOI: mrcImage | NULL |
| -C | 選択 | VOIのコンターレベル: mrcImage | 0.0 |
| -d | 選択 | 距離: [A] | 0.0 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
実行例
入力ファイルの画像
 |
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション必須項目のみの場合
No ATOM
この入力ファイルではデフォルトの設定で原子を見つけることはできない。
オプション -P, -d
P=(25, 25, 25), d=4で実行
ATOM 956 N ALA A 122 25.044 26.354 21.878 1.00 23.22 0 N ATOM 957 CA ALA A 122 24.629 25.506 22.993 1.00 23.07 0 C ATOM 958 C ALA A 122 23.571 24.478 22.560 1.00 23.57 0 C ATOM 959 O ALA A 122 22.446 24.446 23.061 1.00 25.91 0 O ATOM 960 N ARG A 123 23.853 23.645 21.588 1.00 23.05 0 N HETATM 1518 O HOH A 330 27.437 27.791 25.260 1.00 45.73 0 O HETATM 1521 O HOH A 333 25.098 25.384 28.198 1.00 43.86 0 O
