「pdbNearAtomListShow」の版間の差分
提供: Eospedia
行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル: [ | + | <td>入力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力ファイル: [ | + | <td>出力ファイル: [[ASCII]](座標リスト)</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行38: | 行38: | ||
<td>-C</td> | <td>-C</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>VOIの閾値(-V のみ使用)</td> |
<td>0.0</td> | <td>0.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行66: | 行66: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <div>-P, -Vのどちらかを使用する(-Pが優先)</div> | ||
+ | <br> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
行78: | 行80: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | + | <br> | |
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
行114: | 行116: | ||
HETATM 1518 O HOH A 330 27.437 27.791 25.260 1.00 45.73 0 O | HETATM 1518 O HOH A 330 27.437 27.791 25.260 1.00 45.73 0 O | ||
HETATM 1521 O HOH A 333 25.098 25.384 28.198 1.00 43.86 0 O | HETATM 1521 O HOH A 333 25.098 25.384 28.198 1.00 43.86 0 O | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -V=== | ||
+ | ====[[Media:Input-121P1.mrc | 使用ファイル]]の画像==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input-121P1.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input1-121P1.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 3500.79 (24, 28, 5)<br> | ||
+ | 88.3104<br> | ||
+ | 323.414<br> | ||
+ | 0.914753<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====d=0.3で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | HETATM 1474 O HOH A 286 -14.897 27.157 12.768 1.00 40.10 0 O | ||
+ | HETATM 1534 O HOH A 346 -10.915 30.176 9.976 1.00 55.50 0 O | ||
+ | ATOM 507 O ALA A 66 -9.929 23.046 21.032 1.00 41.45 0 O | ||
+ | HETATM 1540 O HOH A 352 -10.235 23.855 27.031 1.00 43.38 0 O | ||
+ | ATOM 505 CA ALA A 66 -8.995 22.027 22.965 1.00 43.35 0 C | ||
+ | ATOM 513 CB MET A 67 -8.867 27.005 21.902 1.00 41.04 0 C | ||
+ | ATOM 504 N ALA A 66 -7.918 22.257 23.921 1.00 45.50 0 N | ||
+ | HETATM 1470 O HOH A 282 -7.853 21.950 30.960 1.00 50.81 0 O | ||
+ | ATOM 490 CB TYR A 64 -8.076 26.982 25.215 1.00 48.30 0 C | ||
+ | ATOM 824 CG2 VAL A 103 -7.008 18.145 14.849 1.00 25.37 0 C | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | ATOM 614 O LEU A 79 4.801 24.004 12.980 1.00 12.44 0 O | ||
+ | HETATM 1325 PG GCP A 167 5.150 32.173 22.030 1.00 11.69 0 P | ||
+ | ATOM 346 N VAL A 45 4.805 33.933 -5.144 1.00 14.46 0 N | ||
+ | ATOM 252 OD2 ASP A 33 4.996 41.003 20.127 1.00 24.70 0 O | ||
+ | ATOM 1281 CD GLU A 162 6.059 16.819 2.231 1.00 21.63 0 C | ||
+ | ATOM 881 O MET A 111 5.836 17.905 6.923 1.00 10.65 0 O | ||
+ | ATOM 716 C ASP A 92 6.157 17.969 21.755 1.00 19.55 0 C | ||
+ | ATOM 623 CB CYS A 80 5.876 20.193 13.998 1.00 14.44 0 C | ||
+ | ATOM 364 O ASP A 47 5.977 26.958 -10.096 1.00 16.10 0 O | ||
+ | ATOM 84 N GLY A 12 6.246 26.970 23.838 1.00 12.46 0 N | ||
+ | ATOM 348 C VAL A 45 5.829 31.954 -5.959 1.00 13.08 0 C | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | ATOM 922 C LYS A 117 18.989 27.772 16.115 1.00 13.20 0 C | ||
+ | HETATM 1478 O HOH A 290 18.826 34.958 24.938 1.00 42.58 0 O | ||
+ | ATOM 996 C SER A 127 19.917 15.168 13.969 1.00 21.86 0 C | ||
+ | ATOM 1181 CB GLN A 150 20.020 29.823 8.061 1.00 19.99 0 C | ||
+ | ATOM 998 CB SER A 127 21.183 17.098 13.162 1.00 21.85 0 C | ||
+ | ATOM 972 CA THR A 124 21.127 20.039 23.249 1.00 21.02 0 C | ||
+ | ATOM 948 CG LEU A 120 20.906 29.877 19.848 1.00 19.72 0 C | ||
+ | ATOM 989 CB GLU A 126 22.112 15.011 18.254 1.00 29.39 0 C | ||
+ | ATOM 969 NH1 ARG A 123 22.011 21.860 15.184 1.00 22.27 0 N | ||
+ | ATOM 1006 CD ARG A 128 23.024 9.807 13.900 1.00 35.09 0 C | ||
+ | ATOM 965 CG ARG A 123 22.901 20.978 19.163 1.00 21.85 0 C | ||
+ | ATOM 945 C LEU A 120 24.037 27.785 18.808 1.00 19.00 0 C | ||
+ | HETATM 1481 O HOH A 293 25.821 11.912 22.906 1.00 48.57 0 O | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====C=3500, d=0.3で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | ATOM 364 O ASP A 47 5.977 26.958 -10.096 1.00 16.10 0 O | ||
</pre> | </pre> | ||
<br> | <br> |
2014年2月14日 (金) 01:12時点における版
pdbNearAtomListShowとはPDBファイルから周辺の原子情報を得るEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: ASCII(座標リスト) | stdout |
-P | 選択 | POI: (Px, Py, Pz) | (0.0, 0.0, 0.0) |
-V | 選択 | VOI: mrcImage | NULL |
-C | 選択 | VOIの閾値(-V のみ使用) | 0.0 |
-d | 選択 | 距離: [A] | 0.0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-P, -Vのどちらかを使用する(-Pが優先)
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
入力ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション必須項目のみの場合
No ATOM
この入力ファイルではデフォルトの設定で原子を見つけることはできない。
オプション -P, -d
P=(25, 25, 25), d=4で実行
ATOM 956 N ALA A 122 25.044 26.354 21.878 1.00 23.22 0 N ATOM 957 CA ALA A 122 24.629 25.506 22.993 1.00 23.07 0 C ATOM 958 C ALA A 122 23.571 24.478 22.560 1.00 23.57 0 C ATOM 959 O ALA A 122 22.446 24.446 23.061 1.00 25.91 0 O ATOM 960 N ARG A 123 23.853 23.645 21.588 1.00 23.05 0 N HETATM 1518 O HOH A 330 27.437 27.791 25.260 1.00 45.73 0 O HETATM 1521 O HOH A 333 25.098 25.384 28.198 1.00 43.86 0 O
オプション -V
使用ファイルの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 3500.79 (24, 28, 5) |
d=0.3で実行
HETATM 1474 O HOH A 286 -14.897 27.157 12.768 1.00 40.10 0 O HETATM 1534 O HOH A 346 -10.915 30.176 9.976 1.00 55.50 0 O ATOM 507 O ALA A 66 -9.929 23.046 21.032 1.00 41.45 0 O HETATM 1540 O HOH A 352 -10.235 23.855 27.031 1.00 43.38 0 O ATOM 505 CA ALA A 66 -8.995 22.027 22.965 1.00 43.35 0 C ATOM 513 CB MET A 67 -8.867 27.005 21.902 1.00 41.04 0 C ATOM 504 N ALA A 66 -7.918 22.257 23.921 1.00 45.50 0 N HETATM 1470 O HOH A 282 -7.853 21.950 30.960 1.00 50.81 0 O ATOM 490 CB TYR A 64 -8.076 26.982 25.215 1.00 48.30 0 C ATOM 824 CG2 VAL A 103 -7.008 18.145 14.849 1.00 25.37 0 C -中略- ATOM 614 O LEU A 79 4.801 24.004 12.980 1.00 12.44 0 O HETATM 1325 PG GCP A 167 5.150 32.173 22.030 1.00 11.69 0 P ATOM 346 N VAL A 45 4.805 33.933 -5.144 1.00 14.46 0 N ATOM 252 OD2 ASP A 33 4.996 41.003 20.127 1.00 24.70 0 O ATOM 1281 CD GLU A 162 6.059 16.819 2.231 1.00 21.63 0 C ATOM 881 O MET A 111 5.836 17.905 6.923 1.00 10.65 0 O ATOM 716 C ASP A 92 6.157 17.969 21.755 1.00 19.55 0 C ATOM 623 CB CYS A 80 5.876 20.193 13.998 1.00 14.44 0 C ATOM 364 O ASP A 47 5.977 26.958 -10.096 1.00 16.10 0 O ATOM 84 N GLY A 12 6.246 26.970 23.838 1.00 12.46 0 N ATOM 348 C VAL A 45 5.829 31.954 -5.959 1.00 13.08 0 C -中略- ATOM 922 C LYS A 117 18.989 27.772 16.115 1.00 13.20 0 C HETATM 1478 O HOH A 290 18.826 34.958 24.938 1.00 42.58 0 O ATOM 996 C SER A 127 19.917 15.168 13.969 1.00 21.86 0 C ATOM 1181 CB GLN A 150 20.020 29.823 8.061 1.00 19.99 0 C ATOM 998 CB SER A 127 21.183 17.098 13.162 1.00 21.85 0 C ATOM 972 CA THR A 124 21.127 20.039 23.249 1.00 21.02 0 C ATOM 948 CG LEU A 120 20.906 29.877 19.848 1.00 19.72 0 C ATOM 989 CB GLU A 126 22.112 15.011 18.254 1.00 29.39 0 C ATOM 969 NH1 ARG A 123 22.011 21.860 15.184 1.00 22.27 0 N ATOM 1006 CD ARG A 128 23.024 9.807 13.900 1.00 35.09 0 C ATOM 965 CG ARG A 123 22.901 20.978 19.163 1.00 21.85 0 C ATOM 945 C LEU A 120 24.037 27.785 18.808 1.00 19.00 0 C HETATM 1481 O HOH A 293 25.821 11.912 22.906 1.00 48.57 0 O
C=3500, d=0.3で実行
ATOM 364 O ASP A 47 5.977 26.958 -10.096 1.00 16.10 0 O