「pdbPCA」の版間の差分

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'''pdbPCA'''とは[[PDB]]ファイルで指定された原子モデルの軸を求めるための[[Eos]]の[[コマンド]]である。[[主成分分析法]]([[PCA]])により、3つの直交する軸を求める。第一主成分が、分子のもっとも長い向きを表すことになる。
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'''pdbPCA'''とは[[PDB]]ファイルで指定された原子モデルの軸を求めるための[[Eos]]の[[コマンド]]である。[[主成分分析]]([[PCA]])により、3つの直交する軸を求める。第一主成分が、分子のもっとも長い向きを表すことになる。
  
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>入力ファイル:PDB</td>  
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<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>stdion(設定しなければ標準入力)</td>  
 
<td>stdion(設定しなければ標準入力)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル:計算結果を出力 (ASCII) </td>  
+
<td>出力ファイル:計算結果を出力: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout(設定しなければ標準出力)</td>  
 
<td>stdout(設定しなければ標準出力)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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<td>-oU</td>  
 
<td>-oU</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル:Unit Vector (Array)</td>  
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<td>出力ファイル:Unit Vector: [[ASCII]](Array)</td>  
 
<td>NULL(設定しなければ出力しない)</td>  
 
<td>NULL(設定しなければ出力しない)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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<td>-oM</td>  
 
<td>-oM</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル:Unit Vector (Marix3D)</td>  
+
<td>出力ファイル:Unit Vector: [[ASCII]](Marix3D)</td>  
 
<td>NULL(設定しなければ出力しない)</td>  
 
<td>NULL(設定しなければ出力しない)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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<td>-oPDB</td>  
 
<td>-oPDB</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル:Unit Vectorで回転した原子モデル(PDB)、第1,2,3主成分軸がx, y, z軸</td>  
+
<td>出力ファイル:Unit Vectorで回転した原子モデル: [[PDB]]<br>
 +
       第1,2,3主成分軸がx, y, z軸</td>  
 
<td>NULL(設定しなければ出力しない)</td>  
 
<td>NULL(設定しなければ出力しない)</td>  
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-c</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>コンフィグファイル設定</td>
 +
<td>NULL</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-m</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>モードを設定</td>
 +
<td>0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-h</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>ヘルプを表示</td>
 +
<td> </td>
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</div>  
 
</div>  
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<th>説明</th>  
 
<th>説明</th>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
+
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td></td>
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</tr>
 
</div>  
 
</div>  
 
</table>
 
</table>
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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 
+
<pre>
 
  $ pdbPCA -i 1VOM.pdb  
 
  $ pdbPCA -i 1VOM.pdb  
 
  Program Start
 
  Program Start
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   3140204.500000  1205074.000000  941588.812500  
 
   3140204.500000  1205074.000000  941588.812500  
 
 #第一主成分   #第二主成分   # 第三主成分
 
 #第一主成分   #第二主成分   # 第三主成分
 +
</pre>
 +
<br>
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 +
===[[:Media:Input-1VOM.pdb.zip |入力ファイル]]の詳細===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-PDB.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.727136e+01    3.631518e+01  -2.983928e+01<br>
 +
5.314867e+01 <br>
 +
40.92      41.49      48.47<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Result
 +
C: covariance matrix
 +
2 3 3
 +
1149624.250000  -118627.789062  315483.843750
 +
-118627.789062  2010078.250000 -1021173.562500
 +
  315483.843750 -1021173.562500  2127164.750000
 +
u: unit vector
 +
2 3 3
 +
      0.154886      -0.671246        0.724871
 +
      0.767707        0.543582        0.339330
 +
      -0.621801        0.503931        0.599514
 +
lambda^2: lambda^2
 +
1 3
 +
3140204.500000  1205074.000000  941588.812500
 +
Averege: Center Position
 +
1 3
 +
      66.530304      36.237804      -29.722399
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oU のデータ</div>
 +
<pre>
 +
2 3 3
 +
      0.154886      -0.671246        0.724871
 +
      0.767707        0.543582        0.339330
 +
      -0.621801        0.503931        0.599514
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</pre>
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<br>
 +
 +
<div>-oM のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.154886      -0.671246        0.724871
 +
      0.767707        0.543582        0.339330
 +
      -0.621801        0.503931        0.599514
 +
      0.000000        0.000000        0.000000
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oPDB のデータ</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-pdbPCA.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-3.558668e+01    6.125959e+01  -4.141817e+01<br>
 +
5.314899e+01<br>
 +
48.12      36.21      35.41<br> </p>
 +
</td>
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</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年6月27日 (金) 04:58時点における最新版

pdbPCAとはPDBファイルで指定された原子モデルの軸を求めるためのEosコマンドである。主成分分析PCA)により、3つの直交する軸を求める。第一主成分が、分子のもっとも長い向きを表すことになる。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル: PDB stdion(設定しなければ標準入力)
-o 選択 出力ファイル:計算結果を出力: ASCII stdout(設定しなければ標準出力)
-oU 選択 出力ファイル:Unit Vector: ASCII(Array) NULL(設定しなければ出力しない)
-oM 選択 出力ファイル:Unit Vector: ASCII(Marix3D) NULL(設定しなければ出力しない)
-oPDB 選択 出力ファイル:Unit Vectorで回転した原子モデル: PDB
       第1,2,3主成分軸がx, y, z軸
NULL(設定しなければ出力しない)
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

 $ pdbPCA -i 1VOM.pdb 
 Program Start
 (0,0):=1149624.289131
 (0,1):=-118627.789270
 (0,2):=315483.835955
 (1,0):=-118627.789270
 (1,1):=2010078.268384
 (1,2):=-1021173.592972
 (2,0):=315483.835955
 (2,1):=-1021173.592972
 (2,2):=2127164.855685
 nrot for PCA: 11
 Result
 C: covariance matrix
 2 3 3 
  1149624.250000  -118627.789062   315483.843750 
  -118627.789062  2010078.250000 -1021173.562500 
   315483.843750 -1021173.562500  2127164.750000 
 u: unit vector
 2 3 3 
        0.154886       -0.671246        0.724871         # 第一主成分の固有ベクトル
        0.767707        0.543582        0.339330         # 第二主成分の固有ベクトル
       -0.621801        0.503931        0.599514     # 第三主成分の固有ベクトル
 lambda^2: lambda^2
 1 3 
  3140204.500000  1205074.000000   941588.812500 
 #第一主成分   #第二主成分   # 第三主成分


入力ファイルの詳細

Input-1VOM-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01

5.314867e+01

40.92 41.49 48.47


オプション必須項目のみの場合

-o のデータ
Result
C: covariance matrix
2 3 3 
 1149624.250000  -118627.789062   315483.843750 
 -118627.789062  2010078.250000 -1021173.562500 
  315483.843750 -1021173.562500  2127164.750000 
u: unit vector
2 3 3 
       0.154886       -0.671246        0.724871 
       0.767707        0.543582        0.339330 
      -0.621801        0.503931        0.599514 
lambda^2: lambda^2
1 3 
 3140204.500000  1205074.000000   941588.812500 
Averege: Center Position
1 3 
      66.530304       36.237804      -29.722399 


-oU のデータ
2 3 3 
       0.154886       -0.671246        0.724871 
       0.767707        0.543582        0.339330 
      -0.621801        0.503931        0.599514 


-oM のデータ
       0.154886       -0.671246        0.724871 
       0.767707        0.543582        0.339330 
      -0.621801        0.503931        0.599514 
       0.000000        0.000000        0.000000 


-oPDB のデータ
Outdata-pdbPCA.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.558668e+01 6.125959e+01 -4.141817e+01

5.314899e+01

48.12 36.21 35.41