pdbPCA

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pdbPCAとはPDBファイルで指定された原子モデルの軸を求めるためのEosコマンドである。主成分分析法PCA)により、3つの直交する軸を求める。第一主成分が、分子のもっとも長い向きを表すことになる。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル:PDB stdion(設定しなければ標準入力)
-o 選択 出力ファイル:ASCII stdout(設定しなければ標準出力)

モードの詳細

モード 説明


実行例

$ pdbPCA -i 1VOM.pdb 
Program Start
(0,0):=1149624.289131
(0,1):=-118627.789270
(0,2):=315483.835955
(1,0):=-118627.789270
(1,1):=2010078.268384
(1,2):=-1021173.592972
(2,0):=315483.835955
(2,1):=-1021173.592972
(2,2):=2127164.855685
nrot for PCA: 11
Result
C: covariance matrix
2 3 3 
 1149624.250000  -118627.789062   315483.843750 
 -118627.789062  2010078.250000 -1021173.562500 
  315483.843750 -1021173.562500  2127164.750000 
u: unit vector
2 3 3 
       0.154886       -0.671246        0.724871         # 第一主成分の固有ベクトル
       0.767707        0.543582        0.339330         # 第二主成分の固有ベクトル
      -0.621801        0.503931        0.599514     # 第三主成分の固有ベクトル
lambda^2: lambda^2
1 3 
 3140204.500000  1205074.000000   941588.812500 

 #第一主成分   #第二主成分   # 第三主成分