pdbRhoFit

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2013年11月11日 (月) 08:25時点におけるKinoshita (トーク | 投稿記録)による版

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pdbRhoFitとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-ipdb 必須 入力ファイル: [pdb] (原子モデル) NULL
-imrc 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-omrc 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-otxt 選択 出力ファイル: [テキスト] NULL
-opar 選択 出力ファイル: [パラメータ] stdout
-opdb 選択 出力ファイル: [pdb] NULL
-xmin 選択 xの最小 0
-xmax 選択 xの最大 0
-xd 選択 xの間隔 1
-ymin 選択 yの最小 0
-ymax 選択 yの最大 0
-yd 選択 yの間隔 1
-zmin 選択 zの最小 0
-zmax 選択 zの最大 82
-zd 選択 zの間隔 1
-EA 選択 Euler Angle for three-angle ZOYS
-phimin 選択 phiの最小: [degree] 0
-phimax 選択 phiの最大: [degree] 194
-phid 選択 phiの間隔: [degree] 2
-psimin 選択 psiの最小: [degree] 0
-psimax 選択 psiの最大: [degree] 0
-psid 選択 psiの間隔: [degree] 2
-thetamin 選択 thetaの最小: [degree] 0
-thetamax 選択 thetaの最大: [degree] 0
-thetad 選択 thetaの間隔: [degree] 2
-nw 選択 weight for normalize 100000000.0
-nC 選択 weight for normalize 0.0
-I 選択 黒を高密度とする
-Zminus 選択 Shift to -z
-Tlim 選択 The atom will be neglected 60
-Centre 選択 Filament-axis is x=0, y=0
-C Variable ContourLevel 0.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
    -ipdb   : Filename of pdb file of atomic model
    -imrc   : Filename of mrc file of contour map
    -omrc   : Filename of mrc file of fitting results
    -otxt   : Filename of text file of fitting results
    -opar   : Filename of text file of fitting results
    -opdb   : Filename of pdb file with a max score after fitting results
    -zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
    -zmax   : Final value of z
    -zd     : Delta z for fitting (should >0)
    -phimin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
    -phimax : Final value of phi (should >0)
    -phid   : Delta phi for fitting (should >0)
    -C      : Contour level (variable and MUST be last option)
    -Inverse: Protein has high density on the image
    -Zminus : Atomic model shift to -z while fitting
    -Tfactor: Consider temperature factor
    -Tlim   : The atoms whose T factor is above Tlim will be neglected
    -Centre : Filament-axis is x=0, y=0

モードの詳細

モード 説明
0 輪郭内の原子をカウントする
1 原子の密度を加える


実行例

入力ファイルの画像

pdbの画像

Input(pdb)-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04

mrcImageの画像

Input(mrc)-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

5 (34, 41, 36)
0.00471829
0.0933498

0.000162869

オプション -C

C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-C-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.548556e+02 1.552094e+02 9.389075e+01

3.286630e+01

26.73 23.32 28.04

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-C-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1484 (94, 15, 0)
227.582
415.63

2.66069

オプション -xmin, -xmax, xd

xmin=0, xmax=10, xd=1, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-xminxmaxxd-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.041704e+01 1.983455e+01 9.389075e+01

3.286621e+01

25.81 23.64 28.04

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-xminxmaxxd-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (1, 0, 1)

1547 (1, 43, 0)
231.931
425.602

2.72453

オプション -ymin, -ymax, -yd

ymin=10, ymax=20, yd=2, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-yminymaxyd-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.475229e+02 2.818824e+01 9.389075e+01

3.286666e+01

23.76 25.30 28.04

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-yminymaxyd-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (1, 0, 1)

1550 (44, 24, 0)
340.096
555.774

3.55783

オプション -zmin, -zmax, -zd

zmin=20, zmax=70, zd=2, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-zminzmaxzd-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.548556e+02 1.552094e+02 8.189075e+01

3.286630e+01

26.73 23.32 28.04

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-zminzmaxzd-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (1, 0, 1)

1484 (94, 0, 0)
231.435
423.41

4.84285