「pdbSecondaryStructurePrint」の版間の差分
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==オプション一覧== | ==オプション一覧== | ||
| + | ===メインオプション=== | ||
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<div align="left"> | <div align="left"> | ||
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>入力ファイル設定</td> | + | <td>入力ファイル設定: [[PDB]]</td> |
<td>stdin</td> | <td>stdin</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>出力ファイル設定</td> | + | <td>出力ファイル設定: [[ASCII]]</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-c</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>コンフィグファイル設定</td> | ||
| + | <td>NULL</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-m</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>モードを設定</td> | ||
| + | <td>0</td> | ||
| + | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-h</td> | <td>-h</td> | ||
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</div> | </div> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
| + | ===モードの詳細=== | ||
| + | <table border="1"> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <th>モード</th> | ||
| + | <th>説明</th> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>0</td> | ||
| + | <td></td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
==実行例== | ==実行例== | ||
| − | ===- | + | ===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の詳細=== |
| − | <div>[[画像: | + | <div>[[画像:121p.png]]<br> |
<br> | <br> | ||
| − | [[画像: | + | [[画像:121p-Info.png]]</div> |
| + | <br> | ||
| − | === | + | ===オプション必須項目のみの場合=== |
| − | + | <div>下記の内容が出力される</div> | |
| − | + | <pre> | |
| − | + | HELIX 1 A1 LYS A 16 GLN A 25 1 10 | |
| + | HELIX 2 A2 SER A 65 THR A 74 1 10 | ||
| + | HELIX 3 A3 THR A 87 VAL A 103 1 17 | ||
| + | HELIX 4 A4 SER A 127 TYR A 137 1 11 | ||
| + | HELIX 5 A5 VAL A 152 ARG A 164 1 13 | ||
| + | SHEET 1 S 6 GLU A 37 ILE A 46 0 | ||
| + | SHEET 2 S 6 GLU A 49 THR A 58 -1 O LEU A 53 N LYS A 42 | ||
| + | SHEET 3 S 6 THR A 2 VAL A 9 1 N LEU A 6 O ASP A 54 | ||
| + | SHEET 4 S 6 GLY A 77 ALA A 83 1 N LEU A 79 O VAL A 7 | ||
| + | SHEET 5 S 6 MET A 111 ASN A 116 1 N VAL A 114 O CYS A 80 | ||
| + | SHEET 6 S 6 TYR A 141 GLU A 143 1 N ILE A 142 O LEU A 113 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
2014年8月18日 (月) 00:19時点における最新版
pdbSecondaryStructurePrintとは二次構造を表示するEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
実行例
入力ファイルの詳細
オプション必須項目のみの場合
下記の内容が出力される
HELIX 1 A1 LYS A 16 GLN A 25 1 10 HELIX 2 A2 SER A 65 THR A 74 1 10 HELIX 3 A3 THR A 87 VAL A 103 1 17 HELIX 4 A4 SER A 127 TYR A 137 1 11 HELIX 5 A5 VAL A 152 ARG A 164 1 13 SHEET 1 S 6 GLU A 37 ILE A 46 0 SHEET 2 S 6 GLU A 49 THR A 58 -1 O LEU A 53 N LYS A 42 SHEET 3 S 6 THR A 2 VAL A 9 1 N LEU A 6 O ASP A 54 SHEET 4 S 6 GLY A 77 ALA A 83 1 N LEU A 79 O VAL A 7 SHEET 5 S 6 MET A 111 ASN A 116 1 N VAL A 114 O CYS A 80 SHEET 6 S 6 TYR A 141 GLU A 143 1 N ILE A 142 O LEU A 113
