pdbShapeFit

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2014年3月7日 (金) 06:32時点におけるKinoshita (トーク | 投稿記録)による版

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pdbShapeFitとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-ipdb 必須 入力ファイル: PDB (原子モデル) NULL
-imrc 必須 入力ファイル: mrcImage(3D) NULL
-C 必須 Contour 0.0
-CM 選択 ContourMode: refer to mrcImageContourSurfaceCreate 0
-omrc 選択 出力ファイル: mrcImage NULL
-otxt 選択 出力ファイル: ASCII stdout
-opdb 選択 出力ファイル: PDB NULL
-xmin 選択 xの最小 0
-xmax 選択 xの最大 0
-xd 選択 xの間隔 1
-ymin 選択 yの最小 0
-ymax 選択 yの最大 0
-yd 選択 yの間隔 1
-zmin 選択 zの最小 0
-zmax 選択 zの最大 82
-zd 選択 zの間隔 1
-EA 選択 オイラー角の回転モード ZOYS
-phimin 選択 phiの最小: [degree] 0
-phimax 選択 phiの最大: [degree] 194
-phid 選択 phiの間隔: [degree] 2
-psimin 選択 psiの最小: [degree] 0
-psimax 選択 psiの最大: [degree] 0
-psid 選択 psiの間隔: [degree] 2
-thetamin 選択 thetaの最小: [degree] 0
-thetamax 選択 thetaの最大: [degree] 0
-thetad 選択 thetaの間隔: [degree] 2
-PSM 選択 PDB SurfaceMode: refer to pdbSurface 0
-order 選択 order: refer to pdbSurface 1.7
-refine 選択 refine: refer to pdbSurface 2
-size 選択 size: refer to pdbSurface 3
-weight 選択 weight: refer to pdbSurface 100
-mergin 選択 mergin: refer to pdbSurface 3.0
-thres 選択 threshold: refer to pdbSurface 0.0
-I 選択 黒を高密度とする
-Centre 選択 Filament-axis is x=0, y=0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  


    -ipdb   : Filename : An atomic model to be fitted (PDB) 
    -imrc   : Filename : 3-D density map (mrc-formated) 
    -omrc   : Filename : fitting score map (MRC) 
                         z=0: a max-score map of an phi-z plane which includes a max score point.
                              The max score mean a maximum score in all x-y-psi-theta plane with specific values of phi and z.
                         z=1: a max-score map of an psi-theta plane which includes a max score point.
                              The max score mean a maximum score in all x-y plane with specific values of psi, theta, phi and z.
                         z=2: a score map of an x-y plane which includes a max score point.
    -otxt   : Filename : fitting results (Text)
    -opdb   : Filename : An atomic model with a maximum score after fitting 
    -x|y|zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
    -x|y|zmax   : Final   value of z
    -x|y|zd     : Delta z for fitting (should !=0)
    -phi|psi|thetamin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
    -phi|psi|thetamax : Final value of phi  (should !=0)
    -phi|psi|thetad   : Delta phi for fitting (should >0)
    -C      : Contour level of map file
    -Inverse: Protein has high density on the image
    -Centre : Filament-axis in an inPDBFile is along the line of x=0, y=0
    -EA     : Euler Angle Set : ZOYS: z -> y -> x 


モードの詳細

モード 説明
0 輪郭内の原子数をカウントする


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB1.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 9.408175e+00 2.622422e+01

3.286665e+01

24.77 22.88 23.78


Input-121P.png
xy平面

Input1-121P.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3500.79 (49, 53, 30)
11.0585
118.123

0.118123


オプション必須項目のみの場合

C=1000で実行

-omrc の画像

Outdata-pdbShapeFit.png
白: 入力 青: 出力

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (18, 0, 0)

17460.5 (57, 81, 0)
1189.56
2672.72

29.6348


-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
REMARK Create Surface of pdbFile 
 START       0.00     0
   MAX       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     104.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     108.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     116.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     120.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START       1.00     1
 START       2.00     2
 START       3.00     3
 START       4.00     4

-中略-

 START      71.00    71
 START      72.00    72
 START      73.00    73
   MAX     106.00      73.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      74.00    74
 START      75.00    75
 START      76.00    76
   MAX     106.00      76.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00      76.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      77.00    77
   MAX     110.00      77.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      78.00    78
   MAX     110.00      78.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      79.00    79
   MAX     112.00      79.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      80.00    80
 START      81.00    81
   MAX     114.00      81.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      82.00    82


-opdb の画像
Outdata1-pdbShapeFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.037972e+02 2.611602e+01 1.072242e+02

3.286633e+01

20.84 31.41 23.78


オプション -

で実行

-omrc の画像
ファイル:Outdata--pdbShapeFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差







-otxt のデータ


-opdb の画像
ファイル:Outdata1--pdbShapeFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)