pdbTempFactorSet

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pdbTempFactorSetとはPDBファイルに温度因子を設定するEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-r 選択 参照ファイル: ASCII stdin
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  


モードの詳細

モード 説明
0


-r のフォーマット

シーケンスNo.  温度因子の設定値
.
.


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


エディタで見た場合
-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06           N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27           C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41           C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12           O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94           C  
ATOM      6  CG  MET A   1      -4.594  33.420  -4.990  1.00 19.41           C  
ATOM      7  SD  MET A   1      -3.193  34.558  -4.899  1.00 21.82           S  
ATOM      8  CE  MET A   1      -4.325  35.886  -4.618  1.00 23.68           C  
ATOM      9  N   THR A   2      -4.966  29.934  -5.760  1.00 15.08           N  
ATOM     10  CA  THR A   2      -4.759  28.930  -4.751  1.00 16.71           C  
ATOM     11  C   THR A   2      -4.312  29.597  -3.441  1.00 16.63           C  
ATOM     12  O   THR A   2      -3.423  30.479  -3.406  1.00 17.08           O  
ATOM     13  CB  THR A   2      -3.707  27.952  -5.310  1.00 16.63           C  
ATOM     14  OG1 THR A   2      -4.298  27.397  -6.486  1.00 20.57           O  
ATOM     15  CG2 THR A   2      -3.318  26.861  -4.361  1.00 15.26           C  
ATOM     16  N   GLU A   3      -4.956  29.200  -2.361  1.00 16.48           N  
ATOM     17  CA  GLU A   3      -4.531  29.674  -1.062  1.00 19.32           C  
ATOM     18  C   GLU A   3      -4.016  28.444  -0.302  1.00 18.43           C  
ATOM     19  O   GLU A   3      -4.525  27.315  -0.502  1.00 18.03           O  
ATOM     20  CB  GLU A   3      -5.690  30.302  -0.312  1.00 21.18           C  
ATOM     21  CG  GLU A   3      -6.329  31.456  -1.109  1.00 26.05           C  
ATOM     22  CD  GLU A   3      -7.235  32.429  -0.346  1.00 28.96           C  
ATOM     23  OE1 GLU A   3      -7.498  32.239   0.846  1.00 30.26           O  
ATOM     24  OE2 GLU A   3      -7.662  33.416  -0.948  1.00 31.23           O  
ATOM     25  N   TYR A   4      -2.943  28.607   0.490  1.00 16.16           N  
ATOM     26  CA  TYR A   4      -2.465  27.513   1.336  1.00 15.13           C  

-後略-


オプション -r

以下のデータで実行
1  11
3  33


-o をエディタで見た場合
-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 11.00   0       N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 11.00   0       C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 11.00   0       C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 11.00   0       O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 11.00   0       C  
ATOM      6  CG  MET A   1      -4.594  33.420  -4.990  1.00 11.00   0       C  
ATOM      7  SD  MET A   1      -3.193  34.558  -4.899  1.00 11.00   0       S  
ATOM      8  CE  MET A   1      -4.325  35.886  -4.618  1.00 11.00   0       C  
ATOM      9  N   THR A   2      -4.966  29.934  -5.760  1.00 15.08   0       N  
ATOM     10  CA  THR A   2      -4.759  28.930  -4.751  1.00 16.71   0       C  
ATOM     11  C   THR A   2      -4.312  29.597  -3.441  1.00 16.63   0       C  
ATOM     12  O   THR A   2      -3.423  30.479  -3.406  1.00 17.08   0       O  
ATOM     13  CB  THR A   2      -3.707  27.952  -5.310  1.00 16.63   0       C  
ATOM     14  OG1 THR A   2      -4.298  27.397  -6.486  1.00 20.57   0       O  
ATOM     15  CG2 THR A   2      -3.318  26.861  -4.361  1.00 15.26   0       C  
ATOM     16  N   GLU A   3      -4.956  29.200  -2.361  1.00 33.00   0       N  
ATOM     17  CA  GLU A   3      -4.531  29.674  -1.062  1.00 33.00   0       C  
ATOM     18  C   GLU A   3      -4.016  28.444  -0.302  1.00 33.00   0       C  
ATOM     19  O   GLU A   3      -4.525  27.315  -0.502  1.00 33.00   0       O  
ATOM     20  CB  GLU A   3      -5.690  30.302  -0.312  1.00 33.00   0       C  
ATOM     21  CG  GLU A   3      -6.329  31.456  -1.109  1.00 33.00   0       C  
ATOM     22  CD  GLU A   3      -7.235  32.429  -0.346  1.00 33.00   0       C  
ATOM     23  OE1 GLU A   3      -7.498  32.239   0.846  1.00 33.00   0       O  
ATOM     24  OE2 GLU A   3      -7.662  33.416  -0.948  1.00 33.00   0       O  
ATOM     25  N   TYR A   4      -2.943  28.607   0.490  1.00 16.16   0       N  
ATOM     26  CA  TYR A   4      -2.465  27.513   1.336  1.00 15.13   0       C  

-後略-