「pdbTrans」の版間の差分
提供: Eospedia
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− | '''pdbTrans''' | + | '''pdbTrans'''とは[[PDB]]ファイルをアフィン変換する[[Eos]]の[[コマンド]]である。 |
==オプション一覧== | ==オプション一覧== | ||
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル設定</td> | + | <td>入力ファイル設定: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>出力ファイル設定</td> | + | <td>出力ファイル設定: [[PDB]]</td> |
+ | <td>NULL</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-M</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>行列ファイル: [[ASCII]](4x4行列)</td> | ||
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>モード 0.0 0.0 0.0</td> | <td>モード 0.0 0.0 0.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-c</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>コンフィグファイル設定</td> | ||
+ | <td>NULL</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-m</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>モードを設定</td> | ||
+ | <td>0</td> | ||
+ | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-h</td> | <td>-h</td> | ||
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</div> | </div> | ||
</table> | </table> | ||
− | + | ||
+ | ===モードの詳細=== | ||
+ | <table border="1"> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>モード</th> | ||
+ | <th>説明</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>0</td> | ||
+ | <td></td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===-Mのフォーマット=== | ||
+ | <pre> | ||
+ | data(0, 0) data(0, 1) data(0, 2) data(0, 3) | ||
+ | data(1, 0) data(1, 1) data(1, 2) data(1, 3) | ||
+ | data(2, 0) data(2, 1) data(2, 2) data(2, 3) | ||
+ | data(3, 0) data(3, 1) data(3, 2) data(3, 3) | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>[[matrix3DFromEulerAngle]]にて作成することが出来る。 </div> | ||
+ | |||
===オプション-EAのRotModeの設定の詳細=== | ===オプション-EAのRotModeの設定の詳細=== | ||
<table> | <table> | ||
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<div>※オプション-Mと-EAの両方が宣言されてる場合、最初に-Mを実行し、次に-EAを実行する</div> | <div>※オプション-Mと-EAの両方が宣言されてる場合、最初に-Mを実行し、次に-EAを実行する</div> | ||
− | + | ||
==実行例== | ==実行例== | ||
− | ===- | + | ===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像=== |
− | [[画像:121p | + | [[画像:121p.png]]<br> |
− | ==== | + | <br> |
− | [[画像:121p-Info | + | ====[[pdbInfo]]でみた入力ファイルの詳細==== |
+ | [[画像:121p-Info.png]]<br> | ||
<div>※オプション必須項目のみの場合の出力結果は入力ファイルと変わらない</div> | <div>※オプション必須項目のみの場合の出力結果は入力ファイルと変わらない</div> | ||
− | + | <br> | |
− | === | + | |
+ | ===オプション -M=== | ||
====例1:x軸方向にせん断する座標変換==== | ====例1:x軸方向にせん断する座標変換==== | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | + | 行列ファイルの詳細<br> | |
− | + | <pre> | |
− | + | 1.000000 1.000000 1.000000 0.000000 | |
− | + | 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 | |
− | + | 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 | |
− | </tr> | + | 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 |
+ | </pre> | ||
+ | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | + | 出力結果画像<br> | |
− | + | [[画像:Outdata-M-pdbTrans.png]] | |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | + | <br> | |
+ | |||
====例2:平面XYに反射する座標変換==== | ====例2:平面XYに反射する座標変換==== | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | + | 行列ファイルの詳細<br> | |
− | + | <pre> | |
− | + | 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 | |
− | + | 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 | |
− | + | 0.000000 0.000000 -1.000000 0.000000 | |
+ | 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 | ||
+ | </pre> | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | + | 出力結果画像<br> | |
− | + | [[画像:Outdata-M1-pdbTrans.png]] | |
− | + | ||
− | + | ||
− | [[画像: | + | |
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | + | <br> | |
− | ===----- | + | |
+ | ====例3:x軸に対して回転する座標変換==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | 行列ファイルの詳細<br> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 | ||
+ | 0.000000 0.707107 -0.707107 0.000000 | ||
+ | 0.000000 0.707107 0.707107 0.000000 | ||
+ | 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 | ||
+ | </pre> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | 出力結果画像<br> | ||
+ | [[画像:Outdata-M2-pdbTrans.png]] | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====例4:x軸方向に平行移動する座標変換==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | 行列ファイルの詳細<br> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 | ||
+ | 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 | ||
+ | 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 | ||
+ | 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 | ||
+ | </pre> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | 出力結果画像<br> | ||
+ | [[画像:Outdata-M3-pdbTrans.png]] | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -EA=== | ||
====オプション -EA ZONS 30 30 30 で実行==== | ====オプション -EA ZONS 30 30 30 で実行==== | ||
[[画像:121p.ea-pdbTrans.png]]<br> | [[画像:121p.ea-pdbTrans.png]]<br> | ||
<br> | <br> | ||
− | <div> | + | <div>※白…入力画像、ピンク…処理画像</div> |
+ | <br> |
2014年8月18日 (月) 01:33時点における最新版
pdbTransとはPDBファイルをアフィン変換するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
-Mのフォーマット
data(0, 0) data(0, 1) data(0, 2) data(0, 3) data(1, 0) data(1, 1) data(1, 2) data(1, 3) data(2, 0) data(2, 1) data(2, 2) data(2, 3) data(3, 0) data(3, 1) data(3, 2) data(3, 3)
matrix3DFromEulerAngleにて作成することが出来る。
オプション-EAのRotModeの設定の詳細
一桁目: | どの軸から回転を始めるか設定 |
二桁目: | 回転軸の順番を設定1 |
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する |
|
三桁目: | 回転軸の順番の設定2 |
Y…順番を維持する N…順番を逆順にする |
|
四桁目: | 回転方法を設定 |
Y…物体そのものをまわす D…座標を移動させる |
※オプション-Mと-EAの両方が宣言されてる場合、最初に-Mを実行し、次に-EAを実行する
実行例
入力ファイルの画像
pdbInfoでみた入力ファイルの詳細
※オプション必須項目のみの場合の出力結果は入力ファイルと変わらない
オプション -M
例1:x軸方向にせん断する座標変換
例2:平面XYに反射する座標変換
例3:x軸に対して回転する座標変換
例4:x軸方向に平行移動する座標変換
オプション -EA
オプション -EA ZONS 30 30 30 で実行
※白…入力画像、ピンク…処理画像