「pdbTrans」の版間の差分

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'''pdbTrans'''はpdbファイルをアフィン変換する[[Eos]]の[[コマンド]]
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'''pdbTrans'''とは[[PDB]]ファイルをアフィン変換する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
 
==オプション一覧==
 
==オプション一覧==
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<td>-i</td>
 
<td>-i</td>
 
<td>必須</td>
 
<td>必須</td>
<td>入力ファイル設定</td>
+
<td>入力ファイル設定: [[PDB]]</td>
 
<td>NULL</td>
 
<td>NULL</td>
 
</tr>
 
</tr>
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<td>-o</td>
 
<td>-o</td>
 
<td>必須</td>
 
<td>必須</td>
<td>出力ファイル設定</td>
+
<td>出力ファイル設定: [[PDB]]</td>
 +
<td>NULL</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-M</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>行列ファイル: [[ASCII]](4x4行列)</td>
 
<td>NULL</td>
 
<td>NULL</td>
 
</tr>
 
</tr>
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<td>モード 0.0 0.0 0.0</td>
 
<td>モード 0.0 0.0 0.0</td>
 
</tr>
 
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-c</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>コンフィグファイル設定</td>
 +
<td>NULL</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-m</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>モードを設定</td>
 +
<td>0</td>
 +
</tr>
 
<tr>
 
<tr>
 
<td>-h</td>
 
<td>-h</td>
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</div>
 
</div>
 
</table>
 
</table>
+
 
 +
===モードの詳細===
 +
<table border="1">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td></td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
===-Mのフォーマット===
 +
<pre>
 +
data(0, 0) data(0, 1) data(0, 2) data(0, 3)
 +
data(1, 0) data(1, 1) data(1, 2) data(1, 3)
 +
data(2, 0) data(2, 1) data(2, 2) data(2, 3)
 +
data(3, 0) data(3, 1) data(3, 2) data(3, 3)
 +
</pre>
 +
<div>[[matrix3DFromEulerAngle]]にて作成することが出来る。 </div>
 +
 
 
===オプション-EAのRotModeの設定の詳細===
 
===オプション-EAのRotModeの設定の詳細===
 
<table>
 
<table>
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<div>※オプション-Mと-EAの両方が宣言されてる場合、最初に-Mを実行し、次に-EAを実行する</div>
 
<div>※オプション-Mと-EAの両方が宣言されてる場合、最初に-Mを実行し、次に-EAを実行する</div>
+
 
  
 
==実行例==
 
==実行例==
===------入力ファイルの画像------===
+
===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===
[[画像:121p-pdbTrans.png]]<br>
+
[[画像:121p.png]]<br>
====pdbInfoでみた入力ファイルの詳細====
+
<br>
[[画像:121p-Info-pdbTrans.png]]<br>
+
====[[pdbInfo]]でみた入力ファイルの詳細====
 +
[[画像:121p-Info.png]]<br>
 
<div>※オプション必須項目のみの場合の出力結果は入力ファイルと変わらない</div>
 
<div>※オプション必須項目のみの場合の出力結果は入力ファイルと変わらない</div>
+
<br>
===------オプション -M------===
+
 
 +
===オプション -M===
 
====例1:x軸方向にせん断する座標変換====
 
====例1:x軸方向にせん断する座標変換====
 
<table>
 
<table>
 
<tr>
 
<tr>
<td>行列ファイルの詳細<br>
+
行列ファイルの詳細<br>
[[画像:matrix9-pdbTrans.png]]</td>
+
<pre>
<td>出力結果画像<br>
+
      1.000000        1.000000        1.000000        0.000000
ーーーーーー></td>
+
      0.000000        1.000000        0.000000        0.000000
<td>[[画像:121p.M9-pdbTrans.png]]</td>
+
      0.000000        0.000000        1.000000        0.000000
</tr>
+
      0.000000        0.000000        0.000000        1.000000
 +
</pre>
 +
</tr>
 
<tr>
 
<tr>
<td>行列ファイルの詳細<br>
+
出力結果画像<br>
[[画像:matrix10-pdbTrans.png]]</td>
+
[[画像:Outdata-M-pdbTrans.png]]
<td>出力結果画像<br>
+
ーーーーーー></td>
+
<td>[[画像:121p.M10-pdbTrans.png]]</td>
+
 
</tr>
 
</tr>
 
</table>
 
</table>
+
<br>
 +
 
 
====例2:平面XYに反射する座標変換====
 
====例2:平面XYに反射する座標変換====
 
<table>
 
<table>
 
<tr>
 
<tr>
<td>行列ファイルの詳細<br>
+
行列ファイルの詳細<br>
[[画像:matrix15-pdbTrans.png]]</td>
+
<pre>
<td>出力結果画像<br>
+
      1.000000        0.000000        0.000000        0.000000
ーーーーーー></td>
+
      0.000000        1.000000        0.000000        0.000000
<td>[[画像:121p.M15-1-pdbTrans.png]]</td>
+
      0.000000        0.000000        -1.000000        0.000000
 +
      0.000000        0.000000        0.000000        1.000000
 +
</pre>
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>
 
<tr>
<td></td>
+
出力結果画像<br>
<td></td>
+
[[画像:Outdata-M1-pdbTrans.png]]
<td><br>
+
横からみた様子<br>
+
[[画像:121p.M15-pdbTrans.png]]</td>
+
 
</tr>
 
</tr>
 
</table>
 
</table>
+
<br>
===------オプション -EA------===
+
 
 +
====例3:x軸に対して回転する座標変換====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
行列ファイルの詳細<br>
 +
<pre>
 +
      1.000000        0.000000        0.000000        0.000000
 +
      0.000000        0.707107        -0.707107        0.000000
 +
      0.000000        0.707107        0.707107        0.000000
 +
      0.000000        0.000000        0.000000        1.000000
 +
</pre>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
出力結果画像<br>
 +
[[画像:Outdata-M2-pdbTrans.png]]
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
====例4:x軸方向に平行移動する座標変換====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
行列ファイルの詳細<br>
 +
<pre>
 +
      1.000000        0.000000        0.000000        1.000000
 +
      0.000000        1.000000        0.000000        0.000000
 +
      0.000000        0.000000        1.000000        0.000000
 +
      0.000000        0.000000        0.000000        1.000000
 +
</pre>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
出力結果画像<br>
 +
[[画像:Outdata-M3-pdbTrans.png]]
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
===オプション -EA===
 
====オプション -EA ZONS 30 30 30 で実行====
 
====オプション -EA ZONS 30 30 30 で実行====
 
[[画像:121p.ea-pdbTrans.png]]<br>
 
[[画像:121p.ea-pdbTrans.png]]<br>
 
<br>
 
<br>
<div>※上記の画像すべて白…入力画像、ピンク…処理画像</div>
+
<div>※白…入力画像、ピンク…処理画像</div>
 +
<br>

2014年8月18日 (月) 01:33時点における最新版

pdbTransとはPDBファイルをアフィン変換するEosコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定: PDB NULL
-o 必須 出力ファイル設定: PDB NULL
-M 選択 行列ファイル: ASCII(4x4行列) NULL
-EA 選択 オイラー角を設定 モード 0.0 0.0 0.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0

-Mのフォーマット

data(0, 0) data(0, 1) data(0, 2) data(0, 3)
data(1, 0) data(1, 1) data(1, 2) data(1, 3)
data(2, 0) data(2, 1) data(2, 2) data(2, 3)
data(3, 0) data(3, 1) data(3, 2) data(3, 3)
matrix3DFromEulerAngleにて作成することが出来る。

オプション-EAのRotModeの設定の詳細

一桁目: どの軸から回転を始めるか設定
二桁目: 回転軸の順番を設定1
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する
E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する
三桁目: 回転軸の順番の設定2
Y…順番を維持する
N…順番を逆順にする
四桁目: 回転方法を設定
Y…物体そのものをまわす
D…座標を移動させる


※オプション-Mと-EAの両方が宣言されてる場合、最初に-Mを実行し、次に-EAを実行する


実行例

入力ファイルの画像

121p.png

pdbInfoでみた入力ファイルの詳細

121p-Info.png

※オプション必須項目のみの場合の出力結果は入力ファイルと変わらない


オプション -M

例1:x軸方向にせん断する座標変換

行列ファイルの詳細
       1.000000        1.000000        1.000000        0.000000
       0.000000        1.000000        0.000000        0.000000
       0.000000        0.000000        1.000000        0.000000
       0.000000        0.000000        0.000000        1.000000
			
出力結果画像
Outdata-M-pdbTrans.png


例2:平面XYに反射する座標変換

行列ファイルの詳細
       1.000000        0.000000        0.000000        0.000000
       0.000000        1.000000        0.000000        0.000000
       0.000000        0.000000        -1.000000        0.000000
       0.000000        0.000000        0.000000        1.000000
			
出力結果画像
Outdata-M1-pdbTrans.png


例3:x軸に対して回転する座標変換

行列ファイルの詳細
       1.000000        0.000000        0.000000        0.000000
       0.000000        0.707107        -0.707107        0.000000
       0.000000        0.707107        0.707107        0.000000
       0.000000        0.000000        0.000000        1.000000
			
出力結果画像
Outdata-M2-pdbTrans.png


例4:x軸方向に平行移動する座標変換

行列ファイルの詳細
       1.000000        0.000000        0.000000        1.000000
       0.000000        1.000000        0.000000        0.000000
       0.000000        0.000000        1.000000        0.000000
       0.000000        0.000000        0.000000        1.000000
			
出力結果画像
Outdata-M3-pdbTrans.png


オプション -EA

オプション -EA ZONS 30 30 30 で実行

121p.ea-pdbTrans.png

※白…入力画像、ピンク…処理画像