「pdbTwoProteinFit」の版間の差分
提供: Eospedia
(同じ利用者による、間の7版が非表示) | |||
行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル</td> | + | <td>入力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-ires</td> | <td>-ires</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>入力ファイル: [ | + | <td>入力ファイル: [[ASCII]](ResidueInformation)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行26: | 行26: | ||
<td>-isel</td> | <td>-isel</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>出力: Selected residue of in after fitting</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行32: | 行32: | ||
<td>-r</td> | <td>-r</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>参照ファイル</td> | + | <td>参照ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行38: | 行38: | ||
<td>-rres</td> | <td>-rres</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>参照ファイル: [ | + | <td>参照ファイル: [[ASCII]](ResidueInformation)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行44: | 行44: | ||
<td>-rsel</td> | <td>-rsel</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>出力: Selected residue of in after fitting</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行50: | 行50: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>出力ファイル</td> | + | <td>出力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行56: | 行56: | ||
<td>-oMatrix</td> | <td>-oMatrix</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力: Matrix</td> | + | <td>出力: Matrix: [[ASCII]]</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行62: | 行62: | ||
<td>-oParam</td> | <td>-oParam</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力: Param</td> | + | <td>出力: Param: [[ASCII]]</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行68: | 行68: | ||
<td>-oDis</td> | <td>-oDis</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力: PDB Distance as Temp</td> | + | <td>出力: PDB Distance as Temp: [[PDB]]</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行74: | 行74: | ||
<td>-oDis2</td> | <td>-oDis2</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力: Distance List for Ca</td> | + | <td>出力: Distance List for Ca: [[ASCII]]</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行115: | 行115: | ||
If |, all residules are sellected till the residue in the next line | If |, all residules are sellected till the residue in the next line | ||
</pre> | </pre> | ||
+ | |||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===[[:Media:Input-121P-T2.pdb.zip|入力ファイル]]の画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-121P-PDB2.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01<br> | ||
+ | 3.286664e+01 <br> | ||
+ | 24.77 23.85 28.04 <br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|参照ファイル]]の画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01<br> | ||
+ | 3.286664e+01 <br> | ||
+ | 24.77 23.85 28.04 <br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -ires, -rres=== | ||
+ | <div>-ires, -rrseを以下のデータで実行</div> | ||
+ | <div>-ires のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 1 | ||
+ | 2 | ||
+ | 3 | ||
+ | 4 | ||
+ | 5 | ||
+ | 6 | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-rres のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 1 | ||
+ | 2 | ||
+ | 3 | ||
+ | 4 | ||
+ | 5 | ||
+ | 6 | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ(白は入力ファイル)</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-pdbTwoProteinFit.png]]<br> | ||
+ | 参照ファイルと同じ角度<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-pdbTwoProteinFit.png]]<br> | ||
+ | 別角度<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">5.097651e-01 1.932045e+01 1.188975e+01<br> | ||
+ | 3.286711e+01 <br> | ||
+ | 23.93 24.14 28.04<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-oMatrix のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.058145 -0.998308 0.000001 | ||
+ | -0.998308 -0.058145 -0.000001 | ||
+ | 0.000001 -0.000001 -1.000000 | ||
+ | 25.311117 26.828215 -0.000868 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-oParam のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | RMSBefore: 26.607964 | ||
+ | RMSSelectedBefore: 9.794701 | ||
+ | RMSSelectedAfter: 1.277625 | ||
+ | RMSAfter: 17.793636 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-oDis のデータ</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-pdbTwoProteinFit.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01<br> | ||
+ | 3.286664e+01 <br> | ||
+ | 24.77 23.85 28.04 <br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-oDis2 のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 00001 1.447996 | ||
+ | 00002 1.329491 | ||
+ | 00003 0.065775 | ||
+ | 00004 0.242391 | ||
+ | 00005 1.683475 | ||
+ | 00006 1.741168 | ||
+ | 00007 1.578526 | ||
+ | 00008 6.625490 | ||
+ | 00009 3.641384 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 00157 12.396196 | ||
+ | 00158 8.092867 | ||
+ | 00159 3.598508 | ||
+ | 00160 3.239969 | ||
+ | 00161 1.259487 | ||
+ | 00162 4.196125 | ||
+ | 00163 7.037861 | ||
+ | 00164 6.740162 | ||
+ | 00165 11.073485 | ||
+ | 00166 16.325453 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> |
2014年8月18日 (月) 01:43時点における最新版
pdbTwoProteinFitとは二つのタンパク質の位置を合わせるEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
-ires | 選択 | 入力ファイル: ASCII(ResidueInformation) | NULL |
-isel | 選択 | 出力: Selected residue of in after fitting | NULL |
-r | 必須 | 参照ファイル: PDB | NULL |
-rres | 選択 | 参照ファイル: ASCII(ResidueInformation) | NULL |
-rsel | 選択 | 出力: Selected residue of in after fitting | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: PDB | NULL |
-oMatrix | 選択 | 出力: Matrix: ASCII | stdout |
-oParam | 選択 | 出力: Param: ASCII | stdout |
-oDis | 選択 | 出力: PDB Distance as Temp: PDB | stdout |
-oDis2 | 選択 | 出力: Distance List for Ca: ASCII | stdout |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
入力ファイルと参照ファイルのフォーマット
ResidueNumberToBeFitted ... If |, all residules are sellected till the residue in the next line
実行例
入力ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
参照ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション -ires, -rres
-ires, -rrseを以下のデータで実行
-ires のデータ
1 2 3 4 5 6
-rres のデータ
1 2 3 4 5 6
-o のデータ(白は入力ファイル)
重心 最大半径 |
5.097651e-01 1.932045e+01 1.188975e+01 3.286711e+01 |
-oMatrix のデータ
0.058145 -0.998308 0.000001 -0.998308 -0.058145 -0.000001 0.000001 -0.000001 -1.000000 25.311117 26.828215 -0.000868
-oParam のデータ
RMSBefore: 26.607964 RMSSelectedBefore: 9.794701 RMSSelectedAfter: 1.277625 RMSAfter: 17.793636
-oDis のデータ
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
-oDis2 のデータ
00001 1.447996 00002 1.329491 00003 0.065775 00004 0.242391 00005 1.683475 00006 1.741168 00007 1.578526 00008 6.625490 00009 3.641384 -中略- 00157 12.396196 00158 8.092867 00159 3.598508 00160 3.239969 00161 1.259487 00162 4.196125 00163 7.037861 00164 6.740162 00165 11.073485 00166 16.325453