「pdbTwoProteinFit」の版間の差分
提供: Eospedia
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<td>-ires</td> | <td>-ires</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>入力ファイル: [ | + | <td>入力ファイル: [[ASCII]](ResidueInformation)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行38: | 行38: | ||
<td>-rres</td> | <td>-rres</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>参照ファイル: [ | + | <td>参照ファイル: [[ASCII]](ResidueInformation)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行118: | 行118: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| − | ===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像=== | + | ===[[:Media:Input-121P-T2.pdb.zip|入力ファイル]]の画像=== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td>[[画像:Input-121P- | + | <td>[[画像:Input-121P-PDB2.png]]</td> |
<td><p align="left">重心<br> | <td><p align="left">重心<br> | ||
最大半径<br> | 最大半径<br> | ||
最大半径(座標)<br> </p> | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
</td> | </td> | ||
| − | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 | + | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01<br> |
| − | 3.286664e+01 | + | 3.286664e+01 <br> |
24.77 23.85 28.04 <br></p> | 24.77 23.85 28.04 <br></p> | ||
</td> | </td> | ||
| 行134: | 行134: | ||
<br> | <br> | ||
| − | ===[[:Media:Input-121P | + | ===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|参照ファイル]]の画像=== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td>[[画像:Input-121P- | + | <td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td> |
<td><p align="left">重心<br> | <td><p align="left">重心<br> | ||
最大半径<br> | 最大半径<br> | ||
最大半径(座標)<br> </p> | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
</td> | </td> | ||
| − | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 | + | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01<br> |
| − | 3.286664e+01 <br> | + | 3.286664e+01 <br> |
24.77 23.85 28.04 <br></p> | 24.77 23.85 28.04 <br></p> | ||
</td> | </td> | ||
| 行151: | 行151: | ||
===オプション -ires, -rres=== | ===オプション -ires, -rres=== | ||
| + | <div>-ires, -rrseを以下のデータで実行</div> | ||
<div>-ires のデータ</div> | <div>-ires のデータ</div> | ||
<pre> | <pre> | ||
| 行161: | 行162: | ||
</pre> | </pre> | ||
| − | |||
<div>-rres のデータ</div> | <div>-rres のデータ</div> | ||
| 行175: | 行175: | ||
<br> | <br> | ||
| − | <div>-o のデータ( | + | <div>-o のデータ(白は入力ファイル)</div> |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
2014年8月18日 (月) 01:43時点における最新版
pdbTwoProteinFitとは二つのタンパク質の位置を合わせるEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
| -ires | 選択 | 入力ファイル: ASCII(ResidueInformation) | NULL |
| -isel | 選択 | 出力: Selected residue of in after fitting | NULL |
| -r | 必須 | 参照ファイル: PDB | NULL |
| -rres | 選択 | 参照ファイル: ASCII(ResidueInformation) | NULL |
| -rsel | 選択 | 出力: Selected residue of in after fitting | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル: PDB | NULL |
| -oMatrix | 選択 | 出力: Matrix: ASCII | stdout |
| -oParam | 選択 | 出力: Param: ASCII | stdout |
| -oDis | 選択 | 出力: PDB Distance as Temp: PDB | stdout |
| -oDis2 | 選択 | 出力: Distance List for Ca: ASCII | stdout |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
入力ファイルと参照ファイルのフォーマット
ResidueNumberToBeFitted ... If |, all residules are sellected till the residue in the next line
実行例
入力ファイルの画像
 |
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
参照ファイルの画像
 |
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション -ires, -rres
-ires, -rrseを以下のデータで実行
-ires のデータ
1 2 3 4 5 6
-rres のデータ
1 2 3 4 5 6
-o のデータ(白は入力ファイル)
|
|
重心 最大半径 |
5.097651e-01 1.932045e+01 1.188975e+01 3.286711e+01 |
-oMatrix のデータ
0.058145 -0.998308 0.000001
-0.998308 -0.058145 -0.000001
0.000001 -0.000001 -1.000000
25.311117 26.828215 -0.000868
-oParam のデータ
RMSBefore: 26.607964 RMSSelectedBefore: 9.794701 RMSSelectedAfter: 1.277625 RMSAfter: 17.793636
-oDis のデータ
 |
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
-oDis2 のデータ
00001 1.447996 00002 1.329491 00003 0.065775 00004 0.242391 00005 1.683475 00006 1.741168 00007 1.578526 00008 6.625490 00009 3.641384 -中略- 00157 12.396196 00158 8.092867 00159 3.598508 00160 3.239969 00161 1.259487 00162 4.196125 00163 7.037861 00164 6.740162 00165 11.073485 00166 16.325453
