「pdbTwoProteinFit」の版間の差分

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If |, all residules are sellected till the residue in the next line
 
If |, all residules are sellected till the residue in the next line
 
</pre>
 
</pre>
 +
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルの画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-121P-PDB1.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01  -1.189075e+01<br>
 +
3.286664e+01  <br>
 +
24.77      23.85      28.04 <br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===参照ファイルの画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-121P-PDB2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
 +
3.286664e+01 <br>
 +
24.77      23.85      28.04 <br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-ires, -rres===
 +
<div>-ires のデータ</div>
 +
<pre>
 +
1
 +
2
 +
3
 +
4
 +
5
 +
6
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-rres のデータ</div>
 +
<pre>
 +
1
 +
2
 +
3
 +
4
 +
5
 +
6
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-pdbTwoProteinFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">5.096988e-01    1.932036e+01  -1.189075e+01<br>
 +
3.286714e+01 <br>
 +
23.93      24.14      28.04<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oMatrix のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.058144      -0.998308        0.000001
 +
      -0.998308      -0.058144        0.000001
 +
      -0.000001      -0.000001      -1.000000
 +
      25.311028      26.828104        0.000313
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oParam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
RMSBefore: 26.607964
 +
RMSSelectedBefore: 9.794701
 +
RMSSelectedAfter: 1.277620
 +
RMSAfter: 17.793694
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oDis のデータ</div>
 +
<pre>
 +
ATOM      1  N  MET A  1      -7.176  32.630  6.655  1.00  0.74  0      N 
 +
ATOM      2  CA  MET A  1      -5.913  31.928  6.676  1.00  1.45  0      C 
 +
ATOM      3  C  MET A  1      -5.903  30.860  5.600  1.00  0.09  0      C 
 +
ATOM      4  O  MET A  1      -6.703  30.881  4.654  1.00  1.16  0      O 
 +
ATOM      5  CB  MET A  1      -4.712  32.869  6.415  1.00  4.47  0      C 
 +
ATOM      6  CG  MET A  1      -4.594  33.420  4.990  1.00  5.43  0      C 
 +
ATOM      7  SD  MET A  1      -3.193  34.558  4.899  1.00  9.01  0      S 
 +
ATOM      8  CE  MET A  1      -4.325  35.886  4.618  1.00  9.39  0      C 
 +
ATOM      9  N  THR A  2      -4.966  29.934  5.760  1.00  0.15  0      N 
 +
 +
-中略-
 +
 +
HETATM 1542  O  HOH A 354      8.176  8.679 -23.903  1.00 13.04  0      O 
 +
HETATM 1543  O  HOH A 355      12.189  6.560 -22.474  1.00 10.61  0      O 
 +
HETATM 1544  O  HOH A 356      4.173  6.061 -15.607  1.00 22.34  0      O 
 +
HETATM 1545  O  HOH A 357      6.776  7.511 -16.417  1.00 16.66  0      O 
 +
HETATM 1546  O  HOH A 358      13.027  30.333  2.086  1.00 25.12  0      O 
 +
HETATM 1547  O  HOH A 359      -4.312  38.871  6.155  1.00 13.75  0      O 
 +
HETATM 1548  O  HOH A 360      4.226  11.323 -17.624  1.00 14.61  0      O 
 +
HETATM 1549  O  HOH A 361      22.341  27.132 -10.735  1.00 33.25  0      O 
 +
HETATM 1550  O  HOH A 362      14.256  10.610 -17.524  1.00  1.88  0      O 
 +
HETATM 1551  O  HOH A 363      26.542  18.231 -27.104  1.00 26.07  0      O 
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oDis2 のデータ</div>
 +
<pre>
 +
00001        1.448131
 +
00002        1.329354
 +
00003        0.065898
 +
00004        0.242259
 +
00005        1.683350
 +
00006        1.741295
 +
00007        1.578647
 +
00008        6.625613
 +
00009        3.641503
 +
 +
-中略-
 +
 +
00157      12.396332
 +
00158        8.093003
 +
00159        3.598640
 +
00160        3.240102
 +
00161        1.259624
 +
00162        4.195987
 +
00163        7.037725
 +
00164        6.740025
 +
00165      11.073345
 +
00166      16.325317
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-===
 +
====で実行====

2014年1月27日 (月) 06:57時点における版

pdbTwoProteinFitとは二つのタンパク質の位置を合わせるEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル NULL
-ires 選択 入力ファイル: [ResidueInformation] NULL
-isel 選択 Output: Selected residue of in after fitting NULL
-r 必須 参照ファイル NULL
-rres 選択 参照ファイル: [ResidueInformation] NULL
-rsel 選択 Output: Selected residue of in after fitting NULL
-o 必須 出力ファイル NULL
-oMatrix 選択 出力: Matrix stdout
-oParam 選択 出力: Param stdout
-oDis 選択 出力: PDB Distance as Temp stdout
-oDis2 選択 出力: Distance List for Ca stdout
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0

入力ファイルと参照ファイルのフォーマット

ResidueNumberToBeFitted
...
If |, all residules are sellected till the residue in the next line


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB1.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


参照ファイルの画像

Input-121P-PDB2.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション　-ires, -rres

-ires のデータ
1
2
3
4
5
6


-rres のデータ
1
2
3
4
5
6


-o のデータ
Outdata-pdbTwoProteinFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

5.096988e-01 1.932036e+01 -1.189075e+01

3.286714e+01

23.93 24.14 28.04


-oMatrix のデータ
       0.058144       -0.998308        0.000001 
      -0.998308       -0.058144        0.000001 
      -0.000001       -0.000001       -1.000000 
      25.311028       26.828104        0.000313


-oParam のデータ
RMSBefore: 26.607964
RMSSelectedBefore: 9.794701
RMSSelectedAfter: 1.277620
RMSAfter: 17.793694


-oDis のデータ
ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630   6.655  1.00  0.74   0       N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928   6.676  1.00  1.45   0       C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860   5.600  1.00  0.09   0       C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881   4.654  1.00  1.16   0       O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869   6.415  1.00  4.47   0       C  
ATOM      6  CG  MET A   1      -4.594  33.420   4.990  1.00  5.43   0       C  
ATOM      7  SD  MET A   1      -3.193  34.558   4.899  1.00  9.01   0       S  
ATOM      8  CE  MET A   1      -4.325  35.886   4.618  1.00  9.39   0       C  
ATOM      9  N   THR A   2      -4.966  29.934   5.760  1.00  0.15   0       N  

-中略-

HETATM 1542  O   HOH A 354       8.176   8.679 -23.903  1.00 13.04   0       O  
HETATM 1543  O   HOH A 355      12.189   6.560 -22.474  1.00 10.61   0       O  
HETATM 1544  O   HOH A 356       4.173   6.061 -15.607  1.00 22.34   0       O  
HETATM 1545  O   HOH A 357       6.776   7.511 -16.417  1.00 16.66   0       O  
HETATM 1546  O   HOH A 358      13.027  30.333   2.086  1.00 25.12   0       O  
HETATM 1547  O   HOH A 359      -4.312  38.871   6.155  1.00 13.75   0       O  
HETATM 1548  O   HOH A 360       4.226  11.323 -17.624  1.00 14.61   0       O  
HETATM 1549  O   HOH A 361      22.341  27.132 -10.735  1.00 33.25   0       O  
HETATM 1550  O   HOH A 362      14.256  10.610 -17.524  1.00  1.88   0       O  
HETATM 1551  O   HOH A 363      26.542  18.231 -27.104  1.00 26.07   0       O


-oDis2 のデータ
00001        1.448131
00002        1.329354
00003        0.065898
00004        0.242259
00005        1.683350
00006        1.741295
00007        1.578647
00008        6.625613
00009        3.641503

-中略-

00157       12.396332
00158        8.093003
00159        3.598640
00160        3.240102
00161        1.259624
00162        4.195987
00163        7.037725
00164        6.740025
00165       11.073345
00166       16.325317


オプション　-

で実行


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