「pdbTwoProteinFit」の版間の差分

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行14:		行14:
	<td>-i</td>		<td>-i</td>
	<td>必須</td>		<td>必須</td>
−	<td>入力ファイル</td>	+	<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>
	<td>NULL</td>		<td>NULL</td>
	</tr>		</tr>
行26:		行26:
	<td>-isel</td>		<td>-isel</td>
	<td>選択</td>		<td>選択</td>
−	<td>Output: Selected residue of in after fitting</td>	+	<td>出力: Selected residue of in after fitting</td>
	<td>NULL</td>		<td>NULL</td>
	</tr>		</tr>
行32:		行32:
	<td>-r</td>		<td>-r</td>
	<td>必須</td>		<td>必須</td>
−	<td>参照ファイル</td>	+	<td>参照ファイル: [[PDB]]</td>
	<td>NULL</td>		<td>NULL</td>
	</tr>		</tr>
行44:		行44:
	<td>-rsel</td>		<td>-rsel</td>
	<td>選択</td>		<td>選択</td>
−	<td>Output: Selected residue of in after fitting</td>	+	<td>出力: Selected residue of in after fitting</td>
	<td>NULL</td>		<td>NULL</td>
	</tr>		</tr>
行50:		行50:
	<td>-o</td>		<td>-o</td>
	<td>必須</td>		<td>必須</td>
−	<td>出力ファイル</td>	+	<td>出力ファイル: [[PDB]]</td>
	<td>NULL</td>		<td>NULL</td>
	</tr>		</tr>
行56:		行56:
	<td>-oMatrix</td>		<td>-oMatrix</td>
	<td>選択</td>		<td>選択</td>
−	<td>出力: Matrix</td>	+	<td>出力: Matrix: [[ASCII]]</td>
	<td>stdout</td>		<td>stdout</td>
	</tr>		</tr>
行62:		行62:
	<td>-oParam</td>		<td>-oParam</td>
	<td>選択</td>		<td>選択</td>
−	<td>出力: Param</td>	+	<td>出力: Param: [[ASCII]]</td>
	<td>stdout</td>		<td>stdout</td>
	</tr>		</tr>
行68:		行68:
	<td>-oDis</td>		<td>-oDis</td>
	<td>選択</td>		<td>選択</td>
−	<td>出力: PDB Distance as Temp</td>	+	<td>出力: PDB Distance as Temp: [[PDB]]</td>
	<td>stdout</td>		<td>stdout</td>
	</tr>		</tr>
行74:		行74:
	<td>-oDis2</td>		<td>-oDis2</td>
	<td>選択</td>		<td>選択</td>
−	<td>出力: Distance List for Ca</td>	+	<td>出力: Distance List for Ca: [[ASCII]]</td>
	<td>stdout</td>		<td>stdout</td>
	</tr>		</tr>
行118:		行118:
	== 実行例 ==		== 実行例 ==
−	===[[:Media:Input-121P-T1.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===	+	===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===
	<table>		<table>
	<tr>		<tr>
−	<td>[[画像:Input-121P-PDB1.png]]</td>	+	<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>
	<td><p align="left">重心<br>		<td><p align="left">重心<br>
	最大半径<br>		最大半径<br>
行188:		行188:
	最大半径(座標)<br> </p>		最大半径(座標)<br> </p>
	</td>		</td>
−	<td><p align="left">5.096988e-01    1.932036e+01   -1.189075e+01<br>	+	<td><p align="left">5.097651e-01    1.932045e+01   1.188975e+01<br>
−	3.286714e+01 <br>	+	3.286711e+01 <br>
	23.93      24.14      28.04<br> </p>		23.93      24.14      28.04<br> </p>
	</td>		</td>
行198:		行198:
	<div>-oMatrix のデータ</div>		<div>-oMatrix のデータ</div>
	<pre>		<pre>
−	0.058144       -0.998308        0.000001	+	0.058145       -0.998308        0.000001
−	-0.998308      -0.058144        0.000001	+	-0.998308      -0.058145      -0.000001
−	-0.000001      -0.000001      -1.000000	+	0.000001      -0.000001      -1.000000
−	25.311028       26.828104        0.000313	+	25.311117       26.828215      -0.000868
	</pre>		</pre>
	<br>		<br>
行209:		行209:
	RMSBefore: 26.607964		RMSBefore: 26.607964
	RMSSelectedBefore: 9.794701		RMSSelectedBefore: 9.794701
−	RMSSelectedAfter: 1.277620	+	RMSSelectedAfter: 1.277625
−	RMSAfter: 17.793694	+	RMSAfter: 17.793636
	</pre>		</pre>
	<br>		<br>
	<div>-oDis のデータ</div>		<div>-oDis のデータ</div>
−	<pre>	+	<table>
−	ATOM      1  N  MET A  1      -7.176  32.630  6.655  1.00  0.74  0      N	+	<tr>
−	ATOM      2  CA  MET A  1      -5.913  31.928  6.676  1.00  1.45  0      C	+	<td>[[画像:Outdata2-pdbTwoProteinFit.png]]</td>
−	ATOM      3  C  MET A  1      -5.903  30.860  5.600  1.00  0.09  0      C	+	<td><p align="left">重心<br>
−	ATOM      4  O  MET A  1      -6.703  30.881  4.654  1.00  1.16  0      O	+	最大半径<br>
−	ATOM      5  CB  MET A  1      -4.712  32.869  6.415  1.00 4.47  0      C	+	最大半径(座標)<br> </p>
−	ATOM      6  CG  MET A  1     -4.594  33.420  4.990  1.00  5.43  0      C	+	</td>
−	ATOM      7  SD  MET A  1      -3.193  34.558  4.899  1.00  9.01   0      S	+	<td><p align="left">6.053012e+00   2.519590e+01    1.189075e+01<br>
−	ATOM      8  CE  MET A  1      -4.325  35.886  4.618  1.00  9.39  0      C	+	3.286664e+01 <br>
−	ATOM     9  N  THR A  2      -4.966  29.934  5.760  1.00  0.15  0      N	+	24.77     23.85      28.04 <br></p>
−		+	</td>
−	-中略-	+	</tr>
−		+	</table>
−	HETATM 1542  O  HOH A 354      8.176  8.679 -23.903  1.00 13.04   0      O	+
−	HETATM 1543  O  HOH A 355      12.189  6.560 -22.474  1.00 10.61  0      O	+
−	HETATM 1544  O  HOH A 356      4.173  6.061 -15.607  1.00 22.34  0      O	+
−	HETATM 1545  O  HOH A 357      6.776  7.511 -16.417  1.00 16.66  0      O	+
−	HETATM 1546  O  HOH A 358      13.027  30.333  2.086  1.00 25.12  0      O	+
−	HETATM 1547  O  HOH A 359      -4.312  38.871  6.155  1.00 13.75  0      O	+
−	HETATM 1548  O  HOH A 360      4.226  11.323 -17.624  1.00 14.61  0      O	+
−	HETATM 1549  O  HOH A 361      22.341  27.132 -10.735  1.00 33.25  0      O	+
−	HETATM 1550  O  HOH A 362      14.256  10.610 -17.524  1.00  1.88  0      O	+
−	HETATM 1551  O  HOH A 363      26.542  18.231 -27.104  1.00 26.07  0      O	+
−	</pre>	+
	<br>		<br>
	<div>-oDis2 のデータ</div>		<div>-oDis2 のデータ</div>
	<pre>		<pre>
−	00001        1.448131	+	00001        1.447996
−	00002        1.329354	+	00002        1.329491
−	00003        0.065898	+	00003        0.065775
−	00004        0.242259	+	00004        0.242391
−	00005        1.683350	+	00005        1.683475
−	00006        1.741295	+	00006        1.741168
−	00007        1.578647	+	00007        1.578526
−	00008        6.625613	+	00008        6.625490
−	00009        3.641503	+	00009        3.641384
	-中略-		-中略-
−	00157      12.396332	+	00157      12.396196
−	00158        8.093003	+	00158        8.092867
−	00159        3.598640	+	00159        3.598508
−	00160        3.240102	+	00160        3.239969
−	00161        1.259624	+	00161        1.259487
−	00162        4.195987	+	00162        4.196125
−	00163        7.037725	+	00163        7.037861
−	00164        6.740025	+	00164        6.740162
−	00165      11.073345	+	00165      11.073485
−	00166      16.325317	+	00166      16.325453
	</pre>		</pre>
	<br>		<br>

---

2014年1月28日 (火) 00:30時点における版

pdbTwoProteinFitとは二つのタンパク質の位置を合わせるEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: PDB	NULL
-ires	選択	入力ファイル: [ResidueInformation]	NULL
-isel	選択	出力: Selected residue of in after fitting	NULL
-r	必須	参照ファイル: PDB	NULL
-rres	選択	参照ファイル: [ResidueInformation]	NULL
-rsel	選択	出力: Selected residue of in after fitting	NULL
-o	必須	出力ファイル: PDB	NULL
-oMatrix	選択	出力: Matrix: ASCII	stdout
-oParam	選択	出力: Param: ASCII	stdout
-oDis	選択	出力: PDB Distance as Temp: PDB	stdout
-oDis2	選択	出力: Distance List for Ca: ASCII	stdout
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

入力ファイルと参照ファイルのフォーマット

ResidueNumberToBeFitted
...
If |, all residules are sellected till the residue in the next line

実行例

入力ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

参照ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

オプション　-ires, -rres

1
2
3
4
5
6

1
2
3
4
5
6

参照ファイルと同じ角度

別角度

重心 最大半径 最大半径(座標)

5.097651e-01 1.932045e+01 1.188975e+01 3.286711e+01 23.93 24.14 28.04

       0.058145       -0.998308        0.000001 
      -0.998308       -0.058145       -0.000001 
       0.000001       -0.000001       -1.000000 
      25.311117       26.828215       -0.000868 

RMSBefore: 26.607964
RMSSelectedBefore: 9.794701
RMSSelectedAfter: 1.277625
RMSAfter: 17.793636

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

00001        1.447996
00002        1.329491
00003        0.065775
00004        0.242391
00005        1.683475
00006        1.741168
00007        1.578526
00008        6.625490
00009        3.641384

-中略-

00157       12.396196
00158        8.092867
00159        3.598508
00160        3.239969
00161        1.259487
00162        4.196125
00163        7.037861
00164        6.740162
00165       11.073485
00166       16.325453