「pdbTwoProteinFit」の版間の差分

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	===オプション　-ires, -rres===		===オプション　-ires, -rres===
		+	<div>-ires, -rrseを以下のデータで実行</div>
	<div>-ires のデータ</div>		<div>-ires のデータ</div>
	<pre>		<pre>
行161:		行162:
	</pre>		</pre>
−	<br>
	<div>-rres のデータ</div>		<div>-rres のデータ</div>

---

2014年2月17日 (月) 05:17時点における版

pdbTwoProteinFitとは二つのタンパク質の位置を合わせるEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: PDB	NULL
-ires	選択	入力ファイル: [ResidueInformation]	NULL
-isel	選択	出力: Selected residue of in after fitting	NULL
-r	必須	参照ファイル: PDB	NULL
-rres	選択	参照ファイル: [ResidueInformation]	NULL
-rsel	選択	出力: Selected residue of in after fitting	NULL
-o	必須	出力ファイル: PDB	NULL
-oMatrix	選択	出力: Matrix: ASCII	stdout
-oParam	選択	出力: Param: ASCII	stdout
-oDis	選択	出力: PDB Distance as Temp: PDB	stdout
-oDis2	選択	出力: Distance List for Ca: ASCII	stdout
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

入力ファイルと参照ファイルのフォーマット

ResidueNumberToBeFitted
...
If |, all residules are sellected till the residue in the next line

実行例

入力ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

参照ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

オプション　-ires, -rres

1
2
3
4
5
6

1
2
3
4
5
6

参照ファイルと同じ角度

別角度

重心 最大半径 最大半径(座標)

5.097651e-01 1.932045e+01 1.188975e+01 3.286711e+01 23.93 24.14 28.04

       0.058145       -0.998308        0.000001 
      -0.998308       -0.058145       -0.000001 
       0.000001       -0.000001       -1.000000 
      25.311117       26.828215       -0.000868 

RMSBefore: 26.607964
RMSSelectedBefore: 9.794701
RMSSelectedAfter: 1.277625
RMSAfter: 17.793636

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

00001        1.447996
00002        1.329491
00003        0.065775
00004        0.242391
00005        1.683475
00006        1.741168
00007        1.578526
00008        6.625490
00009        3.641384

-中略-

00157       12.396196
00158        8.092867
00159        3.598508
00160        3.239969
00161        1.259487
00162        4.196125
00163        7.037861
00164        6.740162
00165       11.073485
00166       16.325453