pdbTwoProteinFit
提供: Eospedia
pdbTwoProteinFitとは二つのタンパク質の位置を合わせるEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル | NULL |
-ires | 選択 | 入力ファイル: [ResidueInformation] | NULL |
-isel | 選択 | Output: Selected residue of in after fitting | NULL |
-r | 必須 | 参照ファイル | NULL |
-rres | 選択 | 参照ファイル: [ResidueInformation] | NULL |
-rsel | 選択 | Output: Selected residue of in after fitting | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル | NULL |
-oMatrix | 選択 | 出力: Matrix | stdout |
-oParam | 選択 | 出力: Param | stdout |
-oDis | 選択 | 出力: PDB Distance as Temp | stdout |
-oDis2 | 選択 | 出力: Distance List for Ca | stdout |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
入力ファイルと参照ファイルのフォーマット
ResidueNumberToBeFitted ... If |, all residules are sellected till the residue in the next line
実行例
入力ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01 3.286664e+01 |
参照ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション -ires, -rres
-ires のデータ
1 2 3 4 5 6
-rres のデータ
1 2 3 4 5 6
-o のデータ(白は参照データ)
重心 最大半径 |
5.096988e-01 1.932036e+01 -1.189075e+01 3.286714e+01 |
-oMatrix のデータ
0.058144 -0.998308 0.000001 -0.998308 -0.058144 0.000001 -0.000001 -0.000001 -1.000000 25.311028 26.828104 0.000313
-oParam のデータ
RMSBefore: 26.607964 RMSSelectedBefore: 9.794701 RMSSelectedAfter: 1.277620 RMSAfter: 17.793694
-oDis のデータ
ATOM 1 N MET A 1 -7.176 32.630 6.655 1.00 0.74 0 N ATOM 2 CA MET A 1 -5.913 31.928 6.676 1.00 1.45 0 C ATOM 3 C MET A 1 -5.903 30.860 5.600 1.00 0.09 0 C ATOM 4 O MET A 1 -6.703 30.881 4.654 1.00 1.16 0 O ATOM 5 CB MET A 1 -4.712 32.869 6.415 1.00 4.47 0 C ATOM 6 CG MET A 1 -4.594 33.420 4.990 1.00 5.43 0 C ATOM 7 SD MET A 1 -3.193 34.558 4.899 1.00 9.01 0 S ATOM 8 CE MET A 1 -4.325 35.886 4.618 1.00 9.39 0 C ATOM 9 N THR A 2 -4.966 29.934 5.760 1.00 0.15 0 N -中略- HETATM 1542 O HOH A 354 8.176 8.679 -23.903 1.00 13.04 0 O HETATM 1543 O HOH A 355 12.189 6.560 -22.474 1.00 10.61 0 O HETATM 1544 O HOH A 356 4.173 6.061 -15.607 1.00 22.34 0 O HETATM 1545 O HOH A 357 6.776 7.511 -16.417 1.00 16.66 0 O HETATM 1546 O HOH A 358 13.027 30.333 2.086 1.00 25.12 0 O HETATM 1547 O HOH A 359 -4.312 38.871 6.155 1.00 13.75 0 O HETATM 1548 O HOH A 360 4.226 11.323 -17.624 1.00 14.61 0 O HETATM 1549 O HOH A 361 22.341 27.132 -10.735 1.00 33.25 0 O HETATM 1550 O HOH A 362 14.256 10.610 -17.524 1.00 1.88 0 O HETATM 1551 O HOH A 363 26.542 18.231 -27.104 1.00 26.07 0 O
-oDis2 のデータ
00001 1.448131 00002 1.329354 00003 0.065898 00004 0.242259 00005 1.683350 00006 1.741295 00007 1.578647 00008 6.625613 00009 3.641503 -中略- 00157 12.396332 00158 8.093003 00159 3.598640 00160 3.240102 00161 1.259624 00162 4.195987 00163 7.037725 00164 6.740025 00165 11.073345 00166 16.325317