pdbTwoProteinFit

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pdbTwoProteinFitとは二つのタンパク質の位置を合わせるEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル NULL
-ires 選択 入力ファイル: [ResidueInformation] NULL
-isel 選択 Output: Selected residue of in after fitting NULL
-r 必須 参照ファイル NULL
-rres 選択 参照ファイル: [ResidueInformation] NULL
-rsel 選択 Output: Selected residue of in after fitting NULL
-o 必須 出力ファイル NULL
-oMatrix 選択 出力: Matrix stdout
-oParam 選択 出力: Param stdout
-oDis 選択 出力: PDB Distance as Temp stdout
-oDis2 選択 出力: Distance List for Ca stdout
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0

入力ファイルと参照ファイルのフォーマット

ResidueNumberToBeFitted
...
If |, all residules are sellected till the residue in the next line


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB1.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


参照ファイルの画像

Input-121P-PDB2.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション -ires, -rres

-ires のデータ
1
2
3
4
5
6


-rres のデータ
1
2
3
4
5
6


-o のデータ(白は参照データ)

Outdata-pdbTwoProteinFit.png
参照ファイルと同じ角度

Outdata1-pdbTwoProteinFit.png
別角度

重心

最大半径

最大半径(座標)

5.096988e-01 1.932036e+01 -1.189075e+01

3.286714e+01

23.93 24.14 28.04


-oMatrix のデータ
       0.058144       -0.998308        0.000001 
      -0.998308       -0.058144        0.000001 
      -0.000001       -0.000001       -1.000000 
      25.311028       26.828104        0.000313 


-oParam のデータ
RMSBefore: 26.607964
RMSSelectedBefore: 9.794701
RMSSelectedAfter: 1.277620
RMSAfter: 17.793694


-oDis のデータ
ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630   6.655  1.00  0.74   0       N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928   6.676  1.00  1.45   0       C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860   5.600  1.00  0.09   0       C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881   4.654  1.00  1.16   0       O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869   6.415  1.00  4.47   0       C  
ATOM      6  CG  MET A   1      -4.594  33.420   4.990  1.00  5.43   0       C  
ATOM      7  SD  MET A   1      -3.193  34.558   4.899  1.00  9.01   0       S  
ATOM      8  CE  MET A   1      -4.325  35.886   4.618  1.00  9.39   0       C  
ATOM      9  N   THR A   2      -4.966  29.934   5.760  1.00  0.15   0       N  

-中略-

HETATM 1542  O   HOH A 354       8.176   8.679 -23.903  1.00 13.04   0       O  
HETATM 1543  O   HOH A 355      12.189   6.560 -22.474  1.00 10.61   0       O  
HETATM 1544  O   HOH A 356       4.173   6.061 -15.607  1.00 22.34   0       O  
HETATM 1545  O   HOH A 357       6.776   7.511 -16.417  1.00 16.66   0       O  
HETATM 1546  O   HOH A 358      13.027  30.333   2.086  1.00 25.12   0       O  
HETATM 1547  O   HOH A 359      -4.312  38.871   6.155  1.00 13.75   0       O  
HETATM 1548  O   HOH A 360       4.226  11.323 -17.624  1.00 14.61   0       O  
HETATM 1549  O   HOH A 361      22.341  27.132 -10.735  1.00 33.25   0       O  
HETATM 1550  O   HOH A 362      14.256  10.610 -17.524  1.00  1.88   0       O  
HETATM 1551  O   HOH A 363      26.542  18.231 -27.104  1.00 26.07   0       O  


-oDis2 のデータ
00001        1.448131
00002        1.329354
00003        0.065898
00004        0.242259
00005        1.683350
00006        1.741295
00007        1.578647
00008        6.625613
00009        3.641503

-中略-

00157       12.396332
00158        8.093003
00159        3.598640
00160        3.240102
00161        1.259624
00162        4.195987
00163        7.037725
00164        6.740025
00165       11.073345
00166       16.325317