「pdbWaterAdd」の版間の差分

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</table>
 
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====m=2で実行====  
+
====m=2, edge=11で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata-m2-pdbWaterAdd.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata-m2edge-pdbWaterAdd.png]]</td>  
 
<td><p align="left">重心: [CA]<br>  
 
<td><p align="left">重心: [CA]<br>  
 
最大半径: [CA]<br>  
 
最大半径: [CA]<br>  
 
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
 
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">2.275528e+01    3.777079e+01    5.054808e+01<br>  
<br>  
+
8.021160e+01<br>  
<br> </p>
+
52.50      69.01      76.05<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
====m=3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m3-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心: [CA]<br>
 +
最大半径: [CA]<br>
 +
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.657380e+01    3.896318e+01    4.788873e+01<br>
 +
8.453592e+01 <br>
 +
49.56      49.49      49.56<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
====m=3, cube=(150, 50, 25)で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m3cube-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心: [CA]<br>
 +
最大半径: [CA]<br>
 +
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.680180e+01    3.562480e+01    4.810106e+01<br>
 +
7.877402e+01 <br>
 +
74.49      24.45      12.10<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>

2013年11月11日 (月) 01:36時点における版

pdbWaterAddとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: [pdb] NULL
-o 必須 出力ファイル: [pdb] NULL
-d 選択 水の密度: [M] 55.55555
-r 選択 水の半径(m=0, 1で使用) 100
-height 選択 水の高さ(m=1で使用) 100
-cube 選択 (X, Y, Z): [A](m=3で使用) (100, 100, 100)
-edge 選択 layer number(m=2で使用) 3
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0
1 円筒
2 エッジ
3 立方体


実行例

入力ファイルの画像

Input-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.500000e+01 3.750000e+01 5.000000e+01

4.349928e+01

16.25 33.75 41.25

オプション必須項目のみの場合

Outdata-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.801699e+01 4.042596e+01 5.283918e+01

1.013542e+02

100.37 100.48 100.52

オプション -d

d=100で実行

Outdata-d-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.816617e+01 4.092423e+01 5.106283e+01

1.007834e+02

100.40 100.25 100.30

オプション -r

r=50で実行

Outdata-r-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.873605e+01 4.110250e+01 4.960092e+01

5.159114e+01


51.20 51.08 50.52

オプション -m

m=1で実行

Outdata-m1-pdbWaterAdd.png Outdata-m1(yz)-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.804255e+01 4.044974e+01 4.965178e+01

1.124507e+02

100.56 100.77 51.28

m=1, height=50で実行

Outdata-m1height-pdbWaterAdd.png Outdata-m1height(yz)-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.810252e+01 4.051072e+01 4.965763e+01

1.035522e+02

100.46 100.34 26.34

m=2で実行

Outdata-m2-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.351263e+01 3.752831e+01 4.991955e+01

5.244210e+01

26.59 43.87 50.47

m=2, edge=11で実行

Outdata-m2edge-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.275528e+01 3.777079e+01 5.054808e+01

8.021160e+01

52.50 69.01 76.05

m=3で実行

Outdata-m3-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.657380e+01 3.896318e+01 4.788873e+01

8.453592e+01

49.56 49.49 49.56

m=3, cube=(150, 50, 25)で実行

Outdata-m3cube-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.680180e+01 3.562480e+01 4.810106e+01

7.877402e+01

74.49 24.45 12.10