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(ページの作成:「'''pdbWaterAdd'''とはEosコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <th>オプシ...」)
 
 
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'''pdbWaterAdd'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''pdbWaterAdd'''とは入力ファイルの周辺に水分子を加える[[Eos]]の[[コマンド]]である。出力ファイルは水分子のみで構成される。
  
  
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>入力ファイル: [pdb]</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>出力ファイル: [pdb]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行33: 行33:
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>水の半径(m=0, 1で使用)</td>  
 
<td>水の半径(m=0, 1で使用)</td>  
<td>100.</td>  
+
<td>100</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行39: 行39:
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>水の高さ(m=1で使用)</td>  
 
<td>水の高さ(m=1で使用)</td>  
<td>100.</td>  
+
<td>100</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-cube</td>  
 
<td>-cube</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>Cube: [A]: (X, Y, Z))</td>  
+
<td>(X, Y, Z): [A](m=3で使用)</td>  
<td>(100., 100., 100.)</td>  
+
<td>(100, 100, 100)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-edge</td>  
 
<td>-edge</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>layer number: Edge</td>  
+
<td>layer number(m=2で使用)</td>  
<td>3.</td>  
+
<td>3</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
===入力ファイルの画像===
+
===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Input-pdbWaterAdd.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>  
<td><p align="left">最小<br>  
+
<td><p align="left">重心<br>  
最大<br>  
+
最大半径<br>  
平均値<br>
+
最大半径(座標)<br> </p>
標準偏差<br>
+
標準誤差<br></p>  
+
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>  
<br>  
+
3.286664e+01 <br>  
<br>
+
24.77      23.85      28.04<br></p>
<br>
+
<br></p>  
+
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>[[画像:Outdata-pdbWaterAdd.png]]</td>  
 
<td>[[画像:Outdata-pdbWaterAdd.png]]</td>  
<td><p align="left">最小<br>  
+
<td><p align="left">重心<br>  
最大<br>  
+
最大半径<br>  
平均値<br>
+
最大半径(座標)<br> </p>
標準偏差<br>
+
標準誤差<br></p>  
+
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">9.330483e+00    2.794594e+01    1.553714e+01<br>  
<br>  
+
1.010862e+02<br>  
<br>
+
100.31    100.22    100.46<br></p>
<br>
+
<br></p>  
+
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
 +
 +
===オプション -r===
 +
====r=30で実行====
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-r-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.013427e+01    2.852403e+01    1.641233e+01<br>
 +
3.179522e+01 <br>
 +
29.60      29.31      29.34<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -d===
 +
====d=100, r=30で実行====
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-d-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.088372e+01    2.846397e+01    1.583489e+01<br>
 +
3.126308e+01<br>
 +
29.54      29.43      29.34<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -m===
 +
====m=1で実行====
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1-pdbWaterAdd.png]]<br>
 +
<br>
 +
[[画像:Outdata-m1(yz)-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">9.336175e+00    2.794978e+01    1.554270e+01<br>
 +
1.124455e+02<br>
 +
100.48    100.40      51.18<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
=====height=50, r=30で実行=====
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1height-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1height(yz)-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">9.900170e+00    2.835893e+01    1.610196e+01<br>
 +
3.983113e+01<br>
 +
29.49      29.53      26.50<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====m=2で実行====
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m2-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.902557e+00    2.626757e+01    1.201421e+01<br>
 +
4.315685e+01<br>
 +
32.09      31.73      33.16<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
=====edge=1で実行===== 
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m2edge-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">3.767874e+00    2.603396e+01    1.347542e+01<br>
 +
3.475105e+01<br>
 +
25.49      26.98      29.59<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====m=3で実行====
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m3-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">7.796508e+00    2.639248e+01    1.400760e+01<br>
 +
8.374090e+01<br>
 +
49.54      49.47      49.50<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
  
===オプション -===
+
=====cube=(150, 50, 25)で実行=====  
====で実行====  
+
<div>白は入力ファイル</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata--pdbWaterAdd.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata-m3cube-pdbWaterAdd.png]]</td>  
<td><p align="left">最小<br>  
+
<td><p align="left">重心<br>  
最大<br>  
+
最大半径<br>  
平均値<br>
+
最大半径(座標)<br> </p>
標準偏差<br>
+
標準誤差<br></p>  
+
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">8.101933e+00    2.262963e+01    1.431665e+01<br>  
<br>  
+
4.112811e+01<br>  
<br>
+
24.75      25.55      24.59<br> </p>
<br>
+
<br></p>  
+
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>

2014年1月28日 (火) 04:44時点における最新版

pdbWaterAddとは入力ファイルの周辺に水分子を加えるEosコマンドである。出力ファイルは水分子のみで構成される。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-d 選択 水の密度: [M] 55.55555
-r 選択 水の半径(m=0, 1で使用) 100
-height 選択 水の高さ(m=1で使用) 100
-cube 選択 (X, Y, Z): [A](m=3で使用) (100, 100, 100)
-edge 選択 layer number(m=2で使用) 3
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0
1 円筒
2 エッジ
3 立方体


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

白は入力ファイル
Outdata-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

9.330483e+00 2.794594e+01 1.553714e+01

1.010862e+02

100.31 100.22 100.46


オプション -r

r=30で実行

白は入力ファイル
Outdata-r-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.013427e+01 2.852403e+01 1.641233e+01

3.179522e+01

29.60 29.31 29.34


オプション -d

d=100, r=30で実行

白は入力ファイル
Outdata-d-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.088372e+01 2.846397e+01 1.583489e+01

3.126308e+01

29.54 29.43 29.34


オプション -m

m=1で実行

その他のオプション設定なし
白は入力ファイル
Outdata-m1-pdbWaterAdd.png


Outdata-m1(yz)-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

9.336175e+00 2.794978e+01 1.554270e+01

1.124455e+02

100.48 100.40 51.18


height=50, r=30で実行
白は入力ファイル
Outdata-m1height-pdbWaterAdd.png Outdata-m1height(yz)-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

9.900170e+00 2.835893e+01 1.610196e+01

3.983113e+01

29.49 29.53 26.50


m=2で実行

その他のオプション設定なし
白は入力ファイル
Outdata-m2-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.902557e+00 2.626757e+01 1.201421e+01

4.315685e+01

32.09 31.73 33.16


edge=1で実行
白は入力ファイル
Outdata-m2edge-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

3.767874e+00 2.603396e+01 1.347542e+01

3.475105e+01

25.49 26.98 29.59


m=3で実行

その他のオプション設定なし
白は入力ファイル
Outdata-m3-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

7.796508e+00 2.639248e+01 1.400760e+01

8.374090e+01

49.54 49.47 49.50


cube=(150, 50, 25)で実行
白は入力ファイル
Outdata-m3cube-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

8.101933e+00 2.262963e+01 1.431665e+01

4.112811e+01

24.75 25.55 24.59