「pdbWaterAdd」の版間の差分
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− | '''pdbWaterAdd''' | + | '''pdbWaterAdd'''とは入力ファイルの周辺に水分子を加える[[Eos]]の[[コマンド]]である。出力ファイルは水分子のみで構成される。 |
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル: [ | + | <td>入力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>出力ファイル: [ | + | <td>出力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
<td>水の半径(m=0, 1で使用)</td> | <td>水の半径(m=0, 1で使用)</td> | ||
− | <td>100 | + | <td>100</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
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<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
<td>水の高さ(m=1で使用)</td> | <td>水の高さ(m=1で使用)</td> | ||
− | <td>100 | + | <td>100</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-cube</td> | <td>-cube</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>(X, Y, Z): [A](m=3で使用)</td> |
− | <td>(100 | + | <td>(100, 100, 100)</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-edge</td> | <td>-edge</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>layer number | + | <td>layer number(m=2で使用)</td> |
− | <td>3 | + | <td>3</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
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== 実行例 == | == 実行例 == | ||
− | === | + | ===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像=== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Input- | + | <td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td> |
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">重心<br> |
− | + | 最大半径<br> | |
− | + | 最大半径(座標)<br> </p> | |
− | + | ||
− | + | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"><br> | + | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01<br> |
− | <br> | + | 3.286664e+01 <br> |
− | + | 24.77 23.85 28.04<br></p> | |
− | + | ||
− | + | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>白は入力ファイル</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>[[画像:Outdata-pdbWaterAdd.png]]</td> | <td>[[画像:Outdata-pdbWaterAdd.png]]</td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">重心<br> |
− | + | 最大半径<br> | |
− | + | 最大半径(座標)<br> </p> | |
− | + | ||
− | + | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"><br> | + | <td><p align="left">9.330483e+00 2.794594e+01 1.553714e+01<br> |
− | <br> | + | 1.010862e+02<br> |
− | + | 100.31 100.22 100.46<br></p> | |
− | + | ||
− | + | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -r=== | ||
+ | ====r=30で実行==== | ||
+ | <div>白は入力ファイル</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-r-pdbWaterAdd.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">1.013427e+01 2.852403e+01 1.641233e+01<br> | ||
+ | 3.179522e+01 <br> | ||
+ | 29.60 29.31 29.34<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -d=== | ||
+ | ====d=100, r=30で実行==== | ||
+ | <div>白は入力ファイル</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-d-pdbWaterAdd.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">1.088372e+01 2.846397e+01 1.583489e+01<br> | ||
+ | 3.126308e+01<br> | ||
+ | 29.54 29.43 29.34<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -m=== | ||
+ | ====m=1で実行==== | ||
+ | =====その他のオプション設定なし===== | ||
+ | <div>白は入力ファイル</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m1-pdbWaterAdd.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | [[画像:Outdata-m1(yz)-pdbWaterAdd.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">9.336175e+00 2.794978e+01 1.554270e+01<br> | ||
+ | 1.124455e+02<br> | ||
+ | 100.48 100.40 51.18<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====height=50, r=30で実行===== | ||
+ | <div>白は入力ファイル</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m1height-pdbWaterAdd.png]]</td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m1height(yz)-pdbWaterAdd.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">9.900170e+00 2.835893e+01 1.610196e+01<br> | ||
+ | 3.983113e+01<br> | ||
+ | 29.49 29.53 26.50<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====m=2で実行==== | ||
+ | =====その他のオプション設定なし===== | ||
+ | <div>白は入力ファイル</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m2-pdbWaterAdd.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">2.902557e+00 2.626757e+01 1.201421e+01<br> | ||
+ | 4.315685e+01<br> | ||
+ | 32.09 31.73 33.16<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====edge=1で実行===== | ||
+ | <div>白は入力ファイル</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m2edge-pdbWaterAdd.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">3.767874e+00 2.603396e+01 1.347542e+01<br> | ||
+ | 3.475105e+01<br> | ||
+ | 25.49 26.98 29.59<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====m=3で実行==== | ||
+ | =====その他のオプション設定なし===== | ||
+ | <div>白は入力ファイル</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m3-pdbWaterAdd.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">7.796508e+00 2.639248e+01 1.400760e+01<br> | ||
+ | 8.374090e+01<br> | ||
+ | 49.54 49.47 49.50<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
− | === | + | =====cube=(150, 50, 25)で実行===== |
− | = | + | <div>白は入力ファイル</div> |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata--pdbWaterAdd.png]]</td> | + | <td>[[画像:Outdata-m3cube-pdbWaterAdd.png]]</td> |
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">重心<br> |
− | + | 最大半径<br> | |
− | + | 最大半径(座標)<br> </p> | |
− | + | ||
− | + | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"><br> | + | <td><p align="left">8.101933e+00 2.262963e+01 1.431665e+01<br> |
− | <br> | + | 4.112811e+01<br> |
− | + | 24.75 25.55 24.59<br> </p> | |
− | + | ||
− | + | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> |
2014年1月28日 (火) 04:44時点における最新版
pdbWaterAddとは入力ファイルの周辺に水分子を加えるEosのコマンドである。出力ファイルは水分子のみで構成される。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: PDB | NULL |
-d | 選択 | 水の密度: [M] | 55.55555 |
-r | 選択 | 水の半径(m=0, 1で使用) | 100 |
-height | 選択 | 水の高さ(m=1で使用) | 100 |
-cube | 選択 | (X, Y, Z): [A](m=3で使用) | (100, 100, 100) |
-edge | 選択 | layer number(m=2で使用) | 3 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 球 |
1 | 円筒 |
2 | エッジ |
3 | 立方体 |
実行例
入力ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション必須項目のみの場合
重心 最大半径 |
9.330483e+00 2.794594e+01 1.553714e+01 1.010862e+02 |
オプション -r
r=30で実行
重心 最大半径 |
1.013427e+01 2.852403e+01 1.641233e+01 3.179522e+01 |
オプション -d
d=100, r=30で実行
重心 最大半径 |
1.088372e+01 2.846397e+01 1.583489e+01 3.126308e+01 |
オプション -m
m=1で実行
その他のオプション設定なし
|
重心 最大半径 |
9.336175e+00 2.794978e+01 1.554270e+01 1.124455e+02 |
height=50, r=30で実行
重心 最大半径 |
9.900170e+00 2.835893e+01 1.610196e+01 3.983113e+01 |
m=2で実行
その他のオプション設定なし
重心 最大半径 |
2.902557e+00 2.626757e+01 1.201421e+01 4.315685e+01 |
edge=1で実行
重心 最大半径 |
3.767874e+00 2.603396e+01 1.347542e+01 3.475105e+01 |
m=3で実行
その他のオプション設定なし
重心 最大半径 |
7.796508e+00 2.639248e+01 1.400760e+01 8.374090e+01 |
cube=(150, 50, 25)で実行
重心 最大半径 |
8.101933e+00 2.262963e+01 1.431665e+01 4.112811e+01 |