「pdbWaterAdd」の版間の差分

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'''pdbWaterAdd'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''pdbWaterAdd'''とは入力ファイルの周辺に水分子を加える[[Eos]]の[[コマンド]]である。出力ファイルは水分子のみで構成される。
  
  
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル: [pdb]</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル: [pdb]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
−
===入力ファイルの画像===
+
===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input-pdbWaterAdd.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>  
−
<td><p align="left">重心: [CA]<br>  
+
<td><p align="left">重心<br>  
−
最大半径: [CA]<br>  
+
最大半径<br>  
−
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
+
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">2.500000e+01   3.750000e+01    5.000000e+01<br>  
+
<td><p align="left">6.053012e+00   2.519590e+01    1.189075e+01<br>  
−
4.349928e+01 <br>  
+
3.286664e+01 <br>  
−
16.25     33.75     41.25 <br></p>
+
24.77     23.85     28.04<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>[[画像:Outdata-pdbWaterAdd.png]]</td>  
 
<td>[[画像:Outdata-pdbWaterAdd.png]]</td>  
−
<td><p align="left">重心: [CA]<br>  
+
<td><p align="left">重心<br>  
−
最大半径: [CA]<br>  
+
最大半径<br>  
−
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
+
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">2.801699e+01   4.042596e+01    5.283918e+01<br>  
+
<td><p align="left">9.330483e+00   2.794594e+01    1.553714e+01<br>  
−
1.013542e+02<br>  
+
1.010862e+02<br>  
−
100.37     100.48     100.52 <br></p>
+
100.31     100.22     100.46<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
−
===オプション　-d===
+
===オプション　-r===
−
====d=100で実行====  
+
====r=30で実行====  
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-d-pdbWaterAdd.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata-r-pdbWaterAdd.png]]</td>  
−
<td><p align="left">重心: [CA]<br>  
+
<td><p align="left">重心<br>  
−
最大半径: [CA]<br>  
+
最大半径<br>  
−
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
+
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">2.816617e+01    4.092423e+01    5.106283e+01<br>  
+
<td><p align="left">1.013427e+01    2.852403e+01    1.641233e+01<br>  
−
1.007834e+02 <br>  
+
3.179522e+01 <br>  
−
100.40    100.25    100.30 <br></p>
+
29.60      29.31      29.34<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
  
−
===オプション　-r===
+
===オプション　-d===
−
====r=50で実行====  
+
====d=100, r=30で実行====  
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-r-pdbWaterAdd.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata-d-pdbWaterAdd.png]]</td>  
−
<td><p align="left">重心: [CA]<br>  
+
<td><p align="left">重心<br>  
−
最大半径: [CA]<br>  
+
最大半径<br>  
−
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
+
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">2.873605e+01    4.110250e+01    4.960092e+01<br>  
+
<td><p align="left">1.088372e+01    2.846397e+01    1.583489e+01<br>  
−
5.159114e+01<br>  
+
3.126308e+01<br>  
−
<br>51.20     51.08     50.52 </p>
+
29.54     29.43     29.34<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
  
 
===オプション　-m===
 
===オプション　-m===
 
====m=1で実行====  
 
====m=1で実行====  
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-m1-pdbWaterAdd.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata-m1-pdbWaterAdd.png]]<br>
−
<td>[[画像:Outdata-m1(yz)-pdbWaterAdd.png]]</td>  
+
<br>
−
<td><p align="left">重心: [CA]<br>  
+
[[画像:Outdata-m1(yz)-pdbWaterAdd.png]]</td>  
−
最大半径: [CA]<br>  
+
<td><p align="left">重心<br>  
−
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
+
最大半径<br>  
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">2.804255e+01   4.044974e+01    4.965178e+01<br>  
+
<td><p align="left">9.336175e+00   2.794978e+01    1.554270e+01<br>  
−
1.124507e+02 <br>  
+
1.124455e+02<br>  
−
100.56     100.77     51.28<br> </p>
+
100.48     100.40     51.18<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
  
−
====m=1, height=50で実行====  
+
=====height=50, r=30で実行=====  
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>[[画像:Outdata-m1height-pdbWaterAdd.png]]</td>  
 
<td>[[画像:Outdata-m1height-pdbWaterAdd.png]]</td>  
 
<td>[[画像:Outdata-m1height(yz)-pdbWaterAdd.png]]</td>  
 
<td>[[画像:Outdata-m1height(yz)-pdbWaterAdd.png]]</td>  
−
<td><p align="left">重心: [CA]<br>  
+
<td><p align="left">重心<br>  
−
最大半径: [CA]<br>  
+
最大半径<br>  
−
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
+
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">2.810252e+01   4.051072e+01    4.965763e+01<br>  
+
<td><p align="left">9.900170e+00   2.835893e+01    1.610196e+01<br>  
−
1.035522e+02 <br>  
+
3.983113e+01<br>  
−
100.46    100.34     26.34<br> </p>
+
29.49      29.53     26.50<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
  
 
====m=2で実行====  
 
====m=2で実行====  
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>[[画像:Outdata-m2-pdbWaterAdd.png]]</td>  
 
<td>[[画像:Outdata-m2-pdbWaterAdd.png]]</td>  
−
<td><p align="left">重心: [CA]<br>  
+
<td><p align="left">重心<br>  
−
最大半径: [CA]<br>  
+
最大半径<br>  
−
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
+
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">2.351263e+01   3.752831e+01    4.991955e+01<br>  
+
<td><p align="left">2.902557e+00   2.626757e+01    1.201421e+01<br>  
−
5.244210e+01<br>  
+
4.315685e+01<br>  
−
26.59     43.87     50.47<br> </p>
+
32.09     31.73     33.16<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
  
−
====m=2で実行====  
+
=====edge=1で実行===== 
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-m2-pdbWaterAdd.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata-m2edge-pdbWaterAdd.png]]</td>  
−
<td><p align="left">重心: [CA]<br>  
+
<td><p align="left">重心<br>  
−
最大半径: [CA]<br>  
+
最大半径<br>
−
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
+
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">3.767874e+00    2.603396e+01    1.347542e+01<br>
 +
3.475105e+01<br>
 +
25.49      26.98      29.59<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
====m=3で実行====
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m3-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>  
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">7.796508e+00    2.639248e+01    1.400760e+01<br>
 +
8.374090e+01<br>
 +
49.54      49.47      49.50<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
=====cube=(150, 50, 25)で実行=====
 +
<div>白は入力ファイル</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m3cube-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">8.101933e+00    2.262963e+01    1.431665e+01<br>  
−
<br>  
+
4.112811e+01<br>  
−
<br> </p>
+
24.75      25.55      24.59<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>

2014年1月28日 (火) 04:44時点における最新版

pdbWaterAddとは入力ファイルの周辺に水分子を加えるEosのコマンドである。出力ファイルは水分子のみで構成される。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-d 選択 水の密度: [M] 55.55555
-r 選択 水の半径(m=0, 1で使用) 100
-height 選択 水の高さ(m=1で使用) 100
-cube 選択 (X, Y, Z): [A](m=3で使用) (100, 100, 100)
-edge 選択 layer number(m=2で使用) 3
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0 球
1 円筒
2 エッジ
3 立方体


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

白は入力ファイル
Outdata-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

9.330483e+00 2.794594e+01 1.553714e+01

1.010862e+02

100.31 100.22 100.46


オプション　-r

r=30で実行

白は入力ファイル
Outdata-r-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.013427e+01 2.852403e+01 1.641233e+01

3.179522e+01

29.60 29.31 29.34


オプション　-d

d=100, r=30で実行

白は入力ファイル
Outdata-d-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.088372e+01 2.846397e+01 1.583489e+01

3.126308e+01

29.54 29.43 29.34


オプション　-m

m=1で実行

その他のオプション設定なし
白は入力ファイル
Outdata-m1-pdbWaterAdd.png


Outdata-m1(yz)-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

9.336175e+00 2.794978e+01 1.554270e+01

1.124455e+02

100.48 100.40 51.18


height=50, r=30で実行
白は入力ファイル
Outdata-m1height-pdbWaterAdd.png Outdata-m1height(yz)-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

9.900170e+00 2.835893e+01 1.610196e+01

3.983113e+01

29.49 29.53 26.50


m=2で実行

その他のオプション設定なし
白は入力ファイル
Outdata-m2-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.902557e+00 2.626757e+01 1.201421e+01

4.315685e+01

32.09 31.73 33.16


edge=1で実行
白は入力ファイル
Outdata-m2edge-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

3.767874e+00 2.603396e+01 1.347542e+01

3.475105e+01

25.49 26.98 29.59


m=3で実行

その他のオプション設定なし
白は入力ファイル
Outdata-m3-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

7.796508e+00 2.639248e+01 1.400760e+01

8.374090e+01

49.54 49.47 49.50


cube=(150, 50, 25)で実行
白は入力ファイル
Outdata-m3cube-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

8.101933e+00 2.262963e+01 1.431665e+01

4.112811e+01

24.75 25.55 24.59



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