pdbWaterAdd

pdbWaterAddとはEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: [pdb]	NULL
-o	必須	出力ファイル: [pdb]	NULL
-d	選択	水の密度: [M]	55.55555
-r	選択	水の半径(m=0, 1で使用)	100
-height	選択	水の高さ(m=1で使用)	100
-cube	選択	(X, Y, Z): [A](m=3で使用)	(100, 100, 100)
-edge	選択	layer number(m=2で使用)	3
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0	球
1	円筒
2	エッジ
3	立方体

実行例

入力ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

2.500000e+01 3.750000e+01 5.000000e+01 4.349928e+01 16.25 33.75 41.25

オプション必須項目のみの場合

重心 最大半径 最大半径(座標)

2.801699e+01 4.042596e+01 5.283918e+01 1.013542e+02 100.37 100.48 100.52

オプション　-d

d=100で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

2.816617e+01 4.092423e+01 5.106283e+01 1.007834e+02 100.40 100.25 100.30

オプション　-r

r=50で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

2.873605e+01 4.110250e+01 4.960092e+01 5.159114e+01 51.20 51.08 50.52

オプション　-m

m=1で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

2.804255e+01 4.044974e+01 4.965178e+01 1.124507e+02 100.56 100.77 51.28

m=1, height=50で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

2.810252e+01 4.051072e+01 4.965763e+01 1.035522e+02 100.46 100.34 26.34

m=2で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

2.351263e+01 3.752831e+01 4.991955e+01 5.244210e+01 26.59 43.87 50.47

m=2, edge=11で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

2.275528e+01 3.777079e+01 5.054808e+01 8.021160e+01 52.50 69.01 76.05

m=3で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

2.657380e+01 3.896318e+01 4.788873e+01 8.453592e+01 49.56 49.49 49.56

m=3, cube=(150, 50, 25)で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

2.680180e+01 3.562480e+01 4.810106e+01 7.877402e+01 74.49 24.45 12.10