pdbWaterAdd

提供: Eospedia
2014年1月28日 (火) 02:57時点におけるKinoshita (トーク | 投稿記録)による版

移動: 案内検索

pdbWaterAddとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: [pdb] NULL
-o 必須 出力ファイル: [pdb] NULL
-d 選択 水の密度: [M] 55.55555
-r 選択 水の半径(m=0, 1で使用) 100
-height 選択 水の高さ(m=1で使用) 100
-cube 選択 (X, Y, Z): [A](m=3で使用) (100, 100, 100)
-edge 選択 layer number(m=2で使用) 3
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0
1 円筒
2 エッジ
3 立方体


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

白は入力ファイル
Outdata-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

9.330483e+00 2.794594e+01 1.553714e+01

1.010862e+02

100.31 100.22 100.46


オプション -r

r=30で実行

白は入力ファイル
Outdata-r-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.013427e+01 2.852403e+01 1.641233e+01

3.179522e+01

29.60 29.31 29.34


オプション -d

d=100, r=30で実行

白は入力ファイル
Outdata-d-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.088372e+01 2.846397e+01 1.583489e+01

3.126308e+01

29.54 29.43 29.34


オプション -m

m=1で実行

Outdata-m1-pdbWaterAdd.png Outdata-m1(yz)-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.804255e+01 4.044974e+01 4.965178e+01

1.124507e+02

100.56 100.77 51.28

m=1, height=50で実行

Outdata-m1height-pdbWaterAdd.png Outdata-m1height(yz)-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.810252e+01 4.051072e+01 4.965763e+01

1.035522e+02

100.46 100.34 26.34

m=2で実行

Outdata-m2-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.351263e+01 3.752831e+01 4.991955e+01

5.244210e+01

26.59 43.87 50.47

m=2, edge=11で実行

Outdata-m2edge-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.275528e+01 3.777079e+01 5.054808e+01

8.021160e+01

52.50 69.01 76.05

m=3で実行

Outdata-m3-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.657380e+01 3.896318e+01 4.788873e+01

8.453592e+01

49.56 49.49 49.56

m=3, cube=(150, 50, 25)で実行

Outdata-m3cube-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.680180e+01 3.562480e+01 4.810106e+01

7.877402e+01

74.49 24.45 12.10