「tiff2mrc」の版間の差分

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'''tiff2mrc'''とは[[tiff]]ファイルを[[mrc]]ファイルに変換する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''tiff2mrc'''とは[[tiff]]ファイルを[[mrcImage]]ファイルに変換する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
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<td>Unsigned</td>  
 
<td>Unsigned</td>  
 
</tr>
 
</tr>
<tr>
 
<td>-</td>
 
<td>選択</td>
 
<td></td>
 
<td>0</td>
 
</tr>
 
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Offset</td>  
 
<td>-Offset</td>  
行116: 行110:
 
<td>-M</td>  
 
<td>-M</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td></td>  
+
<td>モード1</td>  
<td></td>  
+
<td>m=0: 0<br>
 +
m=1: 2</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-m</td>  
 
<td>-m</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>モードを設定</td>  
+
<td>モード2</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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</table>  
 
</table>  
  
===モードの詳細===
+
===-M の詳細===
<table border="1">  
+
<table border="1">
<div align="left">  
+
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0x0000000f</td>
 +
<td>Direct or Log</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0x000000f0</td>
 +
<td>Which Color R: 00 G: 10 B: 20</td>
 +
</tr>  
 +
</table>
 +
 
 +
===-m の詳細===
 +
<table border="1">
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<th>モード</th>  
 
<th>モード</th>  
行143: 行153:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
<td>8ビット</td>  
+
<td>Direct</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
<td>16ビット</td>  
+
<td>Log10(65535/data)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
</div>
+
</table>  
</table>
+
  
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[Media:Input-B120.tiff | 入力ファイル]]の画像===
 +
[[画像:Input-B120.png]]
 +
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>[[mrcImageInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
Min:              0 (0, 0, 0)
 +
Max:            255 (49, 32, 0)
 +
Mean:        21.0538
 +
SD:          47.6709
 +
SE:        0.595886
 +
Sum:          134744
 +
</pre>
 +
<div>[[mrcInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
N            : (        80,        80,          1)
 +
Mode        :          0  mrcCharImage       
 +
StartN      : (        0,          0,          0)
 +
M            : (        1,          1,          1)
 +
Length      : (    2.500,      2.500,      2.500)
 +
A,B,G        : (    90.00,      90.00,      90.00)
 +
C,R,S        : (        1,          2,          3)
 +
Min,Max,Mean : (        0,        255,      21.1)
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション -r===
 +
====r=5で実行====
 +
<div>[[mrcImageInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
Min:              0 (0, 0, 0)
 +
Max:            255 (49, 32, 0)
 +
Mean:        21.0538
 +
SD:          47.6709
 +
SE:        0.595886
 +
Sum:          134744
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[mrcInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
N            : (        80,        80,          1)
 +
Mode        :          0  mrcCharImage       
 +
StartN      : (        0,          0,          0)
 +
M            : (        1,          1,          1)
 +
Length      : (    5.000,      5.000,      5.000)
 +
A,B,G        : (    90.00,      90.00,      90.00)
 +
C,R,S        : (        1,          2,          3)
 +
Min,Max,Mean : (        0,        255,      21.1)
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション -I===
 +
<div>[[mrcImageInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
Min:              0 (49, 32, 0)
 +
Max:            255 (0, 0, 0)
 +
Mean:        233.946
 +
SD:          47.6709
 +
SE:        0.595886
 +
Sum:    1.49726e+06
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[mrcInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
N            : (        80,        80,          1)
 +
Mode        :          0  mrcCharImage       
 +
StartN      : (        0,          0,          0)
 +
M            : (        1,          1,          1)
 +
Length      : (    2.500,      2.500,      2.500)
 +
A,B,G        : (    90.00,      90.00,      90.00)
 +
C,R,S        : (        1,          2,          3)
 +
Min,Max,Mean : (        0,        255,        234)
 +
</pre>
 +
 +
===オプション -Offset===
 +
====Offset=1で実行====
 +
<div>[[mrcImageInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
Min:              0 (49, 32, 0)
 +
Max:            255 (36, 38, 0)
 +
Mean:        22.0138
 +
SD:          47.5819
 +
SE:        0.594774
 +
Sum:          140888
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[mrcInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
N            : (        80,        80,          1)
 +
Mode        :          0  mrcCharImage       
 +
StartN      : (        0,          0,          0)
 +
M            : (        1,          1,          1)
 +
Length      : (    2.500,      2.500,      2.500)
 +
A,B,G        : (    90.00,      90.00,      90.00)
 +
C,R,S        : (        1,          2,          3)
 +
Min,Max,Mean : (        0,        255,        22)
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション -realMin, -realMax===
 +
====realMin=64, realMax=128で実行====
 +
<div>[[mrcImageInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
Min:              64 (0, 0, 0)
 +
Max:            128 (49, 32, 0)
 +
Mean:          69.165
 +
SD:          11.7927
 +
SE:        0.147408
 +
Sum:          442656
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[mrcInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
N            : (        80,        80,          1)
 +
Mode        :          0  mrcCharImage       
 +
StartN      : (        0,          0,          0)
 +
M            : (        1,          1,          1)
 +
Length      : (    2.500,      2.500,      2.500)
 +
A,B,G        : (    90.00,      90.00,      90.00)
 +
C,R,S        : (        1,          2,          3)
 +
Min,Max,Mean : (        64,        128,      69.2)
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション -realMaxBit===
 +
====realMaxBit=1, realMin=64, realMax=128で実行====
 +
<div>[[mrcImageInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
Min:              0 (44, 15, 0)
 +
Max:            192 (45, 17, 0)
 +
Mean:          72.44
 +
SD:          39.3767
 +
SE:        0.492209
 +
Sum:          463616
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[mrcInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
N            : (        80,        80,          1)
 +
Mode        :          0  mrcCharImage       
 +
StartN      : (        0,          0,          0)
 +
M            : (        1,          1,          1)
 +
Length      : (    2.500,      2.500,      2.500)
 +
A,B,G        : (    90.00,      90.00,      90.00)
 +
C,R,S        : (        1,          2,          3)
 +
Min,Max,Mean : (        0,        192,      72.4)
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション -S===
 +
====S=2で実行====
 +
<div>[[mrcImageInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
Min:              0 (0, 0, 0)
 +
Max:            245 (18, 19, 0)
 +
Mean:        20.9556
 +
SD:          47.2215
 +
SE:          1.18054
 +
Sum:          33529
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[mrcInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
N            : (        40,        40,          1)
 +
Mode        :          0  mrcCharImage       
 +
StartN      : (        0,          0,          0)
 +
M            : (        1,          1,          1)
 +
Length      : (    5.000,      5.000,      2.500)
 +
A,B,G        : (    90.00,      90.00,      90.00)
 +
C,R,S        : (        1,          2,          3)
 +
Min,Max,Mean : (        0,        245,        21)
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション -m===
 +
====m=1で実行====
 +
<div>[[mrcImageInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
Min:              0 (49, 32, 0)
 +
Max:        2.40654 (0, 0, 0)
 +
Mean:        1.97942
 +
SD:        0.788953
 +
SE:      0.00986191
 +
Sum:        12668.3
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[mrcInfo]]でのデータ </div>
 +
<pre>
 +
N            : (        80,        80,          1)
 +
Mode        :          2  mrcFloatImage       
 +
StartN      : (        0,          0,          0)
 +
M            : (        1,          1,          1)
 +
Length      : (    2.500,      2.500,      2.500)
 +
A,B,G        : (    90.00,      90.00,      90.00)
 +
C,R,S        : (        1,          2,          3)
 +
Min,Max,Mean : (        0,      2.41,      1.98)
 +
</pre>

2014年1月17日 (金) 02:49時点における最新版

tiff2mrcとはtiffファイルをmrcImageファイルに変換するEosコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定 NULL
-o 必須 出力ファイル設定 NULL
-r 選択 解像度 2.5
-t 選択 最適時間 1.0
-d 選択 Directory Number 0
-I 選択 インバース(色を反転させる) 0
-Signed 選択 Unsigned
-Offset 選択 オフセット値 0.0
-Max 選択 最大値 16
-Min 選択 最小値 1
-realMin 選択 Real Min 0.0
-realMax 選択 Real Max 0.0
-realMaxBit 選択 RealMaxVauleBit 14
-sin 選択 sin File from Zeiss NULL
-c 選択 ConfigurationFile NULL
-S 選択 ShrinkMode 8
-M 選択 モード1 m=0: 0
m=1: 2
-m 選択 モード2 0
-h 選択 ヘルプを表示  

-M の詳細

モード 説明
0x0000000f Direct or Log
0x000000f0 Which Color R: 00 G: 10 B: 20

-m の詳細

モード 説明
0 Direct
1 Log10(65535/data)


実行例

入力ファイルの画像

Input-B120.png


オプション必須項目のみの場合

mrcImageInfoでのデータ
Min:               0 (0, 0, 0)
Max:             255 (49, 32, 0)
Mean:         21.0538
SD:          47.6709
SE:         0.595886
Sum:          134744
mrcInfoでのデータ
N            : (        80,         80,          1)
Mode         :           0  mrcCharImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      2.500,      2.500)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,        255,       21.1)


オプション -r

r=5で実行

mrcImageInfoでのデータ
Min:               0 (0, 0, 0)
Max:             255 (49, 32, 0)
Mean:         21.0538
SD:          47.6709
SE:         0.595886
Sum:          134744
mrcInfoでのデータ
N            : (        80,         80,          1)
Mode         :           0  mrcCharImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      5.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,        255,       21.1)


オプション -I

mrcImageInfoでのデータ
Min:               0 (49, 32, 0)
Max:             255 (0, 0, 0)
Mean:         233.946
SD:          47.6709
SE:         0.595886
Sum:     1.49726e+06
mrcInfoでのデータ
N            : (        80,         80,          1)
Mode         :           0  mrcCharImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      2.500,      2.500)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,        255,        234)

オプション -Offset

Offset=1で実行

mrcImageInfoでのデータ
Min:               0 (49, 32, 0)
Max:             255 (36, 38, 0)
Mean:         22.0138
SD:          47.5819
SE:         0.594774
Sum:          140888
mrcInfoでのデータ
N            : (        80,         80,          1)
Mode         :           0  mrcCharImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      2.500,      2.500)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,        255,         22)


オプション -realMin, -realMax

realMin=64, realMax=128で実行

mrcImageInfoでのデータ
Min:              64 (0, 0, 0)
Max:             128 (49, 32, 0)
Mean:          69.165
SD:          11.7927
SE:         0.147408
Sum:          442656
mrcInfoでのデータ
N            : (        80,         80,          1)
Mode         :           0  mrcCharImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      2.500,      2.500)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (        64,        128,       69.2)


オプション -realMaxBit

realMaxBit=1, realMin=64, realMax=128で実行

mrcImageInfoでのデータ
Min:               0 (44, 15, 0)
Max:             192 (45, 17, 0)
Mean:           72.44
SD:          39.3767
SE:         0.492209
Sum:          463616
mrcInfoでのデータ
N            : (        80,         80,          1)
Mode         :           0  mrcCharImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      2.500,      2.500)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,        192,       72.4)


オプション -S

S=2で実行

mrcImageInfoでのデータ
Min:               0 (0, 0, 0)
Max:             245 (18, 19, 0)
Mean:         20.9556
SD:          47.2215
SE:          1.18054
Sum:           33529
mrcInfoでのデータ
N            : (        40,         40,          1)
Mode         :           0  mrcCharImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      2.500)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,        245,         21)


オプション -m

m=1で実行

mrcImageInfoでのデータ
Min:               0 (49, 32, 0)
Max:         2.40654 (0, 0, 0)
Mean:         1.97942
SD:         0.788953
SE:       0.00986191
Sum:         12668.3
mrcInfoでのデータ
N            : (        80,         80,          1)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      2.500,      2.500)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,       2.41,       1.98)