「tiff2mrc」の版間の差分
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== 実行例 == | == 実行例 == | ||
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2014年1月17日 (金) 02:49時点における最新版
tiff2mrcとはtiffファイルをmrcImageファイルに変換するEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル設定 | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル設定 | NULL |
-r | 選択 | 解像度 | 2.5 |
-t | 選択 | 最適時間 | 1.0 |
-d | 選択 | Directory Number | 0 |
-I | 選択 | インバース(色を反転させる) | 0 |
-Signed | 選択 | Unsigned | |
-Offset | 選択 | オフセット値 | 0.0 |
-Max | 選択 | 最大値 | 16 |
-Min | 選択 | 最小値 | 1 |
-realMin | 選択 | Real Min | 0.0 |
-realMax | 選択 | Real Max | 0.0 |
-realMaxBit | 選択 | RealMaxVauleBit | 14 |
-sin | 選択 | sin File from Zeiss | NULL |
-c | 選択 | ConfigurationFile | NULL |
-S | 選択 | ShrinkMode | 8 |
-M | 選択 | モード1 | m=0: 0 m=1: 2 |
-m | 選択 | モード2 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-M の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0x0000000f | Direct or Log |
0x000000f0 | Which Color R: 00 G: 10 B: 20 |
-m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Direct |
1 | Log10(65535/data) |
実行例
入力ファイルの画像
オプション必須項目のみの場合
mrcImageInfoでのデータ
Min: 0 (0, 0, 0) Max: 255 (49, 32, 0) Mean: 21.0538 SD: 47.6709 SE: 0.595886 Sum: 134744
mrcInfoでのデータ
N : ( 80, 80, 1) Mode : 0 mrcCharImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 2.500, 2.500, 2.500) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 0, 255, 21.1)
オプション -r
r=5で実行
mrcImageInfoでのデータ
Min: 0 (0, 0, 0) Max: 255 (49, 32, 0) Mean: 21.0538 SD: 47.6709 SE: 0.595886 Sum: 134744
mrcInfoでのデータ
N : ( 80, 80, 1) Mode : 0 mrcCharImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 5.000, 5.000, 5.000) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 0, 255, 21.1)
オプション -I
mrcImageInfoでのデータ
Min: 0 (49, 32, 0) Max: 255 (0, 0, 0) Mean: 233.946 SD: 47.6709 SE: 0.595886 Sum: 1.49726e+06
mrcInfoでのデータ
N : ( 80, 80, 1) Mode : 0 mrcCharImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 2.500, 2.500, 2.500) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 0, 255, 234)
オプション -Offset
Offset=1で実行
mrcImageInfoでのデータ
Min: 0 (49, 32, 0) Max: 255 (36, 38, 0) Mean: 22.0138 SD: 47.5819 SE: 0.594774 Sum: 140888
mrcInfoでのデータ
N : ( 80, 80, 1) Mode : 0 mrcCharImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 2.500, 2.500, 2.500) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 0, 255, 22)
オプション -realMin, -realMax
realMin=64, realMax=128で実行
mrcImageInfoでのデータ
Min: 64 (0, 0, 0) Max: 128 (49, 32, 0) Mean: 69.165 SD: 11.7927 SE: 0.147408 Sum: 442656
mrcInfoでのデータ
N : ( 80, 80, 1) Mode : 0 mrcCharImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 2.500, 2.500, 2.500) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 64, 128, 69.2)
オプション -realMaxBit
realMaxBit=1, realMin=64, realMax=128で実行
mrcImageInfoでのデータ
Min: 0 (44, 15, 0) Max: 192 (45, 17, 0) Mean: 72.44 SD: 39.3767 SE: 0.492209 Sum: 463616
mrcInfoでのデータ
N : ( 80, 80, 1) Mode : 0 mrcCharImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 2.500, 2.500, 2.500) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 0, 192, 72.4)
オプション -S
S=2で実行
mrcImageInfoでのデータ
Min: 0 (0, 0, 0) Max: 245 (18, 19, 0) Mean: 20.9556 SD: 47.2215 SE: 1.18054 Sum: 33529
mrcInfoでのデータ
N : ( 40, 40, 1) Mode : 0 mrcCharImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 5.000, 5.000, 2.500) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 0, 245, 21)
オプション -m
m=1で実行
mrcImageInfoでのデータ
Min: 0 (49, 32, 0) Max: 2.40654 (0, 0, 0) Mean: 1.97942 SD: 0.788953 SE: 0.00986191 Sum: 12668.3
mrcInfoでのデータ
N : ( 80, 80, 1) Mode : 2 mrcFloatImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 2.500, 2.500, 2.500) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 0, 2.41, 1.98)