tiff2mrc

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2013年12月2日 (月) 02:48時点におけるKinoshita (トーク | 投稿記録)による版

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tiff2mrcとはtiffファイルをmrcImageファイルに変換するEosコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定 NULL
-o 必須 出力ファイル設定 NULL
-r 選択 解像度 2.5
-t 選択 最適時間 1.0
-d 選択 Directory Number 0
-I 選択 インバース(色を反転させる) 0
-Signed 選択 Unsigned
-Offset 選択 オフセット値 0.0
-Max 選択 最大値 16
-Min 選択 最小値 1
-realMin 選択 Real Min 0.0
-realMax 選択 Real Max 0.0
-realMaxBit 選択 RealMaxVauleBit 14
-sin 選択 sin File from Zeiss NULL
-c 選択 ConfigurationFile NULL
-S 選択 ShrinkMode 8
-M 選択 モード1 m=0: 0
m=1: 2
-m 選択 モード2 0
-h 選択 ヘルプを表示  

-M の詳細

モード 説明
0x0000000f Direct or Log
0x000000f0 Which Color R: 00 G: 10 B: 20

-m の詳細

モード 説明
0 Direct
1 Log10(65535/data)


実行例

入力ファイルの画像

Input-tiff2mrc.png


オプション必須項目のみの場合

mrcImageInfoでのデータ
Min:               0 (0, 0, 0)
Max:             255 (49, 32, 0)
Mean:         21.0538
SD:          47.6709
SE:         0.595886
Sum:          134744
mrcInfoでのデータ
N            : (        80,         80,          1)
Mode         :           0  mrcCharImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      2.500,      2.500)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,        255,       21.1)


オプション -r

r=5で実行

mrcImageInfoでのデータ
Min:               0 (0, 0, 0)
Max:             255 (49, 32, 0)
Mean:         21.0538
SD:          47.6709
SE:         0.595886
Sum:          134744
mrcInfoでのデータ
N            : (        80,         80,          1)
Mode         :           0  mrcCharImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      5.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,        255,       21.1)


オプション -I

mrcImageInfoでのデータ
Min:               0 (49, 32, 0)
Max:             255 (0, 0, 0)
Mean:         233.946
SD:          47.6709
SE:         0.595886
Sum:     1.49726e+06
mrcInfoでのデータ
N            : (        80,         80,          1)
Mode         :           0  mrcCharImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      2.500,      2.500)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,        255,        234)

オプション -Offset

Offset=1で実行

mrcImageInfoでのデータ
Min:               0 (49, 32, 0)
Max:             255 (36, 38, 0)
Mean:         22.0138
SD:          47.5819
SE:         0.594774
Sum:          140888
mrcInfoでのデータ
N            : (        80,         80,          1)
Mode         :           0  mrcCharImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      2.500,      2.500)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,        255,         22)


オプション -realMin, -realMax

realMin=64, realMax=128で実行

mrcImageInfoでのデータ
Min:              64 (0, 0, 0)
Max:             128 (49, 32, 0)
Mean:          69.165
SD:          11.7927
SE:         0.147408
Sum:          442656
mrcInfoでのデータ
N            : (        80,         80,          1)
Mode         :           0  mrcCharImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      2.500,      2.500)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (        64,        128,       69.2)


オプション -realMaxBit

realMaxBit=1, realMin=64, realMax=128で実行

mrcImageInfoでのデータ
Min:               0 (44, 15, 0)
Max:             192 (45, 17, 0)
Mean:           72.44
SD:          39.3767
SE:         0.492209
Sum:          463616
mrcInfoでのデータ
N            : (        80,         80,          1)
Mode         :           0  mrcCharImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      2.500,      2.500)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,        192,       72.4)


オプション -S

S=2で実行

mrcImageInfoでのデータ
Min:               0 (0, 0, 0)
Max:             245 (18, 19, 0)
Mean:         20.9556
SD:          47.2215
SE:          1.18054
Sum:           33529
mrcInfoでのデータ
N            : (        40,         40,          1)
Mode         :           0  mrcCharImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      2.500)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,        245,         21)


オプション -m

m=1で実行

mrcImageInfoでのデータ
Min:               0 (49, 32, 0)
Max:         2.40654 (0, 0, 0)
Mean:         1.97942
SD:         0.788953
SE:       0.00986191
Sum:         12668.3
mrcInfoでのデータ
N            : (        80,         80,          1)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      2.500,      2.500)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,       2.41,       1.98)