「vector2pdb」の版間の差分
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− | '''vector2pdb''' | + | '''vector2pdb'''とはパラメータ入力から[[PDB]]ファイルを作成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。 |
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力ファイル: PDB</td> | + | <td>出力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
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2014年8月18日 (月) 05:36時点における最新版
vector2pdbとはパラメータ入力からPDBファイルを作成するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-o | 選択 | 出力ファイル: PDB | stdout |
-v | 選択 | 入力: ベクトル: (vx, vy, vz) | (1, 0, 0) |
-polar | 選択 | 入力: ベクトル[degree]: (phi, theta) | (0, 0) |
-polarz | 選択 | 入力: 極座標のz軸: (zx, zy, zz) | (0, 0, 1) |
-polarx | 選択 | 入力: 極座標のx軸: (xx, xy, xz) | (1, 0, 0) |
-ori | 選択 | 入力: origin: (sx, sy, sz) | (0, 3, 0) |
-step | 選択 | 入力: step: [A] | 1.6 |
-n | 選択 | 入力: アルファ炭素数 | 20 |
-ID | 選択 | 入力: Chain ID | A |
-Res | 選択 | 入力: Chain ID | GLY |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
オプション必須項目のみの場合
重心 最大半径 |
1.520000e+01 3.000000e+00 0.000000e+00 1.520000e+01 |
オプション -v
v=(1, 2, 3)で実行
重心 最大半径 |
4.062400e+00 1.112470e+01 1.218715e+01 1.520002e+01 |
オプション -polar
polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行
重心 最大半径 |
9.308100e+00 8.374000e+00 1.074800e+01 1.520000e+01 |
オプション -polarz
polarz=(3, 2, 1), polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行
重心 最大半径 |
1.377120e+01 9.259950e+00 -1.485850e+00 1.520002e+01 |
オプション -polarx
polarx=(1, 2, 3), polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行
重心 最大半径 |
-1.781550e+00 8.668600e+00 1.399045e+01 1.519999e+01 |
オプション -ori
ori=(7, 3, 5), v=(1, 2, 3)で実行
重心 最大半径 |
1.106240e+01 1.112470e+01 1.718715e+01 1.520002e+01 |
オプション -step
step=3.2, v=(1, 2, 3)で実行
重心 最大半径 |
8.124700e+00 1.924945e+01 2.437420e+01 3.039995e+01 |
オプション -n
n=30, v=(1, 2, 3)で実行
重心 最大半径 |
6.200467e+00 1.540090e+01 1.860140e+01 2.320029e+01 |