「vector2pdb」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
(ページの作成:「'''vector2pdb'''とはEosコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <th>オプシ...」)
 
行1: 行1:
'''vector2pdb'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''vector2pdb'''とはパラメータ入力からPDBファイルを作成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
行32: 行32:
 
<td>-polarz</td>  
 
<td>-polarz</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>入力: z-axis for polar: (zx, zy, zz)</td>  
+
<td>入力: 極座標のz軸: (zx, zy, zz)</td>  
 
<td>(0, 0, 1)</td>  
 
<td>(0, 0, 1)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-polarx</td>  
 
<td>-polarx</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>入力: x-axis for polar: (xx, xy, xz)</td>  
+
<td>入力: 極座標のx軸: (xx, xy, xz)</td>  
 
<td>(1, 0, 0)</td>  
 
<td>(1, 0, 0)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行105: 行105:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-vector2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.520000e+01    3.000000e+00    0.000000e+00<br>
 +
1.520000e+01 <br>
 +
15.20      0.00      0.00<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション -v===
 +
====v=(1, 2, 3)で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-v-vector2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">4.062400e+00    1.112470e+01    1.218715e+01<br>
 +
1.520002e+01 <br>
 +
4.06      8.12      12.19<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション -polar===
 +
====polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-polar-vector2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">9.308100e+00    8.374000e+00    1.074800e+01<br>
 +
1.520000e+01<br>
 +
9.31      5.37      10.75<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション -polarz===
 +
====polarz=(3, 2, 1), polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-polarz-vector2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.377120e+01    9.259950e+00  -1.485850e+00<br>
 +
1.520002e+01 <br>
 +
13.77      6.26      1.49<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション -polarx===
 +
====polarx=(1, 2, 3), polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-polarx-vector2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.781550e+00    8.668600e+00    1.399045e+01<br>
 +
1.519999e+01 <br>
 +
1.78      5.67      13.99<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション -ori===
 +
====ori=(7, 3, 5), v=(1, 2, 3)で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-ori-vector2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.106240e+01    1.112470e+01    1.718715e+01<br>
 +
1.520002e+01 <br>
 +
4.06      8.12      12.19<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション -step===
 +
====step=3.2, v=(1, 2, 3)で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-step-vector2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">8.124700e+00    1.924945e+01    2.437420e+01<br>
 +
3.039995e+01<br>
 +
8.12      16.25      24.37<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション -n===
 +
====n=30, v=(1, 2, 3)で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-n-vector2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.200467e+00    1.540090e+01    1.860140e+01<br>
 +
2.320029e+01<br>
 +
6.20      12.40      18.60<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>

2013年12月2日 (月) 08:17時点における版

vector2pdbとはパラメータ入力からPDBファイルを作成するEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-o 選択 出力ファイル: PDB stdout
-v 選択 入力: ベクトル: (vx, vy, vz) (1, 0, 0)
-polar 選択 入力: ベクトル[degree]: (phi, theta) (0, 0)
-polarz 選択 入力: 極座標のz軸: (zx, zy, zz) (0, 0, 1)
-polarx 選択 入力: 極座標のx軸: (xx, xy, xz) (1, 0, 0)
-ori 選択 入力: origin: (sx, sy, sz) (0, 3, 0)
-step 選択 入力: step: [A] 1.6
-n 選択 入力: アルファ炭素数 20
-ID 選択 入力: Chain ID A
-Res 選択 入力: Chain ID GLY
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

オプション必須項目のみの場合

Outdata-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.520000e+01 3.000000e+00 0.000000e+00

1.520000e+01

15.20 0.00 0.00


オプション -v

v=(1, 2, 3)で実行

Outdata-v-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

4.062400e+00 1.112470e+01 1.218715e+01

1.520002e+01

4.06 8.12 12.19


オプション -polar

polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行

Outdata-polar-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

9.308100e+00 8.374000e+00 1.074800e+01

1.520000e+01

9.31 5.37 10.75


オプション -polarz

polarz=(3, 2, 1), polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行

Outdata-polarz-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.377120e+01 9.259950e+00 -1.485850e+00

1.520002e+01

13.77 6.26 1.49


オプション -polarx

polarx=(1, 2, 3), polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行

Outdata-polarx-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-1.781550e+00 8.668600e+00 1.399045e+01

1.519999e+01

1.78 5.67 13.99


オプション -ori

ori=(7, 3, 5), v=(1, 2, 3)で実行

Outdata-ori-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.106240e+01 1.112470e+01 1.718715e+01

1.520002e+01

4.06 8.12 12.19


オプション -step

step=3.2, v=(1, 2, 3)で実行

Outdata-step-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

8.124700e+00 1.924945e+01 2.437420e+01

3.039995e+01

8.12 16.25 24.37


オプション -n

n=30, v=(1, 2, 3)で実行

Outdata-n-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.200467e+00 1.540090e+01 1.860140e+01

2.320029e+01

6.20 12.40 18.60