「vector2pdb」の版間の差分
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<td>-polarz</td> | <td>-polarz</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>入力: | + | <td>入力: 極座標のz軸: (zx, zy, zz)</td> |
<td>(0, 0, 1)</td> | <td>(0, 0, 1)</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-polarx</td> | <td>-polarx</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>入力: | + | <td>入力: 極座標のx軸: (xx, xy, xz)</td> |
<td>(1, 0, 0)</td> | <td>(1, 0, 0)</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-vector2pdb.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">1.520000e+01 3.000000e+00 0.000000e+00<br> | ||
+ | 1.520000e+01 <br> | ||
+ | 15.20 0.00 0.00<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -v=== | ||
+ | ====v=(1, 2, 3)で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-v-vector2pdb.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">4.062400e+00 1.112470e+01 1.218715e+01<br> | ||
+ | 1.520002e+01 <br> | ||
+ | 4.06 8.12 12.19<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -polar=== | ||
+ | ====polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-polar-vector2pdb.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">9.308100e+00 8.374000e+00 1.074800e+01<br> | ||
+ | 1.520000e+01<br> | ||
+ | 9.31 5.37 10.75<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -polarz=== | ||
+ | ====polarz=(3, 2, 1), polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-polarz-vector2pdb.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">1.377120e+01 9.259950e+00 -1.485850e+00<br> | ||
+ | 1.520002e+01 <br> | ||
+ | 13.77 6.26 1.49<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -polarx=== | ||
+ | ====polarx=(1, 2, 3), polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-polarx-vector2pdb.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.781550e+00 8.668600e+00 1.399045e+01<br> | ||
+ | 1.519999e+01 <br> | ||
+ | 1.78 5.67 13.99<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -ori=== | ||
+ | ====ori=(7, 3, 5), v=(1, 2, 3)で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ori-vector2pdb.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">1.106240e+01 1.112470e+01 1.718715e+01<br> | ||
+ | 1.520002e+01 <br> | ||
+ | 4.06 8.12 12.19<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -step=== | ||
+ | ====step=3.2, v=(1, 2, 3)で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-step-vector2pdb.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">8.124700e+00 1.924945e+01 2.437420e+01<br> | ||
+ | 3.039995e+01<br> | ||
+ | 8.12 16.25 24.37<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -n=== | ||
+ | ====n=30, v=(1, 2, 3)で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-n-vector2pdb.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">6.200467e+00 1.540090e+01 1.860140e+01<br> | ||
+ | 2.320029e+01<br> | ||
+ | 6.20 12.40 18.60<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> |
2013年12月2日 (月) 08:17時点における版
vector2pdbとはパラメータ入力からPDBファイルを作成するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-o | 選択 | 出力ファイル: PDB | stdout |
-v | 選択 | 入力: ベクトル: (vx, vy, vz) | (1, 0, 0) |
-polar | 選択 | 入力: ベクトル[degree]: (phi, theta) | (0, 0) |
-polarz | 選択 | 入力: 極座標のz軸: (zx, zy, zz) | (0, 0, 1) |
-polarx | 選択 | 入力: 極座標のx軸: (xx, xy, xz) | (1, 0, 0) |
-ori | 選択 | 入力: origin: (sx, sy, sz) | (0, 3, 0) |
-step | 選択 | 入力: step: [A] | 1.6 |
-n | 選択 | 入力: アルファ炭素数 | 20 |
-ID | 選択 | 入力: Chain ID | A |
-Res | 選択 | 入力: Chain ID | GLY |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
オプション必須項目のみの場合
重心 最大半径 |
1.520000e+01 3.000000e+00 0.000000e+00 1.520000e+01 |
オプション -v
v=(1, 2, 3)で実行
重心 最大半径 |
4.062400e+00 1.112470e+01 1.218715e+01 1.520002e+01 |
オプション -polar
polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行
重心 最大半径 |
9.308100e+00 8.374000e+00 1.074800e+01 1.520000e+01 |
オプション -polarz
polarz=(3, 2, 1), polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行
重心 最大半径 |
1.377120e+01 9.259950e+00 -1.485850e+00 1.520002e+01 |
オプション -polarx
polarx=(1, 2, 3), polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行
重心 最大半径 |
-1.781550e+00 8.668600e+00 1.399045e+01 1.519999e+01 |
オプション -ori
ori=(7, 3, 5), v=(1, 2, 3)で実行
重心 最大半径 |
1.106240e+01 1.112470e+01 1.718715e+01 1.520002e+01 |
オプション -step
step=3.2, v=(1, 2, 3)で実行
重心 最大半径 |
8.124700e+00 1.924945e+01 2.437420e+01 3.039995e+01 |
オプション -n
n=30, v=(1, 2, 3)で実行
重心 最大半径 |
6.200467e+00 1.540090e+01 1.860140e+01 2.320029e+01 |