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2013年12月10日 (火) 02:49時点における版

vector2pdbとはパラメータ入力からPDBファイルを作成するEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-o 選択 出力ファイル: PDB stdout
-v 選択 入力: ベクトル: (vx, vy, vz) (1, 0, 0)
-polar 選択 入力: ベクトル[degree]: (phi, theta) (0, 0)
-polarz 選択 入力: 極座標のz軸: (zx, zy, zz) (0, 0, 1)
-polarx 選択 入力: 極座標のx軸: (xx, xy, xz) (1, 0, 0)
-ori 選択 入力: origin: (sx, sy, sz) (0, 3, 0)
-step 選択 入力: step: [A] 1.6
-n 選択 入力: アルファ炭素数 20
-ID 選択 入力: Chain ID A
-Res 選択 入力: Chain ID GLY
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

オプション必須項目のみの場合

Outdata-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.520000e+01 3.000000e+00 0.000000e+00

1.520000e+01

15.20 0.00 0.00


オプション -v

v=(1, 2, 3)で実行

Outdata-v-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

4.062400e+00 1.112470e+01 1.218715e+01

1.520002e+01

4.06 8.12 12.19


オプション -polar

polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行

Outdata-polar-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

9.308100e+00 8.374000e+00 1.074800e+01

1.520000e+01

9.31 5.37 10.75


オプション -polarz

polarz=(3, 2, 1), polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行

Outdata-polarz-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.377120e+01 9.259950e+00 -1.485850e+00

1.520002e+01

13.77 6.26 1.49


オプション -polarx

polarx=(1, 2, 3), polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行

Outdata-polarx-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-1.781550e+00 8.668600e+00 1.399045e+01

1.519999e+01

1.78 5.67 13.99


オプション -ori

ori=(7, 3, 5), v=(1, 2, 3)で実行

Outdata-ori-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.106240e+01 1.112470e+01 1.718715e+01

1.520002e+01

4.06 8.12 12.19


オプション -step

step=3.2, v=(1, 2, 3)で実行

Outdata-step-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

8.124700e+00 1.924945e+01 2.437420e+01

3.039995e+01

8.12 16.25 24.37


オプション -n

n=30, v=(1, 2, 3)で実行

Outdata-n-vector2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.200467e+00 1.540090e+01 1.860140e+01

2.320029e+01

6.20 12.40 18.60