Difference between revisions of "mrcImageSmoothing"

Revision as of 05:02, 31 July 2014

mrcImageSmoothing is Eos's Command that performs Nonlinear smoothing mrcImage.

List of option

Main option

Option	Essential/Optional	Description	Default
-i	Essential	Input名: mrcImage	NULL
-o	Optional	Output名: mrcImage	stdout(Standard output by default）
-sx	Optional	xのカーネルサイズ	3
-sy	Optional	yのカーネルサイズ	3
-sz	Optional	zのカーネルサイズ	3
-r	Optional	半径のカーネルサイズ	1
-sigma	Optional	Sigma (m=4で使用)	2.0
-times	Optional	Repeat time	1
-c	Optional	ConfigurationFile	NULL
-m	Optional	Mode	0
-M	Optional	Mode2を設定	0
-h	Optional	Help

-m details

Value	Description
1	Median filter
2	Mean filter
3	Surface Fit filter
4	Lee-Sigma filter

※Mode１はデフォルト＝０になっているが、Mode１の選択肢に
０は無いので、指定しなければエラーとなる。

-M details

Value	Description
0	矩形: -sx, -sy, [-sz]の入力が必要
1	球体(m=1のみ対応): -rの入力が必要

Execution example

-h によるヘルプの例

$ mrcImageSmoothing  -h
Usage: /home/people/tacyas/Eos/bin/X86LINUX64/mrcImageSmoothing
Options:
    [-i[nput]            In                  (NULL      )] :Essential :InputDataFile
    [-o[utput]           Out                 (NULL      )] :Essential :OutputDataFile
    [-sx                 sx                  (3         )] :Optional  :x of Kernel Size
    [-sy                 sy                  (3         )] :Optional  :y of Kernel Size
    [-sz                 sz                  (3         )] :Optional  :z of Kernel Size
    [-r                  r                   (1         )] :Optional  :Radius of Kernel Size
    [-sigma              sigma               (2.0       )] :Optional  :Sigma for Lee-Sigma
    [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode
    [-M[ode2]            mode2               (0         )] :Optional  :Mode
    [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
>>> Mode <<<< 
    1: Median filter
    2: Mean filter 
    3: Surface Fit filter
    4: Lee-Sigma filter
>>> Mode2 <<<< 
    0: Kernel is cube. : required argumnent: -sx, -sy, [-sz]
    1: Kernel is sphere.(Only mode 1 supported) : required argumnent: -r

------Input file's image------

Min

Max
Mean
SD

SE

-65.0178

94.4699
4.85274
20.4635

0.255794

------Mode１の1～3での処理画像------

Mode１:1
	Min Max Mean SD SE	-41.8721 65.9659 4.7617 14.3083 0.178854	Mode２:0を選択 -sx=9,-sy=9に変更　　－－－－－－＞	Min Max Mean SD SE	-54.6403 54.0815 4.773 13.5848 0.16981
			Mode２:1を選択 -r=5に変更　　－－－－－－＞	Min Max Mean SD SE	-54.6403 55.7056 4.73966 13.9823 0.174779
Mode１:2
	Min Max Mean SD SE	-41.8721 67.5276 4.82079 13.8056 0.17257	Mode２:0を選択 -sx=9,-sy=9に変更　　－－－－－－＞	Min Max Mean SD SE	-54.6403 54.0644 4.89358 13.5214 0.169018
Mode１:3
	Min Max Mean SD SE	-41.8721 83.4967 4.85411 17.5032 0.21879	Mode２:0を選択 -sx=9,-sy=9に変更　　－－－－－－＞	Min Max Mean SD SE	-54.6403 56.99 4.87303 14.4517 0.180646