Difference between revisions of "Main Page"

From EosPedia
Jump to: navigation, search
(→‎画像処理)
Line 55: Line 55:
 
* [[Eosのインストール|Eosのインストール方法]]
 
* [[Eosのインストール|Eosのインストール方法]]
  
−
=== Eosでのコマンドの取り扱い　===
+
=== How to use commands of Eos　===
 
Eosのコマンドの簡単な使い方を説明します。詳細は、[[コマンド|コマンドの詳細]]をご覧下さい。Eosでは、基本はCUIを使ったコマンドの実行により画像処理を進めます。その結果は、ファイルとして保存され、その内容を確認することが出来ます。
 
Eosのコマンドの簡単な使い方を説明します。詳細は、[[コマンド|コマンドの詳細]]をご覧下さい。Eosでは、基本はCUIを使ったコマンドの実行により画像処理を進めます。その結果は、ファイルとして保存され、その内容を確認することが出来ます。
  
−
* [[Eosのコマンド|Eosのコマンド]]
+
* [[Commands |Eos Commands]]
  
−
=== Eosでの画像の取り扱い　===
+
=== Image format in Eos　===
 
Eosで取り扱うことのできる画像フォーマットと一般的な画像フォーマットからの変換方法を示します。
 
Eosで取り扱うことのできる画像フォーマットと一般的な画像フォーマットからの変換方法を示します。
 
* [[画像フォーマット変換|画像フォーマットの変換]]
 
* [[画像フォーマット変換|画像フォーマットの変換]]
  
−
=== Eosを使った簡単な画像処理　===
+
=== Simple image processing using Eos　===
 
Eosを使った簡単な画像処理を実行してもらいます。
 
Eosを使った簡単な画像処理を実行してもらいます。
−
* [[簡単な画像処理|簡単な２次元画像処理]]
+
* [[Simple Image Processing|Simple Image Processing]]
  
−
=== CTF画像補正　===
+
=== CTF Correction ===
 
電子顕微鏡画像では、その撮影方法に由来して、コントラストが大きく変調を受けています。ここでは、その画像のコントラストの変調を補正する方法を示します。
 
電子顕微鏡画像では、その撮影方法に由来して、コントラストが大きく変調を受けています。ここでは、その画像のコントラストの変調を補正する方法を示します。
−
* [[CTF補正|CTFの補正]]
+
* [[CTF Correction|CTF Correction]]
  
−
=== 単粒子解析の基礎　===
+
=== Single particle analysis　===
 
　ここでは、単粒子解析の基礎を行います。実際の単粒子解析は、粒子の形やその対称性などを使って探索方法や3次元再構成法を切り替えることができます。
 
　ここでは、単粒子解析の基礎を行います。実際の単粒子解析は、粒子の形やその対称性などを使って探索方法や3次元再構成法を切り替えることができます。
  
Line 94: Line 94:
  
  
−
=== [[電子線トモグラフィー]] ===
+
=== [[Electron tomography]] ===
 
　電子線トモグラフィーとは、同一視野の連続傾斜像から、その視野の３次元画像を再構成する方法です。細胞内の構造や構造多型性をもつタンパク質の構造解析に有効な方法です。
 
　電子線トモグラフィーとは、同一視野の連続傾斜像から、その視野の３次元画像を再構成する方法です。細胞内の構造や構造多型性をもつタンパク質の構造解析に有効な方法です。
  
−
==== [[電子線トモグラフィー]]の概要 ====
+
==== [[Electron tomography]]の概要 ====
 
　電子線トモグラフィー法は、同一視野の傾斜シリーズ画像のセットから３次元像を再構成する方法です。ここではその概要を述べます。
 
　電子線トモグラフィー法は、同一視野の傾斜シリーズ画像のセットから３次元像を再構成する方法です。ここではその概要を述べます。
  
−
==== [[画像の補正]] ====
+
==== [[Image Correction]] ====
 
　傾斜画像では、視野全体がアンダーフォーカスとなるように、通常の電子顕微鏡撮影よりも大きなデフォカース値をとる場合が多いです。その場合、LaB6などの電子銃では第一トーンリングより外側の情報がほとんど無いために、CTF補正等は必要ありませんが、電界放出銃を利用した場合には、場合によっては間違った情報を与える場合があるので注意が必要です。
 
　傾斜画像では、視野全体がアンダーフォーカスとなるように、通常の電子顕微鏡撮影よりも大きなデフォカース値をとる場合が多いです。その場合、LaB6などの電子銃では第一トーンリングより外側の情報がほとんど無いために、CTF補正等は必要ありませんが、電界放出銃を利用した場合には、場合によっては間違った情報を与える場合があるので注意が必要です。
  
−
==== ラフ・アラインメント ====
+
==== Rough Alignment ====
 
　傾斜画像の中心付近の画像の相関から、それぞれの傾斜画像の大まかな位置を合わせます。
 
　傾斜画像の中心付近の画像の相関から、それぞれの傾斜画像の大まかな位置を合わせます。
  
−
==== アラインメント ====
+
==== Alignment ====
 
　傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させます。
 
　傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させます。
  
−
==== ３次元再構成 ====
+
==== 3D reconstruction  ====
 
　２次元画像のセットから３次元画像を再構成します。
 
　２次元画像のセットから３次元画像を再構成します。
  
−
==== 画像のもつ問題点 ====
+
==== Problems of 3D reconstruction ====
 
　全方位からの投影像を得られないために、ミッシングエリアとよばれる情報がない領域があります。そのため、方向依存でのボケを生じます。
 
　全方位からの投影像を得られないために、ミッシングエリアとよばれる情報がない領域があります。そのため、方向依存でのボケを生じます。
  
−
==== 画像の解釈 ====
+
==== Interpretation of 3D reconstruction ====
 
　また、多様な構造を含むため、３次元画像から興味あるセグメントを切り出すなどの作業が必要です。そのための支援ソフトウェアが必要です。
 
　また、多様な構造を含むため、３次元画像から興味あるセグメントを切り出すなどの作業が必要です。そのための支援ソフトウェアが必要です。
  
−
===備考 ===
+
=== Notes ===
−
　上記のチュートリアル・ページは、2012/09/10-11 単粒子解析Workshopでの資料を元に作成したものです。
+
　This tutorial pages were created with refer to the documents used single particle workshop on 2012/09/10-11.
−
今後もこのサイトを充実させ、ワークショップ等で利用していきたいと考えています。
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
  
  
 
== '''Developers' Guide of Eos''' ==
 
== '''Developers' Guide of Eos''' ==
−
=== [[For Eos System Developers]] ===
 
 
=== [[Eos System Architecture]] ===
 
=== [[Eos System Architecture]] ===
 +
 +
=== [[For Eos System Developers]] ===
 +
 
=== [[Eos System Commands]] ===
 
=== [[Eos System Commands]] ===
−
== Eosにおける開発（開発者向け） ==
 
−
=== [[Eosの構造|Eosの構造]] ===
 
−
　Eosの構造(Architecture）について述べます。
 
  
 
=== [[Eosの開発|Eosの開発]]===
 
=== [[Eosの開発|Eosの開発]]===
Line 150: Line 145:
 
　Eosの上での[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の一覧です。
 
　Eosの上での[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の一覧です。
  
−
=== [[機能別ライブラリ(API)一覧]]===
+
=== [[Functional oder of API]]===
 
　Eosの上での機能別に分類された[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の一覧です。
 
　Eosの上での機能別に分類された[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の一覧です。
  
−
=== [[統合コマンドの作り方]]===
+
=== [[How to create integration commands]]===
−
　統合コマンドの作り方を示します。
+
  
−
==== [[Makefileによる統合]] ====
+
==== [[Integration by Makefile]] ====
 
　[[Makefile]]を用いた統合方法について示します。[[Visualmake]]は自動的に簡易型のGUIを提供します。
 
　[[Makefile]]を用いた統合方法について示します。[[Visualmake]]は自動的に簡易型のGUIを提供します。
  
−
==== [[PIONEによる統合]]  ====
+
==== [[Integration by PIONE]]  ====
 
　分散環境（クラウド環境）に対応したプロセス定義書[[PIONE]]を用いた統合方法について示します。
 
　分散環境（クラウド環境）に対応したプロセス定義書[[PIONE]]を用いた統合方法について示します。
  
−
==== [[bashによる統合]] ====
+
==== [[Integration by bash]] ====
−
　bashなどのスクリプト言語による統合方法について示します。
+
bash etc.
  
−
==== [[統合コマンドによる統合]] ====
+
==== [[Integration by integration commands]] ====
−
　[[Display2]], [[smolet]], [[Eos]]などのTcl/Tk型の統合コマンドによる統合, [[ctfDisplay]]等のRuby型の統合コマンドによる統合，[[molvie]]などのＣ言語型の統合コマンドによる統合、などの各種方法について示します。
+
We here describe how to integrate commands by [[Display2]], [[smolet]], [[Eos]] etc. programed with Tcl/Tk, [[ctfDisplay]] etc. programed with Ruby/Tk，[[molvie]] etc. programmed by C-language.
  
 
== [[Image Processing]] and [[Image Analysis]] ==
 
== [[Image Processing]] and [[Image Analysis]] ==
Line 180: Line 174:
  
 
==== [[Alignment of a series of images]] ====
 
==== [[Alignment of a series of images]] ====
 +
  
 
== [[Electron Microscopy]] ==
 
== [[Electron Microscopy]] ==

Revision as of 22:12, 28 May 2013

Contents

Welcome to Eospedia

We started the new manual site of Eos for only few people at 05 Nov. 2010. We would like to summarize knowledges about Eos.

Old Eos pages are here.

Now this Eospedia is under construction. Eospedia.ja has also opend here. Japanese version of Eospedia has more information than this Eospedia in English.

Beginner's Guid

What is Eos ?

We here describe what is Eos.

=== How to use Eos Commands We here describe commands of Eos by CUI.

===How to use Eos by Makefile We here describe how to integrate commands using make

List of command

We here show all of commands Eos supplies.

===[[Functional Order of Commands]Functional order of Eos command list] We here show functional order of Eos commands.

Installation

Download

1. tarball [1] 2. git from SourceFoge [2] 3. (PIONE) github or gem 3.1 gem (ruby) 

$ gem install pione

3.2 git from github 

$ git clone https://github.com/pione/pione.git

How to install Eos

We here describe how to install Eos.

Installation of PIONE

We here describe how to install a new process flow control system, PIONE. PIONE has been developed on "github".

Eos reference

[Integration Commands|Integration commands supplied by Eos]]

We here describe integration commands supplied by Eos, one of the support Eos supplies.

Integration comannd : PIONE

We here describe PIONE.

Eos tutorial　

How to set Eos environment　

最初にEosのインストール方法を簡単に説明します。詳細は、Eosのインストール方法の詳細をご覧下さい。

How to use commands of Eos　

Eosのコマンドの簡単な使い方を説明します。詳細は、コマンドの詳細をご覧下さい。Eosでは、基本はCUIを使ったコマンドの実行により画像処理を進めます。その結果は、ファイルとして保存され、その内容を確認することが出来ます。

Image format in Eos　

Eosで取り扱うことのできる画像フォーマットと一般的な画像フォーマットからの変換方法を示します。

Simple image processing using Eos　

Eosを使った簡単な画像処理を実行してもらいます。

CTF Correction

電子顕微鏡画像では、その撮影方法に由来して、コントラストが大きく変調を受けています。ここでは、その画像のコントラストの変調を補正する方法を示します。

Single particle analysis　

　ここでは、単粒子解析の基礎を行います。実際の単粒子解析は、粒子の形やその対称性などを使って探索方法や3次元再構成法を切り替えることができます。

単粒子解析の概要

　単粒子解析の概要を示します。

粒子の抽出

　まず、単粒子を抽出します。ここでは、手動で切り出す方法を示します。自動で切り出す方法も各種提案されています。

２次元画像の分類

　２次元画像を分類して、ＳＮ比を上げます。

参照像があるときの投影角の決定方法

　参照像があるときの投影角の決定方法を説明します。参照像としては、単なる球や楕円体などとすることもあり得ます。参照像がない場合の構造解析法も別途存在しています。

３次元再構成・逆投影法

　3次元再構成自身を解説します。

可視化ツール

　できあがった三次元像を可視化するためのツールを紹介します。


Electron tomography

　電子線トモグラフィーとは、同一視野の連続傾斜像から、その視野の３次元画像を再構成する方法です。細胞内の構造や構造多型性をもつタンパク質の構造解析に有効な方法です。

Electron tomographyの概要

　電子線トモグラフィー法は、同一視野の傾斜シリーズ画像のセットから３次元像を再構成する方法です。ここではその概要を述べます。

Image Correction

　傾斜画像では、視野全体がアンダーフォーカスとなるように、通常の電子顕微鏡撮影よりも大きなデフォカース値をとる場合が多いです。その場合、LaB6などの電子銃では第一トーンリングより外側の情報がほとんど無いために、CTF補正等は必要ありませんが、電界放出銃を利用した場合には、場合によっては間違った情報を与える場合があるので注意が必要です。

Rough Alignment

　傾斜画像の中心付近の画像の相関から、それぞれの傾斜画像の大まかな位置を合わせます。

Alignment

　傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させます。

3D reconstruction

　２次元画像のセットから３次元画像を再構成します。

Problems of 3D reconstruction

　全方位からの投影像を得られないために、ミッシングエリアとよばれる情報がない領域があります。そのため、方向依存でのボケを生じます。

Interpretation of 3D reconstruction

　また、多様な構造を含むため、３次元画像から興味あるセグメントを切り出すなどの作業が必要です。そのための支援ソフトウェアが必要です。

Notes

　This tutorial pages were created with refer to the documents used single particle workshop on 2012/09/10-11.


Developers' Guide of Eos

Eos System Architecture

For Eos System Developers

Eos System Commands

Eosの開発

　SourceForgeからクローンを作成し、localで新規ツールなどを開発した後、SourceForgeに登録するまでの流れを示します。

ツールの開発

ツールの作り方

　Eosの上でのSmall Tools(コマンド群)の作り方について述べます。

簡単なプログラム例

　Eosの上でのSmall Tools(コマンド群)の簡単なプログラム例について述べます。

ライブラリ（API）の作り方

　Eosの上でのオブジェクト指向型ライブラリ（API）の作り方について述べます。

ライブラリ(API)一覧

　Eosの上でのオブジェクト指向型ライブラリ（API）の一覧です。

Functional oder of API

　Eosの上での機能別に分類されたオブジェクト指向型ライブラリ（API）の一覧です。

How to create integration commands

Integration by Makefile

　Makefileを用いた統合方法について示します。Visualmakeは自動的に簡易型のGUIを提供します。

Integration by PIONE

　分散環境（クラウド環境）に対応したプロセス定義書PIONEを用いた統合方法について示します。

Integration by bash

bash etc.

Integration by integration commands

We here describe how to integrate commands by Display2, smolet, Eos etc. programed with Tcl/Tk, ctfDisplay etc. programed with Ruby/Tk，molvie etc. programmed by C-language.

Image Processing and Image Analysis

General Image Processing

EM Image Processing

Montage

CTF Collection

Alignment of 3D objects

Alignment of a series of images

Electron Microscopy

We here describe electron microscopy.

Electron source

We here describe an electron source of electron microscope, a gun.

Lens

We here explain the mechanism of lens and optics, especially TEM (Transmission Electron Microscopy).

Contrast of TEM

We here explain what is contrast of TEM.

Contrast of SEM

We here explain what is contrast of SEM.

Contrast of STEM

We here explain what is contrast of STEM.

Electron cryo-microscopy

We here explain what is electron cryo-microscopy

FAQ of electron microscopy

We here answer the FAQ.

TIPS of electron microscopy

We here collect EM TIPS.

Eosの今後の発展（ロードマップ）について

　Eosの今後の開発方針(ロードマップ)について述べます。


FAQ and TIPS

FAQ

We here plan to collenct FAQ(Frequenty asked question).

Eos TIPS

We here plan to collect TIPS in using Eos and processing/analyzing/intepreting images.

Eos around TIPS

We here plan to collect useful TIPs around Eos. If you have some comments, please send me.

Why we have been developing Eos/PIONE ?

Comparing the date when Eos was born, 1996, many types of software for electron micrographs have been developed and used for more users and biologist. Nonetheless, we also ask ourselves the reason why we have been developing and maintenance Eos. We will note Why Eos by Yasunaga.

Eos User Group

We plan to create Eos User Group and discuss the current and the future of Eos on the sourceforge or facebook. Please access them.

About a symbol mark of Eos

Now we plan to make a symbol mark of Eos. If you have some ideas about Eos symbol, please send us yours.

If you want to know how to use mediawiki, please refer to User's Guid

External link

How to use mediawiki

Retrieved from "http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/index.php?title=Main_Page&oldid=48"