画像フォーマット変換

提供: Eospedia
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電子顕微鏡で撮影したデータは、それぞれ異なります。Eosの中では、MRC型のフォーマットを採用して変換するために、MRC型のフォーマットに変換する必要があります。

Eosにおけるファイル変換

1.TIFからMRCの変換(グレースケール):tiff2mrc

課題:提供したファイルexample-001.tifのフォーマットをMRC型に変換してみましょう。

この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。 出力はファイルはexample-001.mrcという名前にしてみましょう。

$ tiff2mrc -i example-001.tif -o example-001.mrc -R 1.25 

2.MRCからTIFへの変換(グレースケール):mrc2tiff

課題:提供したファイルのフォーマットをTIFF形式に変換してみましょう。

一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。 example-001-8bit.tifという名前にして、8ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。

$ mrc2tiff -i example-001.mrc -o example-001-8bit.tif

3.その他のツール

EosにおけるMRCファイルフォーマット

注意:同じMRC型のフォーマットでも、少しずつ違います。注意しましょう。

  1. Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventionsレポート

一般的な注意

Eosの場合には、下記の点に注意しましょう。

  1. Lengthの取り扱いが、通常、Voxel辺りのサンプリング間隔になっています。他のフォーマットと異なっていますので、ご注意下さい。
  2. CCP4−2000(MRC2000)に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。
  3. コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、mrcInfoで確認した後、mrcInfoSetで設定して下さい。

Chimeraに対応させたいとき

A, B, G: 90 90 90 C, R, S: 1 2 3 これ以外は、Eosのフォーマットとほぼ対応している。

AVIZOに対応させたいとき

拡張子を .rec としておき、Voxel Size1をAVIZO側で決める。

MRC以外にEosが対応しているファイルフォーマット

DM3/DM4

参考になるのは、 http://www.er-c.org/cbb/info/dmformat/ のサイトです。この内容をDMフォーマットにまとめておきます。