2D classificationジョブのSTARファイル

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2D classificationジョブでは、各イテレーションごとに4種類のSTARファイルが生成されます。run_it<イテレーション番号> をルート名として、_data.star、_model.star、_optimiser.star、_sampling.star と名前が付いています。

_data.star


data_

loop_ 
_rlnCoordinateX #1 
_rlnCoordinateY #2 
_rlnAutopickFigureOfMerit #3 
_rlnClassNumber #4 
_rlnAnglePsi #5 
_rlnImageName #6 
_rlnMicrographName #7 
_rlnMagnification #8 
_rlnDetectorPixelSize #9 
_rlnCtfMaxResolution #10 
_rlnCtfFigureOfMerit #11 
_rlnVoltage #12 
_rlnDefocusU #13 
_rlnDefocusV #14 
_rlnDefocusAngle #15 
_rlnSphericalAberration #16 
_rlnCtfBfactor #17 
_rlnCtfScalefactor #18 
_rlnPhaseShift #19 
_rlnAmplitudeContrast #20 
_rlnOriginX #21 
_rlnOriginY #22 
_rlnGroupNumber #23 
_rlnAngleRot #24 
_rlnAngleTilt #25 
_rlnNormCorrection #26 
_rlnLogLikeliContribution #27 
_rlnMaxValueProbDistribution #28 
_rlnNrOfSignificantSamples #29 
 3555.794139   406.376473     0.662536           35   125.449124 000001@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000     3.540000     4.632000     0.103875   200.000000 10407.339844 10826.280273     2.460000     1.400000     0.000000     1.000000     0.000000     0.100000     1.302067     -0.69793            1     0.000000     0.000000     2.004590  5253.829275     0.516257            3 
 3600.947080   485.394120     0.193001           35    -93.92588 000002@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000     3.540000     4.632000     0.103875   200.000000 10407.339844 10826.280273     2.460000     1.400000     0.000000     1.000000     0.000000     0.100000     1.302067     3.302067            1     0.000000     0.000000     1.507015  5225.000115     0.919596            3 
(以下略)


新しく現れたパラメータや特記事項があるパラメータについて以下にまとめます。

_data.star
ラベル名 説明
_rlnCoordinateX, _rlnCoordinateY 単粒子切り出し元画像内での座標[pixel]。2D classificationではアラインメントを行うが、この値は変化しない。この座標からの単粒子の中心位置ずれは_rlnOriginX, _rlnOriginYで表現される。
_rlnClassNumber 所属確率がもっとも高いクラスの番号。2D classificationの結果割り当てられる。
_rlnAnglePsi 3番目のオイラー角Ψ(面内回転) [度]の値。2D classificationにより推定される。
_rlnOriginX, _rlnOriginY 単粒子画像の回転中心の座標[pixel]。単粒子切り出し時には(0, 0) (+ 何らかの誤差)だが、2D classificationのアラインメントにより(0, 0)以外の値になっている。
_rlnGroupNumber 切り出し元の画像でグループ分けされている。n枚目の画像から切り出されたならばnが割り当てられている。
_rlnAngleRot, _rlnAngleTilt それぞれ1番目(rot)と2番目(tilt)のオイラー角[度]。3Dでの推定をまだ実行していない場合は、0, 0になっている。
_rlnNormCorrection 正規化補正値
_rlnLogLikeliContribution その単粒子の対数尤度関数に対する貢献量
_rlnMaxValueProbDistribution その単粒子の確率質量関数の最大値
_rlnNrOfSignificantSamples Number of orientational/class assignments (for a particle) with sign.probabilities in the 1st pass of adaptive oversampling (所属クラスの割り当てが変更された回数に関係する量?)

_model.star

データブロックが大きく分けて5種類ある。

data_model_general

data_model_general

_rlnReferenceDimensionality                        2
_rlnDataDimensionality                             2
_rlnOriginalImageSize                             64
_rlnCurrentResolution                      18.880000
_rlnCurrentImageSize                              44
_rlnPaddingFactor                           2.000000
_rlnIsHelix                                        0
_rlnFourierSpaceInterpolator                       1
_rlnMinRadiusNnInterpolation                      10
_rlnPixelSize                               3.540000
_rlnNrClasses                                     50
_rlnNrBodies                                       1
_rlnNrGroups                                       5
_rlnTau2FudgeFactor                         2.000000
_rlnNormCorrectionAverage                   0.767096
_rlnSigmaOffsets                        7.610923e+07
_rlnOrientationalPriorMode                         0
_rlnSigmaPriorRotAngle                      0.000000
_rlnSigmaPriorTiltAngle                     0.000000
_rlnSigmaPriorPsiAngle                      0.000000
_rlnLogLikelihood                       7.989805e+06
_rlnAveragePmax                             0.801794

_rlnLogLikelihoodは適当なスケール感がよくわからないが(Logで評価してもまだこの値なのだとするとLogの中身の大きさがおかしなことになっている気はする)、_rlnSigmaOffsetsは明らかにおかしな値を取っている?

_data.star/data_model_general
ラベル名 説明
_rlnReferenceDimensionality 参照像が2Dか3Dか。
_rlnDataDimensionality データが2Dか3Dか。
_rlnOriginalImageSize クラス分類に用いられた画像の元サイズ [pixel]
_rlnCurrentResolution MAP推定されたSSNR(Spectral Signal to Noise Ratio; 空間周波数の関数としてのS/N比)が初めて1を下回る分解能 [Å]
_rlnCurrentImageSize 現在のイテレーションにおける画像のサイズ [pixel]
_rlnPaddingFactor Oversampling factor for Fourier transforms of the references (参照像をフーリエ変換する前に、画像サイズが元の画像サイズのこの値倍となるようパディングした上でフーリエ変換することで、フーリエ空間をオーバーサンプリングするということだと思います)
_rlnIsHelix 螺旋型の繊維状蛋白質複合体が対象か否か
_rlnFourierSpaceInterpolator フーリエ空間の補間に使用するカーネルの種類 (0 = 最近傍法、1 = 線形補間法)
_rlnMinRadiusNnInterpolation Minimum radius for NN-interpolation (in Fourier pixels), for smaller radii linear int. is used (最近傍補間なのに半径とは...?)
_rlnPixelSize 現在のイテレーションにおける画像のピクセルサイズ [Å/pixel]
_rlnNrClasses 全クラス数
_rlnNrBodies マルチボディリファインメントにおける独立な剛体の数
_rlnNrGroups 全グループ数
_rlnTau2FudgeFactor 正則化パラメータTのこと。RELIONの最適化計算において参照像のパワースペクトルがこの値倍される。
_rlnNormCorrectionAverage 全単粒子の正規化補正値(_rlnNormCorrection)の平均値
_rlnSigmaOffsets Standard deviation in the origin offsets (in Angstroms) (各単粒子のsqrt(_rlnOriginX**2 + _rlnOriginY**2)の標準偏差ではないかと思います。)
_rlnOrientationalPriorMode オリエンテーション(オイラー角)パラメータの事前分布の種類。0 = 事前分布無し、1 = (rot, tilt, psi)全部に対し事前分布あり、2 = (rot, tilt)のみ、3 = rotのみ、4 = tiltのみ、5 = psiのみ。
_rlnSigmaPriorRotAngle psi(3番目のオイラー角)の事前分布の標準偏差 [度]
_rlnSigmaPriorTiltAngle tilt(2番目のオイラー角)の事前分布の標準偏差 [度]
_rlnSigmaPriorPsiAngle rot(1番目のオイラー角)の事前分布の標準偏差 [度]
_rlnLogLikelihood 対数尤度関数の値
_rlnAveragePmax 各単粒子の確率分布の最大値の、全単粒子に渡る平均値

data_model_classes

data_model_classes

loop_ 
_rlnReferenceImage #1 
_rlnClassDistribution #2 
_rlnAccuracyRotations #3 
_rlnAccuracyTranslations #4 
_rlnEstimatedResolution #5 
_rlnOverallFourierCompleteness #6 
_rlnClassPriorOffsetX #7 
_rlnClassPriorOffsetY #8 
000001@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001263   999.000000   999.000000    45.312000     0.837927     -0.00277     0.001014 
000002@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001893   999.000000   999.000000    25.173333     0.903520     -0.00132     -0.00132 
000003@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001262   999.000000   999.000000          inf     0.000000 -1.55170e-04     0.002272 
000004@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.176713     4.200000     0.990000    18.880000     1.000000     -0.18862     0.030962 
000005@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.006312   999.000000   999.000000    20.596364     0.997405     -0.00172     -0.00187 
000006@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.005679   999.000000   999.000000    25.173333     0.999509     0.001226     0.009499 
000007@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.008204   999.000000   999.000000    20.596364     0.999941     -0.01909     -0.00824 
000008@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.009268   999.000000   999.000000    20.596364     1.000000     0.016227     0.013045 
000009@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001893   999.000000   999.000000    25.173333     0.946921 -5.88182e-05     -0.00597 
000010@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.008204   999.000000   999.000000    18.880000     0.999687     -0.00510     0.014447 
000011@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001894   999.000000   999.000000    22.656000     0.964738     -0.00700 -6.90429e-04 
000012@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs 6.312204e-04   999.000000   999.000000    37.760000     0.715045     -0.00107     0.001453 
000013@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001894   999.000000   999.000000    25.173333     0.972685     -0.00448     0.010672 
000014@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.044337     3.600000     0.920000    18.880000     0.999995     -0.04375 4.117778e-04 
000015@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001262   999.000000   999.000000    25.173333     0.682552 -8.81100e-04 -8.81100e-04 
000016@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.066754     4.600000     1.120000    20.596364     1.000000     -0.08779     -0.04739 
000017@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001262   999.000000   999.000000    32.365714     0.873057     -0.00467     -0.00277 
000018@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.008718   999.000000   999.000000    20.596364     1.000000     -0.00344     -0.00599 
000019@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.005049   999.000000   999.000000    22.656000     0.979285     0.004031     -0.00936 
000020@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.003787   999.000000   999.000000    25.173333     0.954192 5.072791e-04 -1.35846e-04 
000021@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001894   999.000000   999.000000          inf     0.000000     -0.00574     0.001203 
000022@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.002525   999.000000   999.000000    22.656000     0.841171     -0.00113 1.315801e-04 
000023@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.002525   999.000000   999.000000    20.596364     0.950705     -0.00555     -0.00366 
000024@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.008205   999.000000   999.000000    20.596364     1.000000     -0.00698     0.006907 
000025@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.005886   999.000000   999.000000    22.656000     0.987004     -0.00176     0.014236 
000026@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001894   999.000000   999.000000    28.320000     0.812544 -6.90438e-04     0.002468 
000027@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.002563   999.000000   999.000000          inf     0.000000     -0.26518 -5.42214e+06 
000028@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.003787   999.000000   999.000000    22.656000     0.992796     -0.00580     -0.00761 
000029@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.008204   999.000000   999.000000    22.656000     0.996776     -0.00380     0.006930 
000030@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.004418   999.000000   999.000000    18.880000     0.992158     -0.00750     -0.01445 
000031@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.141641     3.600000     0.910000    18.880000     1.000000     -0.15440     -0.02175 
000032@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001262   999.000000   999.000000    32.365714     0.824708     -0.00404     -0.00341 
000033@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.005677   999.000000   999.000000    22.656000     0.999650     -0.00521     0.007474 
000034@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.003787   999.000000   999.000000    22.656000     0.990255     -0.00345     0.003036 
000035@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.017606     3.300000     0.780000    20.596364     0.999941     0.013362     0.019218 
000036@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001894   999.000000   999.000000    25.173333     0.946325     -0.00511     0.004359 
000037@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.068714     3.700000     0.800000    18.880000     1.000000     -0.05880     -0.03796 
000038@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.010116     3.200000     0.940000    22.656000     1.000000     -0.03026     -0.00118 
000039@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs 6.312204e-04   999.000000   999.000000    20.596364     0.793902     -0.01054     -0.00107 
000040@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.002525   999.000000   999.000000    20.596364     0.978380     0.002025     0.002656 
000041@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.063898     3.600000     0.780000    18.880000     1.000000     -0.04911     -0.04688 
000042@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.004418   999.000000   999.000000    22.656000     0.999921     -0.00372     -0.01886 
000043@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.007906   999.000000   999.000000    22.656000     0.996626     0.001697     0.001370 
000044@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.010727     3.100000     0.850000    20.596364     1.000000     -0.01353     0.003779 
000045@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.015034     3.100000     0.900000    20.596364     1.000000     -0.03451     -0.03108 
000046@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.002525   999.000000   999.000000    28.320000     0.951131     -0.00366     -0.00870 
000047@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.003787   999.000000   999.000000          inf     0.000000     0.023268     -0.00391 
000048@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.127775     4.600000     0.920000    18.880000     1.000000     -0.11470     -0.02822 
000049@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.110004     4.100000     0.840000    18.880000     1.000000     -0.12282     -0.02916 
000050@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs     0.001893   999.000000   999.000000    32.365714     0.923481     0.003096     0.007515 

ClassDistributionが小さい(属する単粒子数が少ない)クラスはAccuraryRotation, AccuracyTranslationsがカンストし、分解能が悪かったり無限大に発散したりする傾向がある。data_model_generalにおいてSigmaOffsetsが異様に大きかったのは、こうしたクラスに属する変な単粒子の情報が加味されたためだろうか?

_model.star/data_model_classes
ラベル名 説明
_rlnReferenceImage そのクラスの参照像のファイル名
_rlnClassDistribution クラスの確率密度関数の値。すなわち、全単粒子のうちそのクラスに割り当てられた単粒子の割合。
_rlnAccuracyRotations アラインメントにおける回転角度[度]の精度の推定値。
_rlnAccuracyTranslations アラインメントにおける並進移動[pixel]の精度の推定値。
_rlnEstimatedResolution 参照像の分解能[Å]の推定値。
_rlnOverallFourierCompleteness Fraction of all Fourier components up to the current resolution with SNR>1 (フーリエ空間中で、rlnCurrentResolution(もしくは各参照像のrlnEstimatedResolution?)を半径とする球体内で、SNR > 1 である逆空間ピクセルの割合(だと思う。))
_rlnClassPriorOffsetX そのクラスのx方向の位置ずれ量の事前情報 [pixel]
_rlnClassPriorOffsetY そのクラスのy方向の位置ずれ量の事前情報 [pixel]

data_model_class_n

各クラスのモデル情報について記録されている。クラス数分だけデータレコードがある。以下は4番目のクラスのデータブロックである。

data_model_class_4

loop_ 
_rlnSpectralIndex #1 
_rlnResolution #2 
_rlnAngstromResolution #3 
_rlnSsnrMap #4 
_rlnGoldStandardFsc #5 
_rlnFourierCompleteness #6 
_rlnReferenceSigma2 #7 
_rlnReferenceTau2 #8 
_rlnSpectralOrientabilityContribution #9 
           0     0.000000   999.000000  2061.887676     0.000000     1.000000 5.310265e-05     0.054746     0.000000 
           1     0.004414   226.560000   848.249774     0.000000     1.000000 1.074431e-04     0.045569     0.001145 
           2     0.008828   113.280000   698.376957     0.000000     1.000000 4.161313e-05     0.014531     0.008103 
           3     0.013242    75.520000   199.428498     0.000000     1.000000 1.710459e-05     0.001706     0.019956 
           4     0.017655    56.640000   218.082959     0.000000     1.000000 6.586519e-06 7.182037e-04     0.041008 
           5     0.022069    45.312000   130.525400     0.000000     1.000000 3.562268e-06 2.324832e-04     0.066193 
           6     0.026483    37.760000   142.491926     0.000000     1.000000 2.240318e-06 1.596136e-04     0.131955 
           7     0.030897    32.365714    97.979618     0.000000     1.000000 1.387952e-06 6.799549e-05     0.100030 
           8     0.035311    28.320000    81.849923     0.000000     1.000000 9.665892e-07 3.955762e-05     0.109480 
           9     0.039725    25.173333    52.279005     0.000000     1.000000 7.263492e-07 1.898641e-05     0.180977 
          10     0.044138    22.656000    33.470844     0.000000     1.000000 6.328099e-07 1.059034e-05     0.163287 
          11     0.048552    20.596364    20.087264     0.000000     1.000000 6.082331e-07 6.108869e-06     0.131968 
          12     0.052966    18.880000     5.388423     0.000000     1.000000 8.383090e-07 2.258582e-06     0.041300 
          13     0.057380    17.427692     0.225242     0.000000     0.000000 2.306259e-06 2.597328e-07     0.003087 
          14     0.061794    16.182857     0.016205     0.000000     0.000000 4.414759e-06 3.577015e-08 1.886409e-04 
          15     0.066208    15.104000     0.030416     0.000000     0.000000 9.443061e-07 1.436098e-08 3.858130e-04 
          16     0.070621    14.160000     0.040903     0.000000     0.000000 4.553721e-07 9.313123e-09 4.809683e-04 
          17     0.075035    13.327059     0.020378     0.000000     0.000000 3.821318e-07 3.893633e-09 2.770760e-04 
          18     0.079449    12.586667     0.007851     0.000000     0.000000 4.913840e-07 1.929020e-09 1.002847e-04 
          19     0.083863    11.924211     0.001764     0.000000     0.000000 1.206757e-06 1.064516e-09 2.469405e-05 
          20     0.088277    11.328000 8.758660e-04     0.000000     0.000000 1.488810e-06 6.519992e-10 1.490070e-05 
          21     0.092691    10.788571     0.001804     0.000000     0.000000 4.867789e-07 4.391751e-10 3.090553e-05 
          22     0.097105    10.298182     0.001571     0.000000     0.000000 4.630740e-07 3.636500e-10 9.240917e-06 
          23     0.101518     9.850435     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          24     0.105932     9.440000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          25     0.110346     9.062400     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          26     0.114760     8.713846     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          27     0.119174     8.391111     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          28     0.123588     8.091429     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          29     0.128001     7.812414     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          30     0.132415     7.552000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          31     0.136829     7.308387     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
          32     0.141243     7.080000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000     0.000000 
 
_model.star/data_model_classes_n
ラベル名 説明
_rlnSpectralIndex スペクトルインデックス(フーリエ空間の原点からの距離をフーリエ空間中のピクセル単位で表したもの)。以下の各パラメータは、このスペクトルインデックスにおける各パラメータの値である。
_rlnResolution 空間周波数としての分解能 [1/Å]
_rlnAngstromResolution 空間波長としての分解能[Å]
_rlnSsnrMap MAP推定されたSSNR
_rlnGoldStandardFsc 3Dリファインメントなどでgold-standard法によりFSC(Fourier Shell Correlation)が計算された場合はここに値が入る。
_rlnFourierCompleteness その分解能シェル(_rlnResolutionを半径とする球面?もしくはそれに少し幅を持たせたもの?)でSSNR > 1 となっているピクセルの割合
_rlnReferenceSigma2 参照像のノイズ領域の推定パワースペクトルの球面平均 (_rlnResolutionを半径とする球面上での平均)
_rlnReferenceTau2 参照像のシグナル領域の推定パワースペクトル の球面平均 (_rlnResolutionを半径とする球面上での平均)
_rlnSpectralOrientabilityContribution Spectral SNR contribution to the orientability of individual particles (????)

data_model_groups


data_model_groups

loop_ 
_rlnGroupNumber #1 
_rlnGroupName #2 
_rlnGroupNrParticles #3 
_rlnGroupScaleCorrection #4 
           1 Movies/20170629_00021_frameImage.mrc          348     0.989576 
           2 Movies/20170629_00022_frameImage.mrc          322     1.006113 
           3 Movies/20170629_00023_frameImage.mrc          315     0.996019 
           4 Movies/20170629_00024_frameImage.mrc          279     0.999816 
           5 Movies/20170629_00025_frameImage.mrc          321     1.009236 
 
_model.star/data_model_groups
ラベル名 説明
_rlnGroupNumber グループ番号 (今回は切り出し元画像に基づきグループわけされている)
_rlnGroupName グループ名 (今回は切り出し元画像のファイル名)
_rlnGroupNrParticles グループに含まれる画像から切り出された単粒子の数
_rlnGroupScaleCorrection Intensity-scale correction for a group of images (????)

data_model_group_n

各グループごとにデータブロックが存在する。以下はグループ1のデータブロックの例。


data_model_group_1

loop_ 
_rlnSpectralIndex #1 
_rlnResolution #2 
_rlnSigma2Noise #3 
           0     0.000000 6.699176e-04 
           1     0.004414 5.044234e-04 
           2     0.008828 3.852414e-04 
           3     0.013242 2.962146e-04 
           4     0.017655 2.536162e-04 
           5     0.022069 2.571982e-04 
           6     0.026483 2.749977e-04 
           7     0.030897 2.489669e-04 
           8     0.035311 2.283906e-04 
           9     0.039725 2.044940e-04 
          10     0.044138 1.694933e-04 
          11     0.048552 1.281033e-04 
          12     0.052966 9.658166e-05 
          13     0.057380 7.243675e-05 
          14     0.061794 6.748875e-05 
          15     0.066208 7.883464e-05 
          16     0.070621 9.554841e-05 
          17     0.075035 9.866697e-05 
          18     0.079449 7.982541e-05 
          19     0.083863 6.505653e-05 
          20     0.088277 6.598636e-05 
          21     0.092691 7.684159e-05 
          22     0.097105 7.732326e-05 
          23     0.101518 6.778179e-05 
          24     0.105932 6.208213e-05 
          25     0.110346 6.746794e-05 
          26     0.114760 6.921340e-05 
          27     0.119174 6.147887e-05 
          28     0.123588 6.069812e-05 
          29     0.128001 6.416122e-05 
          30     0.132415 6.190670e-05 
          31     0.136829 5.747373e-05 
          32     0.141243 5.758882e-05 
 
_model.star/data_model_group_n
ラベル名 説明
_rlnSpectralIndex スペクトルインデックス(フーリエ空間の原点からの距離をフーリエ空間中のピクセル単位で表したもの)。以下の各パラメータは、このスペクトルインデックスにおける各パラメータの値である。
_rlnResolution 空間周波数としての分解能 [1/Å]
_rlnSigma2Noise Spherical average of the standard deviation in the noise (sigma) (_rlnResolutionを半径とするフーリエ空間中の球面上における、このグループに含まれる単粒子のノイズ成分のフーリエ変換の(パワースペクトルの?)標準偏差の平均?)

_optimiser.star

最適化計算のパラメータが記述されたファイルになります。

# RELION optimiser; version 3.0.5
# --o Class2D/job016/run --i Extract/job012/particles.star --dont_combine_weights_via_disc --preread_images --pool 30 --pad 2 --ctf --iter 25 --tau2_fudge 2 --particle_diameter 200 --K 50 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling 1 --psi_step 12 --offset_range 5 --offset_step 2 --norm --scale --j 3 --gpu 0:1:2:3 

data_optimiser_general

_rlnOutputRootName                                    Class2D/job016/run
_rlnModelStarFile                                     Class2D/job016/run_it025_model.star
_rlnExperimentalDataStarFile                          Class2D/job016/run_it025_data.star
_rlnOrientSamplingStarFile                            Class2D/job016/run_it025_sampling.star
_rlnCurrentIteration                                            25
_rlnNumberOfIterations                                          25
_rlnDoSplitRandomHalves                                          0
_rlnJoinHalvesUntilThisResolution                         -1.00000
_rlnAdaptiveOversampleOrder                                      1
_rlnAdaptiveOversampleFraction                            0.999000
_rlnRandomSeed                                          1558432768
_rlnParticleDiameter                                    200.000000
_rlnWidthMaskEdge                                                5
_rlnDoZeroMask                                                   1
_rlnDoSolventFlattening                                          1
_rlnDoSolventFscCorrection                                       0
_rlnSolventMaskName                                   None
_rlnSolventMask2Name                                  None
_rlnBodyStarFile                                      None
_rlnTauSpectrumName                                   None
_rlnCoarseImageSize                                             36
_rlnMaximumCoarseImageSize                                      64
_rlnHighresLimitExpectation                               -1.00000
_rlnIncrementImageSize                                          10
_rlnDoMapEstimation                                              1
_rlnDoFastSubsetOptimisation                                     0
_rlnDoStochasticGradientDescent                                  0
_rlnSgdInitialIterations                                        50
_rlnSgdFinalIterations                                          50
_rlnSgdInBetweenIterations                                     200
_rlnSgdInitialResolution                                 35.000000
_rlnSgdFinalResolution                                   15.000000
_rlnSgdInitialSubsetSize                                       100
_rlnSgdFinalSubsetSize                                         500
_rlnSgdMuFactor                                           0.000000
_rlnSgdSigma2FudgeInitial                                 8.000000
_rlnSgdSigma2FudgeHalflife                                      -1
_rlnSgdSkipAnneal                                                0
_rlnSgdSubsetSize                                               -1
_rlnSgdWriteEverySubset                                          1
_rlnSgdStepsize                                           0.500000
_rlnDoAutoRefine                                                 0
_rlnAutoLocalSearchesHealpixOrder                                4
_rlnNumberOfIterWithoutResolutionGain                           14
_rlnBestResolutionThusFar                                 0.052966
_rlnNumberOfIterWithoutChangingAssignments                       0
_rlnDoSkipAlign                                                  0
_rlnDoSkipRotate                                                 0
_rlnOverallAccuracyRotations                              3.100000
_rlnOverallAccuracyTranslations                           0.780000
_rlnChangesOptimalOrientations                            3.564572
_rlnChangesOptimalOffsets                                 0.490543
_rlnChangesOptimalClasses                                 0.017666
_rlnSmallestChangesOrientations                           3.564572
_rlnSmallestChangesOffsets                                0.411772
_rlnSmallestChangesClasses                                       0
_rlnLocalSymmetryFile                                 None
_rlnDoHelicalRefine                                              0
_rlnIgnoreHelicalSymmetry                                        0
_rlnHelicalTwistInitial                                   0.000000
_rlnHelicalRiseInitial                                    0.000000
_rlnHelicalCentralProportion                              0.300000
_rlnHelicalMaskTubeInnerDiameter                          -1.00000
_rlnHelicalMaskTubeOuterDiameter                          -1.00000
_rlnHelicalSymmetryLocalRefinement                               0
_rlnHelicalSigmaDistance                                  -1.00000
_rlnHelicalKeepTiltPriorFixed                                    0
_rlnHasConverged                                                 0
_rlnHasHighFscAtResolLimit                                       0
_rlnHasLargeSizeIncreaseIterationsAgo                            0
_rlnDoCorrectNorm                                                1
_rlnDoCorrectScale                                               1
_rlnDoCorrectCtf                                                 1
_rlnDoRealignMovies                                              0
_rlnDoIgnoreCtfUntilFirstPeak                                    0
_rlnCtfDataArePhaseFlipped                                       0
_rlnCtfDataAreCtfPremultiplied                                   0
_rlnDoOnlyFlipCtfPhases                                          0
_rlnRefsAreCtfCorrected                                          1
_rlnFixSigmaNoiseEstimates                                       0
_rlnFixSigmaOffsetEstimates                                      0
_rlnMaxNumberOfPooledParticles                                  90

_sampling.star

データのサンプリング方法、範囲や刻み量に関わる設定値が記述されています。

data_sampling_general

_rlnIs3DSampling                                    0
_rlnIs3DTranslationalSampling                       0
_rlnPsiStep                                 11.250000
_rlnOffsetRange                              5.000000
_rlnOffsetStep                               2.000000
_rlnHelicalOffsetStep                        -1.00000
_rlnSamplingPerturbInstance                  -0.09897
_rlnSamplingPerturbFactor                    0.500000