energyTransferModelCheck

energyTransferModelCheckとはEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル	NULL
-o	必須	出力ファイル	NULL
-p	選択	Excluded Area by PDB: Input[PDB]	NULL
-P	選択	Excluded Area by PDB: Input[PDBFileList]	NULL
-PW	選択	PDBFileList With Info: filename sigma[A]
-sigma	選択	SigmaOfAtom for All: sigma [pixel]x delta[A/pixel]	1.0
-sigmaA	選択	SigmaOfAtom for All: sigma [A]	1.0
-mrc	選択	Excluded Area by mrc: Input[MRC]	NULL
-MRC	選択	Excluded Area by MRC: Input[MRCFileList]	NULL
-MRCW	選択	MRCFileList with Info: filename contour near[A]
-C	選択	ContourLevel for Exclusion: Density<ContourLevel -> 0	10.
-Near	選択	Near [pixel]: Exclusion Area: near[pixel] x delta [A/pixel]	1.
-NearA	選択	Near [A]: Exclusion Area: near [A]	1.
-r	選択	Restricted Area: Input[mrc]	NULL
-R	選択	Restricted Area: InputDataFileList[mrcs]	NULL
-contour	選択	ContourLevel for Restriction	10.
-near	選択	Near [pixel]: Restriction Area: near[pixel] x delta [A/pixel]	1.
-nearA	選択	Near [A]: Restriction Area: near[A]	1.
-R	選択	WithInfo: filename contour near[A]
-rP	選択	Restricted Area: InputDataFile[pdb]	NULL
-RP	選択	Restricted Area: InputDataFileList[pdbs]: format: filename near[pixel]	NULL
-sigmaP	選択	Sigma[pixel]: Restriction Area: sigma x delta [A]	1.
-sigmaPA	選択	Sigma[A]: Restriction Area: sigma [A]	1.
-nearP	選択	Near [pixel]: Restriction Area: near x delta [A]	1.
-nearPA	選択	Near [A]: Restriction Area: near [A]	1.
-RPW	選択	WithInfo: filename near[A] sigma[A]
-delta	選択	delta[A]: (x, y, z)	(5, 5, 5)
-sdelta	選択	starting delta[A]: (x, y, z)	(5, 5, 5)
-start	選択	start[A]: (x, y, z)	(5, 5, 5)
-end	選択	end[A]: (x, y, z)	(5, 5, 5)
-maxIter	選択	Max Iteration	1
-startIter	選択	Start Iteration	0
-neglect	選択	neglect: probability for each term: not final probability	1e-4
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

----- Point Information : Each ID has no space character. -----
ID fix     x y z rootB radius(noUse)
......
ID unfix   x y z rootB radius
......
ID connect ID length rootB
......

モードの詳細

モード	説明
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