mrcImage1dShiftAverageByAnnealing

mrcImage1dShiftAverageByAnnealingとはEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル	NULL
-s	必須	File to define position of signal	NULL
-o	必須	出力ファイル	NULL
-r	選択	Search range of shift.	Nx
-d	選択	Spacing of molecule(Pixel).	1.0
-T	選択	Initial temperature.	1.0
-iter	選択	Number of iteration before reducing temperature.	1000
-eps	選択	Temperature(T) reduced to (1-epsilon)T.	0.001
-tol	選択	Number to identify convergence	1e-2
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-M	選択	モード2を設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-m の詳細

モード	説明
0	All search
1	annealing method
2	mode 1 and refine by powel
3	mode 1 and refine by annealing

-M の詳細

モード	説明
0	by amplitude
1	by power
2	by amplitude using only phase
3	by power using only phase
4	by amplitude using S/sqrt(S)
5	by power using only S/sqrt(S)

-i のフォーマット

1Dファイル1
1Dファイル2
.
.

-s のフォーマット

sigpos0  sigval0
sigpos1  sigval1
.
.

実行例

入力ファイルのデータ

Input-1VOM-1D.mrc
Input-1VOM-N-1D.mrc
Input-1VOM-N-Rot-1D.mrc

Input-1VOM-1D.mrcの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

9528.98 (1, 0, 0) 1.05166e+06 (41, 0, 0) 577032 281935 22288.9

Input-1VOM-N-1D.mrcの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-24564.9 (1, 0, 0) 1.12206e+06 (40, 0, 0) 577190 290698 22981.7

Input-1VOM-N-Rot-1D.mrcの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-27531.3 (2, 0, 0) 1.11446e+06 (37, 0, 0) 526414 325460 25729.9

-s のデータ

0	1
1	1

オプション必須項目のみの場合

出力結果

result  1 1 2 79  2.87532e+07 

-o の画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-5553.38 (1, 0, 0) 3.11413e+06 (41, 0, 0) 1.68064e+06 876078 69260

オプション　-r

r=78で実行

出力結果

result  1 1 2 0  2.87481e+07 

-o の画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-16386 (2, 0, 0) 3.09391e+06 (38, 0, 0) 1.68064e+06 880057 69574.6

オプション　-d

d=3で実行

出力結果

result  1 81 2 159  2.87532e+07 

-o の画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-18002.3 (1, 1, 0) 3.11413e+06 (41, 0, 0) 1.68056e+06 876228 69271.9