pdb2mrc2d

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pdb2mrc2dPDBファイルをmrcImageファイルに変換するEosコマンド

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定: PDB NULL
-o 選択 出力ファイル設定: mrcImage(2D) NULL
-O 選択 出力ファイル設定: mrcImage(3D) NULL
-d 必須 1ピクセルの幅を指定 5.0 5.0
-s 選択 画像の位置を指定 0.0 0.0
-n 必須 画像のサイズを指定 0 0
-Rot 選択 回転(x軸、y軸のみ) 1 1
-S 選択 Z軸→X軸→Y軸の順で回転 0.0 0.0 0.0
-startEA 選択 オイラー角を設定 YOYS 0.0 0.0 0.0
-EAMode 選択 RotationModeを指定 YOYS
-EARot1 選択 主となる回転 5.0 0.0 180.0
-EARot2 選択 -EARot1とは別の回転 5.0 0.0 180.0
-w 選択 重みを設定 1.0
-sig 選択 原子の半径を指定: w* exp (- x^2 / (2*sig^2) ) 0.0: 0の場合は、点として取り扱う
-m 選択 モード設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0 メルカトール図法・等角
1 モルワイデ図法・等角
2 メルカトール図法・等積
3 モルワイデ図法・等積



※オプション-Sと-startEAの両方が宣言されていた場合、-Sを実行した後に-startEAが実行される
※軸を中心にもってきたい場合は、pdbInfoで軸を調べ、pdbMoveで軸の+とーを逆にして実行する

RotModeの設定の詳細

一桁目: どの軸から回転を始めるか設定
二桁目: 回転軸の順番を設定1
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する
E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する
三桁目: 回転軸の順番の設定2
Y…順番を維持する
N…順番を逆順にする
四桁目: 回転方法を設定
Y…物体そのものをまわす
D…座標を移動させる


実行例

入力ファイルの画像

121p-move-pdb2mrc2d.png

pdbInfoでみた入力ファイルの詳細

121p-move-info-pdb2mrc2d.png


出力ファイルの画像

オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する
今回の入力ファイルでは下記のようにオプションを設定すると、物体がほぼ中心に写る
-d 0.8 0.8
-s -40 -40
-n 100 100


出力ファイル→2D

121p.2d-pdb2mrc2d.png

出力ファイル→3D

121p.3d-pdb2mrc2d.png

このオプションを使用した場合、二つの画像に相違点はない


オプション -Rot

-Rot 6 6に設定

出力ファイル→2D

121p.2d-Rot-pdb2mrc2d.png

出力ファイル→3D(2Dの結果を繋ぎ、3Dで出力している)
xy平面の図 yz平面の図
121p.3d-EAMode1-pdb2mrc2d.png 121p.3d-EAMode2-pdb2mrc2d.png


オプション -S

-Rot 6 6、-S 30 30 30に設定

出力ファイル→2D

121p.2d-S30-pdb2mrc2d.png

オプション -startEA

-Rot 6 6、-startEA XOYS 30 30 30に設定

出力ファイル→2D

121p.2d-startEA30-pdb2mrc2d.png

オプション -EAMode

-Rot 6 6、-EAMode XOYSに設定

出力ファイル→2D

121p.2d-EAMove-pdb2mrc2d.png

-Rot 6 6、-EAMode YOYSに設定

出力ファイル→2D

121p.2d-EAModeY-pdb2mrc2d.png

オプション -EARot1,-EARot2

-EARot1 10 20 70,-EARot2 20 50 100に設定

出力ファイル→2D

121p.2d-EARot12-pdb2mrc2d.png

オプション -sig

-sig 1に設定、出力ファイルは-oとする

121p.2d-sig-pdb2mrc2d.png

オプション -w

-w 10に設定、出力ファイルは-oとする

-wを指定しなかった場合の画像データ

121p.2d-w1-pdb2mrc2d.png

-w 10を指定した場合の画像データ

121p.2d-w2-pdb2mrc2d.png

オプション -m

m=0で実行
121p.2d-pdb2mrc2d.png m0-pdb2mrc2d.png
m=1で実行
121p.2d-m1-pdb2mrc2d.png ファイル:m1-pdb2mrc2d.png
m=2で実行
121p.2d-m2-pdb2mrc2d.png ファイル:m2-pdb2mrc2d.png
m=3で実行
121p.2d-m3-pdb2mrc2d.png ファイル:m3-pdb2mrc2d.png
今回の画像では変化がわかりづらいが、画像データの詳細を見ると、変化があることが分かる