「画像フォーマット変換」の版間の差分

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(Eosにおけるファイル変換)
 
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*[http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/image2000.html MRC2000-format]
 
*[http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/image2000.html MRC2000-format]
*[[Wikipedia:MRC_(file_format)]]
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*[http://en.wikipedia.org/wiki/MRC_%28file_format%29 MRC_file_format]
 
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*[http://www.ccp4.ac.uk/html/maplib.html#description CCP4 File Format]
  
 
== Eosにおけるファイル変換 ==
 
== Eosにおけるファイル変換 ==
  
 
1.TIFからMRCの変換(グレースケール):[[tiff2mrc]]
 
1.TIFからMRCの変換(グレースケール):[[tiff2mrc]]
  課題:提供したファイルPractice00.tifのフォーマットをMRC型に変換してみましょう。
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  課題:提供したファイル[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp:/EosImages/tutorials/data/example-001.tif example-001.tif]のフォーマットをMRC型に変換してみましょう。
  
 
この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。
 
この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。
Practice00.mrcという名前にして下さい。
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出力はファイルはexample-001.mrcという名前にしてみましょう。
  
  $ tiff2mrc -i Practice00.tif -o Practice00.mrc -R 1.25 
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  $ tiff2mrc -i example-001.tif -o example-001.mrc -R 1.25 
  
 
2.MRCからTIFへの変換(グレースケール):[[mrc2tiff]]
 
2.MRCからTIFへの変換(グレースケール):[[mrc2tiff]]
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一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。
 
一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。
Practice00-8bit.tifという名前にして、8ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。
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example-001-8bit.tifという名前にして、8ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。
  
  $ mrc2tiff -i Practice00.mrc -o Practice00-8bit.tif
+
  $ mrc2tiff -i example-001.mrc -o example-001-8bit.tif
  
 
3.その他のツール
 
3.その他のツール
*MRCからGIFへの変換(グレースケール):[[mrc2gif]]
+
*MRCからの変換
*MRCからGIFへの変換(RGBによる色付):[[mrcImageColoring]]
+
**[[mrc2dsn6]]
*[[arra2mrc]]
+
**[[mrc2fld]]
*[[emData2mrc]]
+
**MRCからGIFへの変換(グレースケール):[[mrc2gif]]
*[[bin2mrc]]
+
**[[mrc2hdf]]
*[[ip2mrc]]
+
**[[mrc2lattice]]
*[[moi2mrc]]
+
**[[mrc2map]]
*[[mrc2lattice]]
+
**[[mrc2pov]]
*[[mrc2viff]]
+
**[[mrc2tiff]]
*[[mrc2fld]]
+
**[[mrc2viff]]
*[[mrc2pov]]
+
**MRCからGIFへの変換(RGBによる色付):[[mrcImageColoring]]
*[[pdb2ucd]]
+
*MRCへの変換
*[[dos2unix]]
+
**[[tiff2mrc]]
 +
**[[imodst2mrc]]
 +
**[[array2mrc]]
 +
**[[emData2mrc]]
 +
**[[bin2mrc]]
 +
**[[ip2mrc]]
 +
**[[moi2mrc]]
 +
*その他
 +
**[[pdb2ucd]]
 +
**[[dos2unix]]
  
 
== EosにおけるMRCファイルフォーマット ==
 
== EosにおけるMRCファイルフォーマット ==
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# Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventions[http://situs.biomachina.org/fmap.pdf レポート]
 
# Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventions[http://situs.biomachina.org/fmap.pdf レポート]
  
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=== 一般的な注意 ===
 
[[Eos]]の場合には、下記の点に注意しましょう。
 
[[Eos]]の場合には、下記の点に注意しましょう。
  
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# CCP4−2000(MRC2000)に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。
 
# CCP4−2000(MRC2000)に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。
 
# コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、[[mrcInfo]]で確認した後、[[mrcInfoSet]]で設定して下さい。
 
# コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、[[mrcInfo]]で確認した後、[[mrcInfoSet]]で設定して下さい。
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=== Chimeraに対応させたいとき ===
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A, B, G: 90 90 90
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C, R, S: 1 2 3
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これ以外は、Eosのフォーマットとほぼ対応している。
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=== AVIZOに対応させたいとき ===
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拡張子を .rec としておき、Voxel Size1をAVIZO側で決める。
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== MRC以外にEosが対応しているファイルフォーマット ==
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=== DM3/DM4 ===
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参考になるのは、
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http://www.er-c.org/cbb/info/dmformat/
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のサイトです。この内容を[[DMフォーマット]]にまとめておきます。

2014年10月5日 (日) 02:23時点における最新版

電子顕微鏡で撮影したデータは、それぞれ異なります。Eosの中では、MRC型のフォーマットを採用して変換するために、MRC型のフォーマットに変換する必要があります。

Eosにおけるファイル変換

1.TIFからMRCの変換(グレースケール):tiff2mrc

課題:提供したファイルexample-001.tifのフォーマットをMRC型に変換してみましょう。

この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。 出力はファイルはexample-001.mrcという名前にしてみましょう。

$ tiff2mrc -i example-001.tif -o example-001.mrc -R 1.25 

2.MRCからTIFへの変換(グレースケール):mrc2tiff

課題:提供したファイルのフォーマットをTIFF形式に変換してみましょう。

一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。 example-001-8bit.tifという名前にして、8ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。

$ mrc2tiff -i example-001.mrc -o example-001-8bit.tif

3.その他のツール

EosにおけるMRCファイルフォーマット

注意:同じMRC型のフォーマットでも、少しずつ違います。注意しましょう。

  1. Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventionsレポート

一般的な注意

Eosの場合には、下記の点に注意しましょう。

  1. Lengthの取り扱いが、通常、Voxel辺りのサンプリング間隔になっています。他のフォーマットと異なっていますので、ご注意下さい。
  2. CCP4−2000(MRC2000)に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。
  3. コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、mrcInfoで確認した後、mrcInfoSetで設定して下さい。

Chimeraに対応させたいとき

A, B, G: 90 90 90 C, R, S: 1 2 3 これ以外は、Eosのフォーマットとほぼ対応している。

AVIZOに対応させたいとき

拡張子を .rec としておき、Voxel Size1をAVIZO側で決める。

MRC以外にEosが対応しているファイルフォーマット

DM3/DM4

参考になるのは、 http://www.er-c.org/cbb/info/dmformat/ のサイトです。この内容をDMフォーマットにまとめておきます。