「画像フォーマット変換」の版間の差分

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(EosにおけるMRCファイルフォーマット)
(Eosにおけるファイル変換)
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*TIFからMRCの変換(グレースケール):[[tiff2mrc]]
 
*TIFからMRCの変換(グレースケール):[[tiff2mrc]]
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課題:提供したファイルのフォーマットをMRC型に変換してみましょう。
  
 
*MRCからTIFへの変換(グレースケール):[[mrc2tiff]]
 
*MRCからTIFへの変換(グレースケール):[[mrc2tiff]]
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課題:提供したファイルのフォーマットをTIFF形式に変換してみましょう。
  
 
*MRCからGIFへの変換(グレースケール):[[mrc2gif]]
 
*MRCからGIFへの変換(グレースケール):[[mrc2gif]]

2012年9月10日 (月) 00:00時点における版

電子顕微鏡で撮影したデータは、それぞれ異なります。Eosの中では、MRC型のフォーマットを採用して変換するために、MRC型のフォーマットに変換する必要があります。


Eosにおけるファイル変換

  • TIFからMRCの変換(グレースケール):tiff2mrc

課題:提供したファイルのフォーマットをMRC型に変換してみましょう。

  • MRCからTIFへの変換(グレースケール):mrc2tiff

課題:提供したファイルのフォーマットをTIFF形式に変換してみましょう。

EosにおけるMRCファイルフォーマット

注意:同じMRC型のフォーマットでも、少しずつ違います。注意しましょう。

  • Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventionsレポート

Eosの場合には、下記の点に注意しましょう。

1.Lengthの取り扱いが、通常、Voxel辺りのサンプリング間隔になっています。他のフォーマットと異なっていますので、ご注意下さい。

2.CCP4−2000(MRC2000)に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。

3.コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、mrcInfoで確認した後、mrcInfoSetで設定して下さい。