「画像フォーマット変換」の版間の差分

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(Eosにおけるファイル変換)
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  この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。
 
  この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。
  Practice00.mrcという名前にして下さい。 
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  Practice00.mrcという名前にして下さい。
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$ tiff2mrc -i AA.tif -o AA.mrc -R 1.25 
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*MRCからTIFへの変換(グレースケール):[[mrc2tiff]]
 
*MRCからTIFへの変換(グレースケール):[[mrc2tiff]]
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  一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。
 
  一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。
 
  Practice00-8bit.tifという名前にして、8ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。
 
  Practice00-8bit.tifという名前にして、8ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。
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$ mrc2tiff -i BB.mrc -o BB.tif
  
 
*MRCからGIFへの変換(グレースケール):[[mrc2gif]]
 
*MRCからGIFへの変換(グレースケール):[[mrc2gif]]

2012年9月21日 (金) 17:10時点における版

電子顕微鏡で撮影したデータは、それぞれ異なります。Eosの中では、MRC型のフォーマットを採用して変換するために、MRC型のフォーマットに変換する必要があります。


Eosにおけるファイル変換

  • TIFからMRCの変換(グレースケール):tiff2mrc
課題:提供したファイルPractice00.tifのフォーマットをMRC型に変換してみましょう。
この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。
Practice00.mrcという名前にして下さい。
$ tiff2mrc -i AA.tif -o AA.mrc -R 1.25 


  • MRCからTIFへの変換(グレースケール):mrc2tiff
課題:提供したファイルのフォーマットをTIFF形式に変換してみましょう。
一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。
Practice00-8bit.tifという名前にして、8ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。
$ mrc2tiff -i BB.mrc -o BB.tif

EosにおけるMRCファイルフォーマット

注意:同じMRC型のフォーマットでも、少しずつ違います。注意しましょう。

  • Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventionsレポート

Eosの場合には、下記の点に注意しましょう。

1.Lengthの取り扱いが、通常、Voxel辺りのサンプリング間隔になっています。他のフォーマットと異なっていますので、ご注意下さい。

2.CCP4−2000(MRC2000)に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。

3.コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、mrcInfoで確認した後、mrcInfoSetで設定して下さい。