画像フォーマット変換

提供: Eospedia
2012年9月25日 (火) 07:46時点におけるAdmin (トーク | 投稿記録)による版

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電子顕微鏡で撮影したデータは、それぞれ異なります。Eosの中では、MRC型のフォーマットを採用して変換するために、MRC型のフォーマットに変換する必要があります。

Eosにおけるファイル変換

1.TIFからMRCの変換(グレースケール):tiff2mrc

課題:提供したファイルexample-001.tifのフォーマットをMRC型に変換してみましょう。

この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。 出力はファイルはexample-001.mrcという名前にしてみましょう。

$ tiff2mrc -i example-001.tif -o example-001.mrc -R 1.25 

2.MRCからTIFへの変換(グレースケール):mrc2tiff

課題:提供したファイルのフォーマットをTIFF形式に変換してみましょう。

一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。 example-001-8bit.tifという名前にして、8ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。

$ mrc2tiff -i example-001.mrc -o example-001-8bit.tif

3.その他のツール

EosにおけるMRCファイルフォーマット

注意:同じMRC型のフォーマットでも、少しずつ違います。注意しましょう。

  1. Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventionsレポート

Eosの場合には、下記の点に注意しましょう。

  1. Lengthの取り扱いが、通常、Voxel辺りのサンプリング間隔になっています。他のフォーマットと異なっていますので、ご注意下さい。
  2. CCP4−2000(MRC2000)に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。
  3. コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、mrcInfoで確認した後、mrcInfoSetで設定して下さい。